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- PDB-6ifx: Crystal structure of chimeric KsgA with loop 12 from Erm -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ifx
タイトルCrystal structure of chimeric KsgA with loop 12 from Erm
要素Ribosomal RNA small subunit methyltransferase AリボソームRNA
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / Chimera / resistance / KsgA
機能・相同性
機能・相同性情報


16S rRNA (adenine1518-N6/adenine1519-N6)-dimethyltransferase / 16S rRNA (adenine(1518)-N(6)/adenine(1519)-N(6))-dimethyltransferase activity / rRNA (adenine-N6,N6-)-dimethyltransferase activity / rRNA methylation / RNA binding / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
rRNA adenine dimethylase, C-terminal domain / rRNA adenine dimethylase-like, C-terminal / Ribosomal RNA adenine dimethylase / Ribosomal RNA adenine methylase transferase, conserved site / Ribosomal RNA adenine methylase transferase, N-terminal / Ribosomal RNA adenine dimethylases signature. / Ribosomal RNA adenine dimethylases / Ribosomal RNA adenine methyltransferase KsgA/Erm / Ribosomal RNA adenine dimethylase / rRNA adenine N(6)-methyltransferase family profile. ...rRNA adenine dimethylase, C-terminal domain / rRNA adenine dimethylase-like, C-terminal / Ribosomal RNA adenine dimethylase / Ribosomal RNA adenine methylase transferase, conserved site / Ribosomal RNA adenine methylase transferase, N-terminal / Ribosomal RNA adenine dimethylases signature. / Ribosomal RNA adenine dimethylases / Ribosomal RNA adenine methyltransferase KsgA/Erm / Ribosomal RNA adenine dimethylase / rRNA adenine N(6)-methyltransferase family profile. / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / ロスマンフォールド / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ribosomal RNA small subunit methyltransferase A
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Bhujbalrao, R. / Anand, R.
資金援助 インド, 2件
組織認可番号国
Department of Science & Technology (India)SERB/F/4395/2016-17 インド
Other government20150237B02RP00614-BRNS インド
引用ジャーナル: J. Am. Chem. Soc. / 年: 2019
タイトル: Deciphering Determinants in Ribosomal Methyltransferases That Confer Antimicrobial Resistance.
著者: Bhujbalrao, R. / Anand, R.
履歴
登録2018年9月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年2月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22024年3月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribosomal RNA small subunit methyltransferase A
B: Ribosomal RNA small subunit methyltransferase A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,6512
ポリマ－64,6512
非ポリマー00
水362
1
A: Ribosomal RNA small subunit methyltransferase A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,3261
ポリマ－32,3261
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Ribosomal RNA small subunit methyltransferase A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,3261
ポリマ－32,3261
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)67.693, 79.499, 130.115
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 0 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ILE / Beg label comp-ID: ILE / End auth comp-ID: TYR / End label comp-ID: TYR / Refine code: 0 / Auth seq-ID: 9 - 283 / Label seq-ID: 9 - 283

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

-
要素

#1: タンパク質 Ribosomal RNA small subunit methyltransferase A / リボソームRNA / 16S rRNA (adenine(1518)-N(6)/adenine(1519)-N(6))-dimethyltransferase / 16S rRNA dimethyladenosine ...16S rRNA (adenine(1518)-N(6)/adenine(1519)-N(6))-dimethyltransferase / 16S rRNA dimethyladenosine transferase / 16S rRNA dimethylase / S-adenosylmethionine-6-N' / N'-adenosyl(rRNA) dimethyltransferase


分子量: 32325.559 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Chimeric construct of KsgA where loop 12 residues (UNP residues 164-172, UniProtKB-P37468 (RSMA_BACSU)) were exchanged with residues from ermC' protein (NTKR).
由来: (組換発現) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
株: 168 / 遺伝子: rsmA, ksgA, BSU00420 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P37468, 16S rRNA (adenine1518-N6/adenine1519-N6)-dimethyltransferase
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.57 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1M Sodium chloride, 0.05M Sodium cacodylate trihydrate pH 6.0, 10% w/v Polyethylene glycol 4000, 0.0005M Spermine

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.8→67.84 Å / Num. obs: 7342 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.6 % / Rsym value: 0.185 / Net I/σ(I): 13.3
反射 シェル解像度: 3.8→3.897 Å / 冗長度: 5.6 % / Mean I/σ(I) obs: 5.57 / Rsym value: 0.539 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0189精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
Auto-Rickshaw位相決定
精密化解像度: 3.8→67.84 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.88 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.81 / SU B: 64.354 / SU ML: 0.939 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 1.04 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.38502 349 4.8 %RANDOM
Rwork0.30377 ---
obs0.30761 6971 99.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 61.524 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.23 Å20 Å20 Å2
2--0.1 Å2-0 Å2
3----0.33 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.8→67.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3403 0 0 2 3405
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0193439
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023213
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5711.9774698
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.10337313
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.6725462
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.17625.045111
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.56115491
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.1441512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.2627
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0213799
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02621
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.3096.7361900
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.3086.7351901
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.6410.0862344
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.63910.0852345
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.716.8821539
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.7096.8811540
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.72710.2712355
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined9.04985.3033728
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other9.04885.3033729
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 10888 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.14 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 3.799→3.897 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.445 23 -
Rwork0.346 494 -
obs--99.23 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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