PDB-6gxu: Crystal structure of Schistosoma mansoni HDAC8 complexed with an ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6gxu

タイトル

Crystal structure of Schistosoma mansoni HDAC8 complexed with an hydroxamate 3

要素

Histone deacetylase

ヒストン脱アセチル化酵素

キーワード

HYDROLASE (加水分解酵素) /

Epigenetics (エピジェネティクス) /

Histone deacetylase (ヒストン脱アセチル化酵素) /

HDAC8 / Selective inhibitor /

Pathogen (病原体)

機能・相同性

機能・相同性情報

ヒストン脱アセチル化酵素 / chromatin organization /

metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.917 Å

データ登録者

Shaik, T.B. / Marek, M. / Romier, C.

資金援助

フランス, 2件

引用

ジャーナル: ChemMedChem / 年: 2018
タイトル: Synthesis, Crystallization Studies, and in vitro Characterization of Cinnamic Acid Derivatives as SmHDAC8 Inhibitors for the Treatment of Schistosomiasis.
著者: Bayer, T. / Chakrabarti, A. / Lancelot, J. / Shaik, T.B. / Hausmann, K. / Melesina, J. / Schmidtkunz, K. / Marek, M. / Erdmann, F. / Schmidt, M. / Robaa, D. / Romier, C. / Pierce, R.J. / Jung, M. / Sippl, W.

履歴

登録	2018年6月27日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年8月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年8月29日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6gxu.cif.gz	655.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6gxu.ent.gz	541.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6gxu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gx/6gxu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gx/6gxu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6gx3C 6gxaC 6gxwC 4bz5S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6hth-1 4bz9-1 6htt-4 4bz8-4 6hqy-3 6hu0-1 6fu1-1 6hsf-1 6hu1-2 6hqy-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Histone deacetylase

B: Histone deacetylase

C: Histone deacetylase

D: Histone deacetylase

ヘテロ分子

206 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Histone deacetylase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
51.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Histone deacetylase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
51.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Histone deacetylase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
51.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: Histone deacetylase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
51.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	70.420, 70.460, 97.910
Angle α, β, γ (deg.)	77.96, 75.94, 85.97
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Histone deacetylase / ヒストン脱アセチル化酵素分子量: 50583.027 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫) 遺伝子: HDAC8 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A5H660, ヒストン脱アセチル化酵素

-
非ポリマー , 6種, 585分子

#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物	ChemComp-FG8 / (~{E})-3-[2-(4-chlorophenyl)sulfanylphenyl]-~{N}-oxidanyl-prop-2-enamide 分子量: 305.779 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₁₂ClNO₂S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	... ChemComp-DMF / DIMETHYLFORMAMIDE / ジメチルホルムアミド / N,N-ジメチルホルムアミド分子量: 73.094 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₇NO
#6: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#7: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 540 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.99 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M NA,K L-TARTRATE, 21% (W/V) PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1.006365 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.006365 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.917→46.55 Å / Num. obs: 118789 / % possible obs: 86.69 % / 冗長度: 1.8 % / Net I/σ(I): 5.58
反射シェル	解像度: 1.917→1.986 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4BZ5

4bz5

解像度: 1.917→46.549 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.92 / 位相誤差: 27.77

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2484	5940	5 %
R_work	0.2012	-	-
obs	0.2036	118753	86.67 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.917→46.549 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12850	0	241	540	13631

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	13456
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.882	18263
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.414	7850
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.051	1949
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	2410

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9169-1.9387	0.39	109	0.3234	2062	X-RAY DIFFRACTION	48
1.9387-1.9615	0.3687	210	0.3117	4002	X-RAY DIFFRACTION	91
1.9615-1.9854	0.3183	204	0.28	3859	X-RAY DIFFRACTION	91
1.9854-2.0105	0.3175	209	0.2704	3981	X-RAY DIFFRACTION	90
2.0105-2.037	0.3365	202	0.2629	3843	X-RAY DIFFRACTION	89
2.037-2.0649	0.3103	202	0.2544	3825	X-RAY DIFFRACTION	88
2.0649-2.0944	0.2844	199	0.2465	3770	X-RAY DIFFRACTION	87
2.0944-2.1257	0.3269	198	0.2448	3780	X-RAY DIFFRACTION	87
2.1257-2.1589	0.3104	206	0.2404	3915	X-RAY DIFFRACTION	91
2.1589-2.1943	0.2778	206	0.2241	3914	X-RAY DIFFRACTION	90
2.1943-2.2321	0.2899	200	0.2225	3789	X-RAY DIFFRACTION	89
2.2321-2.2727	0.3084	199	0.2297	3781	X-RAY DIFFRACTION	86
2.2727-2.3164	0.2892	199	0.2267	3775	X-RAY DIFFRACTION	88
2.3164-2.3637	0.2743	199	0.2199	3793	X-RAY DIFFRACTION	87
2.3637-2.4151	0.2941	200	0.2155	3785	X-RAY DIFFRACTION	87
2.4151-2.4712	0.2599	198	0.2096	3765	X-RAY DIFFRACTION	87
2.4712-2.533	0.2536	203	0.2124	3847	X-RAY DIFFRACTION	88
2.533-2.6015	0.2606	198	0.2044	3780	X-RAY DIFFRACTION	87
2.6015-2.6781	0.2404	198	0.2125	3752	X-RAY DIFFRACTION	87
2.6781-2.7645	0.2852	197	0.204	3747	X-RAY DIFFRACTION	86
2.7645-2.8633	0.2609	204	0.2003	3864	X-RAY DIFFRACTION	89
2.8633-2.9779	0.2656	202	0.2004	3841	X-RAY DIFFRACTION	89
2.9779-3.1134	0.24	206	0.1955	3923	X-RAY DIFFRACTION	90
3.1134-3.2775	0.2431	203	0.1849	3859	X-RAY DIFFRACTION	89
3.2775-3.4828	0.2178	200	0.1731	3785	X-RAY DIFFRACTION	87
3.4828-3.7516	0.2154	192	0.1746	3644	X-RAY DIFFRACTION	84
3.7516-4.1289	0.2064	195	0.1691	3709	X-RAY DIFFRACTION	85
4.1289-4.7259	0.2025	198	0.1686	3762	X-RAY DIFFRACTION	87
4.7259-5.9522	0.2208	199	0.1856	3791	X-RAY DIFFRACTION	87
5.9522-46.5627	0.2218	205	0.2059	3870	X-RAY DIFFRACTION	89

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6236	0.0898	-0.1268	0.6179	-0.3101	0.4892	0.0455	-0.0399	-0.0285	0.0618	-0.0576	-0.0286	0.002	0.0423	-0.0007	0.1553	-0.0258	-0.0064	0.1884	-0.0028	0.1504	53.8392	25.498	85.9853
2	0.7102	-0.2764	-0.0088	0.4364	-0.0073	0.4734	0.0198	0.0004	0.0415	-0.0011	-0.0363	-0.019	-0.0519	0.0077	0	0.1052	0.0023	-0.0101	0.1244	-0.0008	0.1213	88.5071	43.1071	70.3093
3	0.4006	-0.1127	-0.0844	0.9246	0.1528	0.5119	-0.0377	0.002	-0.0053	-0.0309	0.0381	0.0405	-0.0026	-0.0388	0	0.1149	0.0101	-0.0087	0.0831	0.0055	0.0926	44.8691	2.2564	41.1726
4	0.5095	0.1269	-0.2257	0.8147	-0.0769	0.461	-0.0354	0.0157	-0.0425	-0.0618	0.0058	-0.0112	0.0015	-0.0121	-0.0003	0.1774	-0.0127	0.0059	0.1467	-0.0054	0.1554	65.1023	35.9663	25.4126

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain B
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain C
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain D

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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