PDB-6htt: Crystal structure of Schistosoma mansoni HDAC8 complexed with a b...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6htt

タイトル

Crystal structure of Schistosoma mansoni HDAC8 complexed with a benzohydroxamate inhibitor 7

要素

Histone deacetylase

ヒストン脱アセチル化酵素

キーワード

HYDROLASE (加水分解酵素) /

Epigenetics (エピジェネティクス) /

Histone deacetylase (ヒストン脱アセチル化酵素) /

HDAC8 / Selective inhibitor /

Pathogen (病原体)

機能・相同性

機能・相同性情報

ヒストン脱アセチル化酵素 / chromatin organization /

metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.748 Å

データ登録者

Shaik, T.B. / Marek, M. / Romier, C.

資金援助

フランス, 2件

引用

ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2018
タイトル: Characterization of Histone Deacetylase 8 (HDAC8) Selective Inhibition Reveals Specific Active Site Structural and Functional Determinants.
著者: Marek, M. / Shaik, T.B. / Heimburg, T. / Chakrabarti, A. / Lancelot, J. / Ramos-Morales, E. / Da Veiga, C. / Kalinin, D. / Melesina, J. / Robaa, D. / Schmidtkunz, K. / Suzuki, T. / Holl, R. / ...

履歴

登録	2018年10月4日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年10月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年11月7日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2018年11月28日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.3	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6htt.cif.gz	682.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6htt.ent.gz	563 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6htt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ht/6htt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ht/6htt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6hqyC 6hrqC 6hsfC 6hsgC 6hshC 6hskC 6hszC 6ht8C 6htgC 6hthC 6htiC 6htzC 6hu0C 6hu1C 6hu2C 6hu3C 4bz5S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6gxu-3 6hqy-1 6fu1-1 6gxw-2 6gxu-4 6hsf-3 6hti-4 4cqf-3 6gxw-3 6hsg-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Histone deacetylase

B: Histone deacetylase

C: Histone deacetylase

D: Histone deacetylase

ヘテロ分子

208 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Histone deacetylase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
51.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Histone deacetylase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
51.9 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Histone deacetylase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
52.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: Histone deacetylase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
52 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	70.400, 70.500, 98.330
Angle α, β, γ (deg.)	75.80, 77.71, 85.53
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Histone deacetylase / ヒストン脱アセチル化酵素分子量: 50583.027 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫) 遺伝子: HDAC8 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A5H660, ヒストン脱アセチル化酵素

-
非ポリマー , 6種, 1428分子

#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物	ChemComp-GQZ / ~{N}1-oxidanyl-~{N}3-phenyl-benzene-1,3-dicarboxamide 分子量: 256.257 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₁₂N₂O₃
#5: 化合物	... ChemComp-DMF / DIMETHYLFORMAMIDE / ジメチルホルムアミド / N,N-ジメチルホルムアミド分子量: 73.094 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₇NO
#6: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#7: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 1365 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.56 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2 M NA,K L-TARTRATE, 21% (W/V) PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97779 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年6月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97779 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.748→47.82 Å / Num. obs: 169968 / % possible obs: 93.81 % / 冗長度: 1.8 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.04169 / Net I/σ(I): 11.8
反射シェル	解像度: 1.748→1.811 Å / 冗長度: 1.8 % / R_merge(I) obs: 0.2942 / Mean I/σ(I) obs: 2.32 / Num. unique obs: 16485 / CC_1/2: 0.822 / % possible all: 90.67

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4BZ5

4bz5

解像度: 1.748→47.82 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 17.58 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.183	8498	5 %
R_work	0.1498	-	-
obs	0.1514	169960	93.74 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.748→47.82 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12945	0	343	1365	14653

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	13689
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.798	18565
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.461	8001
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.053	1974
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	2431

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7477-1.7675	0.321	248	0.2726	4718	X-RAY DIFFRACTION	81
1.7675-1.7883	0.2775	280	0.2267	5336	X-RAY DIFFRACTION	94
1.7883-1.8101	0.2587	289	0.2037	5494	X-RAY DIFFRACTION	94
1.8101-1.833	0.2657	280	0.211	5305	X-RAY DIFFRACTION	94
1.833-1.8572	0.2487	289	0.2026	5506	X-RAY DIFFRACTION	95
1.8572-1.8826	0.2557	285	0.187	5399	X-RAY DIFFRACTION	95
1.8826-1.9095	0.2239	289	0.1745	5504	X-RAY DIFFRACTION	95
1.9095-1.938	0.2302	282	0.1678	5356	X-RAY DIFFRACTION	94
1.938-1.9683	0.1984	285	0.1642	5408	X-RAY DIFFRACTION	94
1.9683-2.0006	0.196	290	0.1591	5511	X-RAY DIFFRACTION	95
2.0006-2.0351	0.1934	286	0.1553	5431	X-RAY DIFFRACTION	95
2.0351-2.0721	0.1969	287	0.1563	5468	X-RAY DIFFRACTION	95
2.0721-2.1119	0.1929	285	0.1609	5404	X-RAY DIFFRACTION	95
2.1119-2.155	0.2117	286	0.1503	5446	X-RAY DIFFRACTION	95
2.155-2.2019	0.1741	287	0.1386	5444	X-RAY DIFFRACTION	94
2.2019-2.2531	0.1753	284	0.1444	5395	X-RAY DIFFRACTION	95
2.2531-2.3094	0.1843	286	0.1449	5426	X-RAY DIFFRACTION	95
2.3094-2.3719	0.1861	285	0.1453	5424	X-RAY DIFFRACTION	94
2.3719-2.4417	0.1891	287	0.1417	5453	X-RAY DIFFRACTION	95
2.4417-2.5205	0.1877	289	0.1471	5488	X-RAY DIFFRACTION	95
2.5205-2.6106	0.1745	285	0.148	5413	X-RAY DIFFRACTION	95
2.6106-2.7151	0.2114	287	0.1492	5449	X-RAY DIFFRACTION	94
2.7151-2.8386	0.1797	281	0.1446	5350	X-RAY DIFFRACTION	94
2.8386-2.9883	0.1708	284	0.1437	5389	X-RAY DIFFRACTION	94
2.9883-3.1755	0.1727	283	0.143	5378	X-RAY DIFFRACTION	93
3.1755-3.4206	0.1722	280	0.1405	5329	X-RAY DIFFRACTION	93
3.4206-3.7647	0.1601	277	0.1318	5249	X-RAY DIFFRACTION	91
3.7647-4.3091	0.1434	277	0.1234	5262	X-RAY DIFFRACTION	92
4.3091-5.4278	0.1459	282	0.1322	5360	X-RAY DIFFRACTION	93
5.4278-47.838	0.1836	283	0.168	5367	X-RAY DIFFRACTION	94

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7996	0.2513	-0.0751	0.3648	-0.1674	0.4332	0.0393	-0.1156	-0.0543	0.0101	-0.0766	-0.0494	0.0141	0.0167	-0.0062	0.0855	-0.008	-0.0052	0.15	0.0126	0.106	53.7014	25.7876	86.0297
2	0.6278	-0.1186	0.1012	0.2454	-0.0511	0.3307	0.017	-0.0545	0.0275	-0.0247	-0.0154	-0.016	-0.0255	-0.0162	0.0026	0.0707	0.0083	0.0024	0.095	-0.007	0.0857	88.4954	43.4945	70.1203
3	0.256	-0.0644	-0.0227	0.5537	0.0576	0.3292	-0.0276	-0.01	-0.0114	-0.04	0.0096	0.0125	0.0008	-0.021	-0	0.1198	0.0044	0.0039	0.0826	-0.0044	0.1041	44.2679	2.5037	40.8505
4	0.3424	0.0929	-0.2233	0.5671	-0.1476	0.5636	-0.0261	0.0147	-0.0098	-0.0577	0.016	-0.025	0.032	0.0028	-0.0001	0.136	-0.0115	-0.0055	0.0848	-0.0039	0.104	64.974	35.9118	25.2444

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain B
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain C
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain D

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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