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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6jqk | ||||||
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タイトル | Structure of C34M/N36 | ||||||
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機能・相同性 | ![]() Synthesis and processing of ENV and VPU / evasion of host immune response / Alpha-defensins / Dectin-2 family / Binding and entry of HIV virion / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / actin filament organization ...Synthesis and processing of ENV and VPU / evasion of host immune response / Alpha-defensins / Dectin-2 family / Binding and entry of HIV virion / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / actin filament organization / Assembly Of The HIV Virion / Budding and maturation of HIV virion / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Yu, D.W. / Qin, B. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of C34M/N36 著者: Yu, D.W. / Qin, B. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 31.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 20.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1aikS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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2 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4152.843 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P04578*PLUS |
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4221.552 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P04578*PLUS |
#3: 水 | ChemComp-HOH / ![]() |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 29.8 % |
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結晶化![]() | 温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.2M Sodium chloride,0.1 M BIS-TRIS pH 5.5,25% w/v PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月28日 |
放射 | モノクロメーター: SI(111) silicon crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 1.498→38.48 Å / Num. obs: 9811 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.96 % / Biso Wilson estimate: 22.1 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.035 / Net I/σ(I): 20.34 |
反射 シェル | 解像度: 1.5→1.59 Å / 冗長度: 2.89 % / Rmerge(I) obs: 0.242 / Mean I/σ(I) obs: 3.43 / Num. unique obs: 1561 / CC1/2: 0.967 / % possible all: 94.3 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: 1AIK 解像度: 1.498→38.48 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 35.12
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.498→38.48 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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