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- PDB-6i43: SFX Structure of Damage Free Ferric State of Dye Type Peroxidase ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6i43
タイトルSFX Structure of Damage Free Ferric State of Dye Type Peroxidase Aa from Streptomyces lividans
要素Deferrochelatase/peroxidase
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / peroxidase (ペルオキシダーゼ)
機能・相同性
機能・相同性情報


iron import into cell / ferrochelatase activity / 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / peroxidase activity / heme binding / metal ion binding / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Deferrochelatase / : / : / Dyp-type peroxidase, C-terminal / Dyp-type peroxidase, N-terminal / DyP-type peroxidase family. / Dyp-type peroxidase / Dimeric alpha-beta barrel / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Deferrochelatase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces coelicolor A3
手法X線回折 / 自由電子レーザー / 分子置換 / 解像度: 1.88 Å
データ登録者Ebrahim, A. / Moreno-Chicano, T. / Chaplin, A.K. / Sherrell, D.A. / Duyvesteyn, H.M.E. / Owada, S. / Tono, K. / Sugimoto, H. / Strange, R.W. / Worrall, J.A.R.
引用ジャーナル: Iucrj / 年: 2019
タイトル: Dose-resolved serial synchrotron and XFEL structures of radiation-sensitive metalloproteins.
著者: Ebrahim, A. / Moreno-Chicano, T. / Appleby, M.V. / Chaplin, A.K. / Beale, J.H. / Sherrell, D.A. / Duyvesteyn, H.M.E. / Owada, S. / Tono, K. / Sugimoto, H. / Strange, R.W. / Worrall, J.A.R. / ...著者: Ebrahim, A. / Moreno-Chicano, T. / Appleby, M.V. / Chaplin, A.K. / Beale, J.H. / Sherrell, D.A. / Duyvesteyn, H.M.E. / Owada, S. / Tono, K. / Sugimoto, H. / Strange, R.W. / Worrall, J.A.R. / Axford, D. / Owen, R.L. / Hough, M.A.
履歴
登録2018年11月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年9月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Deferrochelatase/peroxidase
B: Deferrochelatase/peroxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,7454
ポリマ－80,5122
非ポリマー1,2332
水6,521362
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7000 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area26090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.720, 68.180, 74.620
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.58, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Deferrochelatase/peroxidase


分子量: 40256.020 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: ...詳細: DPAGADAGSAVPFHGAHQAGIATPVQDRLHFAAFDVTTEDRAAFVALLKEWTAAARRLTAGHAVGEGAYGGLPEAPPDDTGEALGLKPSRLTLTIGFGPSLFTRFGLADLRPEALADLPKFPGDNLDRARSGGDLCVQACADDPQVAVHAIRNLARIGFGKVVVRWSQLGFGKTSSTTPDKQTPRNLLGFKDGTRNIAGTEKDRLDRFVWAAEKDGTPWMTGGSYLVARRIRMHIETWDRASLQEQEDVFGRDKGEGAPVGKAKERDEPFLKAMKPDAHVRLAHPDSNGGATLLRRGYSFTDGTDGLGRLDAGLFFLAYQRDIRTGFVPVQRNLATDALNEYIQHVGSAVFAVPPGVRDADDWWGSTLFGKEA
由来: (組換発現) Streptomyces coelicolor A3(2) (バクテリア)
遺伝子: SCO2276 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q9RKQ2, 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME / Heme B


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 362 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.79 % / 解説: Microcrystals
結晶化温度: 291 K / 手法: batch mode / pH: 7
詳細: 1:1 ratio of a 6.5 mg/ml DtpAa protein solution with a precipitant solution containing 20% PEG 6000, 100 mM HEPES pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 301 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源由来: 自由電子レーザー / サイト: SACLA / ビームライン: BL2 / 波長: 1.24 Å
検出器タイプ: MPCCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年10月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.24 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.88→41.46 Å / Num. obs: 57351 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 381 % / CC1/2: 0.993 / R split: 0.0722 / Net I/σ(I): 9.6
反射 シェル解像度: 1.88→1.91 Å / 冗長度: 212 % / Mean I/σ(I) obs: 1.73 / CC1/2: 0.722 / R split: 0.583 / % possible all: 100
Serial crystallography measurementCollection time total: 240 hours / Focal spot size: 1.66 µm2 / Pulse duration: 10 fsec. / Pulse energy: 289 µJ / Pulse photon energy: 10.01 keV / XFEL pulse repetition rate: 30 Hz
Serial crystallography sample delivery解説: Silicon nitride fixed target / 手法: fixed target
Serial crystallography sample delivery fixed targetSample dehydration prevention: Mylar film / Sample solvent: Mother liquor

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
CrystFELデータ削減
CrystFELデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB 5MAP

5map


解像度: 1.88→35.458 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 16.03 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1665 2852 4.98 %
Rwork0.1319 --
obs0.1336 57312 99.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.88→35.458 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5466 0 86 362 5914
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0095718
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9197801
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.083301
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052822
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071035
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.88-1.91240.35151350.32072736X-RAY DIFFRACTION100
1.9124-1.94720.26431550.23962673X-RAY DIFFRACTION100
1.9472-1.98460.21131620.18122686X-RAY DIFFRACTION100
1.9846-2.02510.23711480.17882730X-RAY DIFFRACTION100
2.0251-2.06920.19971450.17032696X-RAY DIFFRACTION100
2.0692-2.11730.21041270.15762725X-RAY DIFFRACTION100
2.1173-2.17020.17341580.13752674X-RAY DIFFRACTION100
2.1702-2.22890.19191290.13212710X-RAY DIFFRACTION100
2.2289-2.29450.17411370.13722743X-RAY DIFFRACTION100
2.2945-2.36850.20011300.13462702X-RAY DIFFRACTION100
2.3685-2.45320.17631350.14112722X-RAY DIFFRACTION100
2.4532-2.55140.20171440.14012734X-RAY DIFFRACTION100
2.5514-2.66740.17211410.14482726X-RAY DIFFRACTION100
2.6674-2.8080.17871350.14182736X-RAY DIFFRACTION100
2.808-2.98390.19141400.14142713X-RAY DIFFRACTION100
2.9839-3.21410.21380.13892738X-RAY DIFFRACTION100
3.2141-3.53730.161520.12182719X-RAY DIFFRACTION100
3.5373-4.04850.1251580.10282734X-RAY DIFFRACTION100
4.0485-5.09830.12841440.09692742X-RAY DIFFRACTION100
5.0983-35.4640.13531390.12892821X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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