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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6k0y | ||||||
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タイトル | Study of the interactions of a novel monoclonal antibody, mAb059c, with the hPD-1 receptor | ||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM (免疫系) / PD-1 Complex / Immune Checkpoint / Inhibitor | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of tolerance induction / regulatory T cell apoptotic process / B cell apoptotic process / negative regulation of immune response / positive regulation of T cell apoptotic process / negative regulation of B cell apoptotic process / 液性免疫 / PD-1 signaling / regulation of immune response / 獲得免疫系 ...negative regulation of tolerance induction / regulatory T cell apoptotic process / B cell apoptotic process / negative regulation of immune response / positive regulation of T cell apoptotic process / negative regulation of B cell apoptotic process / 液性免疫 / PD-1 signaling / regulation of immune response / 獲得免疫系 / Potential therapeutics for SARS / external side of plasma membrane / apoptotic process / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å | ||||||
データ登録者 | Liu, J.X. / Wang, G.Q. | ||||||
引用 | ジャーナル: Sci Rep / 年: 2019 タイトル: Study of the interactions of a novel monoclonal antibody, mAb059c, with the hPD-1 receptor. 著者: Liu, J. / Wang, G. / Liu, L. / Wu, R. / Wu, Y. / Fang, C. / Zhou, X. / Jiao, J. / Gu, Y. / Zhou, H. / Xie, Z. / Sun, Z. / Chen, D. / Dai, K. / Wang, D. / Tang, W. / Yang, T.T.C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6k0y.cif.gz | 242.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6k0y.ent.gz | 192.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6k0y.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k0/6k0y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k0/6k0y | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 5ggsS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: 抗体 | 分子量: 23275.980 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) | ||
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#2: 抗体 | 分子量: 23447.072 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) | ||
#3: タンパク質 | 分子量: 15954.713 Da / 分子数: 1 / Mutation: C93S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDCD1, PD1 発現宿主: Escherichia coli-Pichia pastoris shuttle vector pPpARG4 (その他) Variant (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q15116 | ||
#4: 化合物 | ChemComp-EDO / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.78 % / 解説: single long shape |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.2M NaCl , 0.1M Tris pH 8, 14% PEG 4K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97918 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 R CdTe 300K / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月6日 / 詳細: Q315r |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97918 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→41.9 Å / Num. obs: 62244 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 10 % / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.166 / Rrim(I) all: 0.053 / Net I/σ(I): 30.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 1.061 / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / Num. unique obs: 2532 / CC1/2: 0.796 / Rrim(I) all: 0.421 / % possible all: 80.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5GGS 解像度: 1.7→41.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU B: 4.339 / SU ML: 0.065 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.156 / ESU R Free: 0.105 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 16.745 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.7→41.9 Å
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拘束条件 |
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