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万見
- PDB-6ip0: Crystal structure of Arabidopsis thaliana JMJ13 catalytic domain ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ip0
タイトルCrystal structure of Arabidopsis thaliana JMJ13 catalytic domain in complex with AKG
要素Transcription factor jumonji (Jmj) family protein
キーワードGENE REGULATION (遺伝子発現の調節) / Arabidopsis (シロイヌナズナ属) / histone modification (ヒストン) / flowering (花) / epigenetics (エピジェネティクス) / H3K27me3
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of short-day photoperiodism, flowering / long-day photoperiodism / negative regulation of long-day photoperiodism, flowering / histone H3K27me2/H3K27me3 demethylase activity / ABCモデル / 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む / histone H3K4me/H3K4me2/H3K4me3 demethylase activity / response to temperature stimulus / negative regulation of gene expression, epigenetic / histone demethylase activity ...negative regulation of short-day photoperiodism, flowering / long-day photoperiodism / negative regulation of long-day photoperiodism, flowering / histone H3K27me2/H3K27me3 demethylase activity / ABCモデル / 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む / histone H3K4me/H3K4me2/H3K4me3 demethylase activity / response to temperature stimulus / negative regulation of gene expression, epigenetic / histone demethylase activity / histone binding / クロマチンリモデリング / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription / metal ion binding / 細胞核
類似検索 - 分子機能
Zinc finger, C5HC2-type / C5HC2 zinc finger / JmjN domain / jmjN domain / JmjN domain profile. / Small domain found in the jumonji family of transcription factors / JmjC domain, hydroxylase / A domain family that is part of the cupin metalloenzyme superfamily. / JmjC domain / JmjC domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
2-OXOGLUTARIC ACID / NICKEL (II) ION / Transcription factor jumonji (Jmj) family protein / zinc finger (C5HC2 type) family protein / Lysine-specific demethylase JMJ13
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Hu, H. / Du, J.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: The Arabidopsis H3K27me3 demethylase JUMONJI 13 is a temperature and photoperiod dependent flowering repressor.
著者: Zheng, S. / Hu, H. / Ren, H. / Yang, Z. / Qiu, Q. / Qi, W. / Liu, X. / Chen, X. / Cui, X. / Li, S. / Zhou, B. / Sun, D. / Cao, X. / Du, J.
履歴
登録2018年11月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcription factor jumonji (Jmj) family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,91918
ポリマ－55,3351
非ポリマー1,58417
水2,630146
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2730 Å2
ΔGint-173 kcal/mol
Surface area22110 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)129.670, 129.670, 231.520
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number180
Space group name H-MP6222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-612-

SO4

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Transcription factor jumonji (Jmj) family protein / JMJ13 catalytic domain


分子量: 55335.070 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 90-578 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
プラスミド: psumo / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): RIL / 参照: UniProt: A0A1P8BAS6, UniProt: F4KIX0*PLUS

-
非ポリマー , 5種, 163分子

#2: 化合物 ChemComp-AKG / 2-OXOGLUTARIC ACID / α-ケトグルタル酸 / Α-ケトグルタル酸


分子量: 146.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H6O5
#3: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION / ニッケル


分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 146 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.77 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1M MES, pH 6.5, 8% dioxane, and 1.6M ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 1.2824 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年1月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.2824 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 45790 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 19.3 % / Rmerge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 36.15
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 19.4 % / Rmerge(I) obs: 0.651 / Mean I/σ(I) obs: 4 / Num. unique obs: 4476 / CC1/2: 0.945 / Rpim(I) all: 0.151 / Rrim(I) all: 0.668 / Rsym value: 0.651 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.4→49.641 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 21.19
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2124 2377 5.19 %
Rwork0.1915 --
obs0.1926 45790 99.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→49.641 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3739 0 78 146 3963
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073901
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.965294
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.5011406
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.065566
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007665
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3974-2.44640.30991390.26692494X-RAY DIFFRACTION100
2.4464-2.49960.28221320.24582504X-RAY DIFFRACTION100
2.4996-2.55770.24721400.21932486X-RAY DIFFRACTION100
2.5577-2.62170.28071370.21872509X-RAY DIFFRACTION100
2.6217-2.69250.24051320.20842509X-RAY DIFFRACTION100
2.6925-2.77180.27581380.21632513X-RAY DIFFRACTION100
2.7718-2.86120.2311270.21822531X-RAY DIFFRACTION100
2.8612-2.96350.21081440.21742516X-RAY DIFFRACTION100
2.9635-3.08210.29411510.22582523X-RAY DIFFRACTION100
3.0821-3.22240.21941460.21292520X-RAY DIFFRACTION100
3.2224-3.39220.27581330.20862558X-RAY DIFFRACTION100
3.3922-3.60470.20711360.1982557X-RAY DIFFRACTION100
3.6047-3.88290.22881440.19222544X-RAY DIFFRACTION100
3.8829-4.27350.1591450.16032578X-RAY DIFFRACTION100
4.2735-4.89140.16531230.14822624X-RAY DIFFRACTION100
4.8914-6.16080.18741640.18922622X-RAY DIFFRACTION100
6.1608-49.65210.19871460.18462825X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.1705-0.8057-0.37012.58010.70771.7292-0.0746-0.15370.02510.10850.0435-0.09550.10010.11580.01960.53250.1987-0.01120.32490.01120.449841.963445.0131142.9468
21.2305-2.1505-0.9224.55471.61790.9530.0542-0.02160.2446-0.40910.0168-0.3591-0.09210.027-0.07170.63670.16680.05250.33440.04270.444753.903435.8479129.9768
34.0807-0.1332.05081.26090.65193.6172-0.1863-0.1473-0.0560.0511-0.04550.1028-0.3311-0.02160.24510.66790.16520.06040.2350.01760.498163.042812.7644130.4459
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 93 through 317 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 318 through 484 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 485 through 564 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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