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- PDB-6hys: Crystal structure of DHX8 helicase domain bound to ADP at 2.6 angstrom -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6hys
タイトルCrystal structure of DHX8 helicase domain bound to ADP at 2.6 angstrom
要素ATP-dependent RNA helicase DHX8
キーワードRNA BINDING PROTEIN (RNA結合タンパク質) / Helicase (ヘリカーゼ) / Splicing / RNA (リボ核酸)
機能・相同性
機能・相同性情報


spliceosomal complex disassembly / ATP-dependent activity, acting on RNA / U2-type catalytic step 2 spliceosome / 転写後修飾 / catalytic step 2 spliceosome / mRNA Splicing - Major Pathway / RNA splicing / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / RNA helicase activity ...spliceosomal complex disassembly / ATP-dependent activity, acting on RNA / U2-type catalytic step 2 spliceosome / 転写後修飾 / catalytic step 2 spliceosome / mRNA Splicing - Major Pathway / RNA splicing / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / RNA helicase activity / nuclear body / ヘリカーゼ / ATP hydrolysis activity / RNA binding / 核質 / ATP binding / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
DHX8/ Prp22, DEXH-box helicase domain / : / : / : / Helicase associated domain (HA2), ratchet-like / DEAD-box helicase, OB fold / Oligonucleotide/oligosaccharide-binding (OB)-fold / Helicase-associated domain / Helicase associated domain (HA2), winged-helix / Helicase associated domain (HA2) Add an annotation ...DHX8/ Prp22, DEXH-box helicase domain / : / : / : / Helicase associated domain (HA2), ratchet-like / DEAD-box helicase, OB fold / Oligonucleotide/oligosaccharide-binding (OB)-fold / Helicase-associated domain / Helicase associated domain (HA2), winged-helix / Helicase associated domain (HA2) Add an annotation / DNA/RNA helicase, ATP-dependent, DEAH-box type, conserved site / DEAH-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / S1 domain profile. / Ribosomal protein S1-like RNA-binding domain / S1 RNA binding domain / S1 domain / DEAD/DEAH box helicase / DEAD/DEAH box helicase domain / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Nucleic acid-binding, OB-fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
酢酸塩 / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ATP-dependent RNA helicase DHX8
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Felisberto-Rodrigues, C. / Thomas, J.C. / McAndrew, P.C. / Le Bihan, Y.V. / Burke, R. / Workman, P. / van Montfort, R.L.M.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Cancer Research UKC309/A11566 英国
Cancer Research UKC2739/A22897 英国
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2019
タイトル: Structural and functional characterisation of human RNA helicase DHX8 provides insights into the mechanism of RNA-stimulated ADP release.
著者: Felisberto-Rodrigues, C. / Thomas, J.C. / McAndrew, C. / Le Bihan, Y.V. / Burke, R. / Workman, P. / van Montfort, R.L.M.
履歴
登録2018年10月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年8月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年9月25日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATP-dependent RNA helicase DHX8
B: ATP-dependent RNA helicase DHX8
C: ATP-dependent RNA helicase DHX8
D: ATP-dependent RNA helicase DHX8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)312,14653
ポリマ－307,2904
非ポリマー4,85649
水8,053447
1
A: ATP-dependent RNA helicase DHX8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,08214
ポリマ－76,8231
非ポリマー1,26013
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: ATP-dependent RNA helicase DHX8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,02013
ポリマ－76,8231
非ポリマー1,19812
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: ATP-dependent RNA helicase DHX8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,03913
ポリマ－76,8231
非ポリマー1,21712
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: ATP-dependent RNA helicase DHX8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,00413
ポリマ－76,8231
非ポリマー1,18212
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.960, 167.940, 137.110
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.71, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
ATP-dependent RNA helicase DHX8 / DEAH box protein 8 / RNA helicase HRH1


分子量: 76822.562 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DHX8, DDX8 / プラスミド: baculovirus / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q14562, ヘリカーゼ

-
非ポリマー , 6種, 496分子

#2: 化合物
ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / アデノシン二リン酸


分子量: 427.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物...
ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド / ジメチルスルホキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩


分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 447 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.92 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 15% 2-Methyl-2,4-pentanediol, 100mM Sodium Acetate, 6% DMSO

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.92044 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92044 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→49.49 Å / Num. obs: 92707 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 55.4 Å2 / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 5.8
反射 シェル解像度: 2.6→2.64 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.818 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / CC1/2: 0.319 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2XAU and 3I4U

2xau

3i4u


解像度: 2.6→37.59 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU R Cruickshank DPI: 0.579 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.524 / SU Rfree Blow DPI: 0.249 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.257
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.214 4414 4.76 %RANDOM
Rwork0.182 ---
obs0.183 92658 99.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 67.41 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.8782 Å20 Å22.5246 Å2
2--5.1599 Å20 Å2
3---0.7182 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.33 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.6→37.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19040 0 276 447 19763
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0119801HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.1426913HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d6588SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes3365HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it19801HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.76
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.32
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion2710SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies9HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance24HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle64HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact22388SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.62 Å / Total num. of bins used: 50
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2348 -4.15 %
Rwork0.2307 1777 -
all0.2309 1854 -
obs--99.48 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.07010.516-0.0012.56290.00441.7234-0.07610.02510.0203-0.05840.0832-0.1327-0.08950.1766-0.0071-0.06270.0063-0.0115-0.0488-0.0022-0.077524.77811.2032135.2688
21.1549-0.65690.37931.5243-0.44152.4617-0.0058-0.05730.17710.08810.018-0.0672-0.3239-0.1851-0.01220.06810.00790.0249-0.21690.0363-0.10349.849728.3915123.5058
30.9239-0.0452-0.19010.6539-0.172.4269-0.0706-0.21780.17030.12730.1288-0.088-0.2960.2999-0.05830.07230.0025-0.0279-0.181-0.0601-0.108712.904227.0956137.7722
41.3894-0.20210.31232.0440.14152.6362-0.2088-0.0814-0.05390.27850.16550.1915-0.3534-0.150.04330.02580.1165-0.0002-0.10360.0116-0.1679-4.623321.859156.2391
50.9928-0.1931-0.30131.36160.05721.2863-0.0047-0.0084-0.1152-0.19680.05660.15760.2083-0.3457-0.0519-0.0239-0.0743-0.0199-0.02870.0565-0.0706-3.789-13.1892132.2468
62.1023-0.66231.88375.139-0.24122.2230.00710.0915-0.0720.20410.1121-0.10270.04850.4212-0.11920.122-0.01310.0128-0.1473-0.0019-0.149223.5963-22.2992123.0903
70.5776-0.0477-0.7530.12850.29353.74840.0045-0.0628-0.073-0.0640.11190.08210.4082-0.3597-0.11640.1968-0.10210.005-0.16670.0865-0.12028.7779-28.7049131.0125
81.23810.18620.55172.0913-0.95332.4291-0.18560.0127-0.02210.13250.147-0.24220.1904-0.05240.0387-0.02710.04790.0415-0.16690.0009-0.153218.7565-20.5884157.512
9-0.01210.50610.1280.258-0.2340.0121-0.00160.0035-0.001-0.00560.00420.0182-0.0004-0.0028-0.00270.0623-0.0128-0.0413-0.0706-0.020.086614.5653-38.9721176.5972
103.0497-0.75260.56132.6293-0.11311.99250.01290.1166-0.25260.0816-0.0203-0.17430.00630.25760.0074-0.019-0.00360.0232-0.0583-0.0058-0.145429.3436-6.793680.8421
111.41830.5591-0.16341.927-0.84423.57190.0148-0.0554-0.1133-0.14110.0509-0.0650.5392-0.3177-0.06570.1915-0.01250.0017-0.2707-0.0573-0.267113.6311-24.674190.8314
120.06420.5771-0.75150-0.40883.11660.020.07370.04180.00140.0028-0.16280.43140.3985-0.02270.27240.14630.0236-0.1006-0.0511-0.209520.0006-27.530883.8838
131.2326-0.04330.1032.00571.12621.8094-0.1008-0.00280.0589-0.20870.07710.10410.06760.03280.02380.1071-0.0480.064-0.1544-0.0346-0.24539.953-22.642256.8991
142.5303-0.7437-0.6091.8370.49662.69590.0035-0.00490.07140.0404-0.06640.04920.0782-0.31570.0629-0.0218-0.0159-0.0004-0.0187-0.0328-0.1618-3.11888.229778.9702
150.9473-0.36330.2970.91370.32623.52020.04210.12630.0283-0.174-0.0863-0.0708-0.5430.03910.04420.15270.03750.0261-0.21490.077-0.18068.628427.727487.9845
161.2111-0.26630.05091.817-0.69682.0548-0.1316-0.01020.0031-0.17610.0941-0.1492-0.21270.00710.03750.1248-0.04730.0002-0.115-0.024-0.30417.808623.838157.1027
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{A|555 - 719}
2X-RAY DIFFRACTION2{A|720 - 800}
3X-RAY DIFFRACTION3{A|801 - 986}
4X-RAY DIFFRACTION4{A|987 - 1186}
5X-RAY DIFFRACTION5{B|555 - 755}
6X-RAY DIFFRACTION6{B|756 - 823}
7X-RAY DIFFRACTION7{B|824 - 934}
8X-RAY DIFFRACTION8{B|935 - 1181}
9X-RAY DIFFRACTION9{B|1182 - 1187}
10X-RAY DIFFRACTION10{C|556 - 720}
11X-RAY DIFFRACTION11{C|721 - 823}
12X-RAY DIFFRACTION12{C|824 - 934}
13X-RAY DIFFRACTION13{C|935 - 1186}
14X-RAY DIFFRACTION14{D|556 - 720}
15X-RAY DIFFRACTION15{D|721 - 925}
16X-RAY DIFFRACTION16{D|926 - 1187}

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

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