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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6jlh | ||||||
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タイトル | Structure of SCGN in complex with a Snap25 peptide | ||||||
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機能・相同性 | ![]() Toxicity of botulinum toxin type C (botC) / neurotransmitter uptake / Toxicity of botulinum toxin type E (botE) / exocytic insertion of neurotransmitter receptor to postsynaptic membrane / Acetylcholine Neurotransmitter Release Cycle / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Qin, J. / Sun, Q. / Jia, D. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural and mechanistic insights into secretagogin-mediated exocytosis. 著者: Qin, J. / Liu, Q. / Liu, Z. / Pan, Y.Z. / Sifuentes-Dominguez, L. / Stepien, K.P. / Wang, Y. / Tu, Y. / Tan, S. / Wang, Y. / Sun, Q. / Mo, X. / Rizo, J. / Burstein, E. / Jia, D. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 236.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 198.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | ![]() 分子量: 30864.705 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 遺伝子: scgn, zgc:100843 / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() #2: タンパク質・ペプチド | ![]() 分子量: 1830.097 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() #3: 化合物 | ChemComp-CA / #4: 化合物 | ChemComp-CL / | ![]() #5: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.5 % |
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結晶化![]() | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.1 M glycocine, 0.1 M Tris Bicine pH 8.5, 12.5% MPD, 12.5% PEG 1000, 12.5% PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月1日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.37→50 Å / Num. obs: 25808 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 37.4 % / Rmerge(I) obs: 0.194 / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.197 / Χ2: 0.997 / Net I/σ(I): 4.6 / Num. measured all: 964927 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.37→46.96 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.931 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.903 / SU B: 16.856 / SU ML: 0.191 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.552 / ESU R Free: 0.269 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 108.96 Å2 / Biso mean: 38.087 Å2 / Biso min: 16.05 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.37→46.96 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.367→2.429 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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