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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6jr6 | ||||||
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タイトル | Flavobacterium johnsoniae GH31 dextranase, FjDex31A | ||||||
要素 | Candidate alpha-glycosidase Glycoside hydrolase family 31 | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / dextranase (デキストラナーゼ) / Flavobacterium johnsoniae / dextran (デキストラン) / isomaltose (イソマルトース) / GH31 | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Flavobacterium johnsoniae (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Tonozuka, T. | ||||||
資金援助 | 日本, 1件
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引用 | ジャーナル: Febs J. / 年: 2020 タイトル: Structural insights into polysaccharide recognition by Flavobacterium johnsoniae dextranase, a member of glycoside hydrolase family 31. 著者: Tsutsumi, K. / Gozu, Y. / Nishikawa, A. / Tonozuka, T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6jr6.cif.gz | 700.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6jr6.ent.gz | 580.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6jr6.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jr/6jr6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jr/6jr6 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 96182.477 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Flavobacterium johnsoniae (strain ATCC 17061 / DSM 2064 / UW101) (バクテリア) 株: ATCC 17061 / DSM 2064 / UW101 / 遺伝子: Fjoh_4430 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A5FBI1, alpha-glucosidase #2: 化合物 | ChemComp-ACT / #3: 化合物 | ChemComp-MPD / ( #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.81 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 100 mM sodium acetate buffer, 8% (w/v) polyethylene glycol 20000, and 8% 2-methyl-2,4-pentanediol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年11月23日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→48.5 Å / Num. obs: 275382 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 7.8 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.334 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 13574 / % possible all: 96.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→48.45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.164 / ESU R Free: 0.144 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: Leu308-Gln309 adopts a cis conformation yet the electron density is clearly seen HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 100.4 Å2 / Biso mean: 28.199 Å2 / Biso min: 14.55 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→48.45 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.001→2.053 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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