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- PDB-6hr2: Crystal structure of PROTAC 2 in complex with the bromodomain of ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6hr2
タイトルCrystal structure of PROTAC 2 in complex with the bromodomain of human SMARCA4 and pVHL:ElonginC:ElonginB
要素
  • Elongin-B
  • Elongin-C
  • Transcription activator BRG1
  • von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
キーワードTRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / bromodomain (ブロモドメイン) / BRG1 (SMARCA4) / SMARCA4 (SMARCA4) / PROTAC (タンパク質分解誘導キメラ分子) / VHL / ternary complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of glucose mediated signaling pathway / bBAF complex / npBAF complex / nBAF complex / positive regulation of transcription of nucleolar large rRNA by RNA polymerase I / negative regulation of androgen receptor signaling pathway / regulation of cellular response to hypoxia / GBAF complex / neural retina development / regulation of G0 to G1 transition ...positive regulation of glucose mediated signaling pathway / bBAF complex / npBAF complex / nBAF complex / positive regulation of transcription of nucleolar large rRNA by RNA polymerase I / negative regulation of androgen receptor signaling pathway / regulation of cellular response to hypoxia / GBAF complex / neural retina development / regulation of G0 to G1 transition / Tat protein binding / EGR2 and SOX10-mediated initiation of Schwann cell myelination / RHOBTB3 ATPase cycle / nucleosome disassembly / negative regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / transcription elongation factor activity / regulation of nucleotide-excision repair / target-directed miRNA degradation / elongin complex / RSC-type complex / VCB complex / RNA polymerase I preinitiation complex assembly / positive regulation by host of viral transcription / ATP-dependent chromatin remodeler activity / regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / Replication of the SARS-CoV-1 genome / SWI/SNF complex / positive regulation of double-strand break repair / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / positive regulation of T cell differentiation / Cul2-RING ubiquitin ligase complex / nuclear androgen receptor binding / positive regulation of stem cell population maintenance / intracellular non-membrane-bounded organelle / SUMOylation of ubiquitinylation proteins / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known / negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / negative regulation of cell differentiation / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / positive regulation of Wnt signaling pathway / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / positive regulation of myoblast differentiation / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / ATP-dependent activity, acting on DNA / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / Chromatin modifying enzymes / negative regulation of signal transduction / DNA polymerase binding / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / negative regulation of TORC1 signaling / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / Interleukin-7 signaling / negative regulation of autophagy / transcription corepressor binding / helicase activity / Evasion by RSV of host interferon responses / transcription coregulator binding / transcription elongation by RNA polymerase II / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / positive regulation of cell differentiation / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / Vif-mediated degradation of APOBEC3G / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / lysine-acetylated histone binding / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / cell morphogenesis / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / negative regulation of cell growth / 動原体 / 核小体 / RMTs methylate histone arginines / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / nuclear matrix / positive regulation of miRNA transcription / ubiquitin-protein transferase activity / transcription corepressor activity / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / p53 binding / protein-macromolecule adaptor activity / nervous system development / Neddylation / positive regulation of cold-induced thermogenesis / Replication of the SARS-CoV-2 genome / cellular response to hypoxia / ubiquitin-dependent protein catabolic process / 遺伝子発現の調節 / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein-containing complex assembly / DNA-binding transcription factor binding / amyloid fibril formation
類似検索 - 分子機能
SWI/SNF complex subunit BRG1 / BRK domain / BRK domain / BRK domain superfamily / domain in transcription and CHROMO domain helicases / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain / Elongin C; Chain C, domain 1 / domain in helicases and associated with SANT domains / Glutamine-Leucine-Glutamine, QLQ ...SWI/SNF complex subunit BRG1 / BRK domain / BRK domain / BRK domain superfamily / domain in transcription and CHROMO domain helicases / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain / Elongin C; Chain C, domain 1 / domain in helicases and associated with SANT domains / Glutamine-Leucine-Glutamine, QLQ / QLQ / QLQ domain profile. / QLQ / Snf2, ATP coupling domain / Snf2-ATP coupling, chromatin remodelling complex / Snf2-ATP coupling, chromatin remodelling complex / HSA domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta/alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain / VHL superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain superfamily / VHL beta domain / VHL box domain / Helicase/SANT-associated domain / HSA domain profile. / Elongin B / Elongin-C / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / : / SNF2-like, N-terminal domain superfamily / SNF2, N-terminal / SNF2-related domain / S-phase kinase-associated protein 1-like / SKP1 component, POZ domain / Skp1 family, tetramerisation domain / Found in Skp1 protein family / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Helicase conserved C-terminal domain / Bromodomain-like / Histone Acetyltransferase; Chain A / Ubiquitin-like (UB roll) / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Ubiquitin family / ブロモドメイン / Ubiquitin homologues / Bromodomain profile. / bromo domain / ブロモドメイン / Bromodomain-like superfamily / Ubiquitin domain profile. / helicase superfamily c-terminal domain / ユビキチン様タンパク質 / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-FWZ / von Hippel-Lindau disease tumor suppressor / Transcription activator BRG1 / Elongin-C / Elongin-B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.76 Å
データ登録者Roy, M. / Bader, G. / Diers, E. / Trainor, N. / Farnaby, W. / Ciulli, A.
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2019
タイトル: BAF complex vulnerabilities in cancer demonstrated via structure-based PROTAC design.
著者: Farnaby, W. / Koegl, M. / Roy, M.J. / Whitworth, C. / Diers, E. / Trainor, N. / Zollman, D. / Steurer, S. / Karolyi-Oezguer, J. / Riedmueller, C. / Gmaschitz, T. / Wachter, J. / Dank, C. / ...著者: Farnaby, W. / Koegl, M. / Roy, M.J. / Whitworth, C. / Diers, E. / Trainor, N. / Zollman, D. / Steurer, S. / Karolyi-Oezguer, J. / Riedmueller, C. / Gmaschitz, T. / Wachter, J. / Dank, C. / Galant, M. / Sharps, B. / Rumpel, K. / Traxler, E. / Gerstberger, T. / Schnitzer, R. / Petermann, O. / Greb, P. / Weinstabl, H. / Bader, G. / Zoephel, A. / Weiss-Puxbaum, A. / Ehrenhofer-Wolfer, K. / Wohrle, S. / Boehmelt, G. / Rinnenthal, J. / Arnhof, H. / Wiechens, N. / Wu, M.Y. / Owen-Hughes, T. / Ettmayer, P. / Pearson, M. / McConnell, D.B. / Ciulli, A.
履歴
登録2018年9月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年6月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年6月19日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22019年7月3日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcription activator BRG1
B: von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
C: Elongin-C
D: Elongin-B
E: Transcription activator BRG1
F: von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
G: Elongin-C
H: Elongin-B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,47314
ポリマ－108,3528
非ポリマー2,1216
水7,278404
1
A: Transcription activator BRG1
B: von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
C: Elongin-C
D: Elongin-B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,1746
ポリマ－54,1764
非ポリマー9982
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
E: Transcription activator BRG1
F: von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
G: Elongin-C
H: Elongin-B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,2988
ポリマ－54,1764
非ポリマー1,1224
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)60.332, 61.678, 81.603
Angle α, β, γ (deg.)69.430, 83.380, 86.420
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

-
タンパク質 , 4種, 8分子 AEBFCGDH

#1: タンパク質 Transcription activator BRG1 / ATP-dependent helicase SMARCA4 / BRG1-associated factor 190A / BAF190A / Mitotic growth and ...ATP-dependent helicase SMARCA4 / BRG1-associated factor 190A / BAF190A / Mitotic growth and transcription activator / Protein BRG-1 / Protein brahma homolog 1 / SNF2-beta / SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily A member 4


分子量: 14155.381 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SMARCA4, BAF190A, BRG1, SNF2B, SNF2L4 / プラスミド: pDEST15 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P51532, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
#2: タンパク質 von Hippel-Lindau disease tumor suppressor / Protein G7 / pVHL


分子量: 17297.688 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VHL / プラスミド: pHAT4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P40337
#3: タンパク質 Elongin-C / EloC / Elongin 15 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit C / SIII p15 / ...EloC / Elongin 15 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit C / SIII p15 / Transcription elongation factor B polypeptide 1


分子量: 10974.616 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ELOC, TCEB1 / プラスミド: pCDF-1b DUET / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15369
#4: タンパク質 Elongin-B / EloB / Elongin 18 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit B / SIII p18 / ...EloB / Elongin 18 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit B / SIII p18 / Transcription elongation factor B polypeptide 2


分子量: 11748.406 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ELOB, TCEB2 / プラスミド: pCDF-1b DUET / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15370

-
非ポリマー , 4種, 410分子

#5: 化合物 ChemComp-FWZ / (2~{S},4~{R})-~{N}-[[2-[2-[4-[[4-[3-azanyl-6-(2-hydroxyphenyl)pyridazin-4-yl]piperazin-1-yl]methyl]phenyl]ethoxy]-4-(4-methyl-1,3-thiazol-5-yl)phenyl]methyl]-1-[(2~{S})-2-[(1-fluoranylcyclopropyl)carbonylamino]-3,3-dimethyl-butanoyl]-4-oxidanyl-pyrrolidine-2-carboxamide


分子量: 920.105 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C49H58FN9O6S
#6: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド / ジメチルスルホキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#7: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#8: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 404 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.69 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 20% (w/v) PEG1500, 0.1 M MIB Buffer, pH 6.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年8月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.76→39.8 Å / Num. obs: 68052 / % possible obs: 89.4 % / 冗長度: 2.4 % / Biso Wilson estimate: 36.81 Å2 / Net I/σ(I): 12.1
反射 シェル解像度: 1.76→1.96 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
BUSTER2.11.7精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
PHASER位相決定
精密化解像度: 1.76→39.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU R Cruickshank DPI: 0.569 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.203 / SU Rfree Blow DPI: 0.162 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.166
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.236 2903 4.27 %RANDOM
Rwork0.216 ---
obs0.216 68052 63.2 %-
原子変位パラメータBiso max: 279.02 Å2 / Biso mean: 56.7 Å2 / Biso min: 18.24 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.5537 Å2-0.2567 Å21.8979 Å2
2--2.0896 Å2-1.225 Å2
3----0.5359 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.29 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.76→39.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7428 0 148 404 7980
Biso mean--36.9 50.48 -
残基数----916
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3468SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes2480HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it15558HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd3SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1002SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies7HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact16177SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d15558HARMONIC20.008
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg28230HARMONIC20.94
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.18
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.1
LS精密化 シェル解像度: 1.76→1.88 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 50
Rfactor反射数%反射
Rfree0.252 72 5.29 %
Rwork0.233 1290 -
all0.234 1362 -
obs--7.07 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.96630.85870.59781.82413.13635.39080.10450.11830.0038-0.0721-0.0409-0.07950.24930.0971-0.06360.01830.0902-0.0969-0.1364-0.0287-0.0756-33.1212-17.6876-37.479
22.1114-0.57890.68920.925-0.43431.39390.1128-0.1922-0.3536-0.1217-0.14520.00360.1062-0.11120.0323-0.1074-0.0666-0.031-0.07390.02610.0737-17.8913-5.5606-6.3891
31.4773-0.11741.75092.28760.39122.25670.0909-0.3529-0.11670.2586-0.10880.2680.0611-0.04040.0179-0.1947-0.060.05820.18440.098-0.09130.85333.284911.8011
42.93421.6341-0.26423.8189-0.43590.3810.0167-0.2407-0.0666-0.06830.06960.0698-0.1056-0.0967-0.0863-0.1397-0.00770.02660.0698-0.0279-0.107313.54714.33355.887
51.0240.47211.10792.16492.01983.35620.0451-0.19860.1121-0.0154-0.0179-0.1622-0.21590.2442-0.0272-0.0961-0.10720.05280.0464-0.11-0.0768-24.961636.422911.9118
61.25-0.0514-0.24360.4824-0.24780.83210.1450.16980.1994-0.2737-0.1238-0.2216-0.09310.0235-0.02120.08460.03190.1696-0.0626-0.0029-0.0065-17.519223.2366-22.4906
70.94050.6542-1.58451.66050.28184.36550.11970.28850.081-0.148-0.09240.1885-0.05710.0154-0.0273-0.10090.16330.07060.14260.0514-0.1576-4.446911.8194-43.3321
82.5615-0.6823-1.46062.79370.23611.5170.0183-0.0078-0.08250.0368-0.0231-0.03640.21120.13250.0048-0.06410.12630.02930.1147-0.0002-0.22547.7169-1.2171-40.3328
90.2035-0.4366-0.43021.2110.25570.12440.0904-0.0384-0.0972-0.01590.09360.10030.00680.0101-0.1841-0.0049-0.0209-0.0272-0.0342-0.0750.0344-25.53939.2655-13.4082
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A1452 - 1568
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B61 - 209
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }C16 - 112
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }D1 - 104
5X-RAY DIFFRACTION5{ E|* }E1449 - 1568
6X-RAY DIFFRACTION6{ F|* }F61 - 209
7X-RAY DIFFRACTION7{ G|* }G16 - 112
8X-RAY DIFFRACTION8{ H|* }H1 - 103
9X-RAY DIFFRACTION9{ I|* }I1 - 2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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