PDB-6hig: hPD-1/NBO1a Fab complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6hig

タイトル

hPD-1/NBO1a Fab complex

要素

Heavy Chain
Light Chain
Programmed cell death protein 1PD-1

キーワード

IMMUNE SYSTEM (免疫系) / Non-blocking antibody / PD-1/PD-L1 pathway / anti-PD-1 antibody / tumor clearance

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of tolerance induction / regulatory T cell apoptotic process / B cell apoptotic process / negative regulation of immune response / positive regulation of T cell apoptotic process / negative regulation of B cell apoptotic process /

液性免疫 / PD-1 signaling /

regulation of immune response /

獲得免疫系 ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Loredo-Varela, J.L. / Fenwick, C. / Pantaleo, G. / Weissenhorn, W.

引用

ジャーナル: J.Exp.Med. / 年: 2019
タイトル: Tumor suppression of novel anti-PD-1 antibodies mediated through CD28 costimulatory pathway.
著者: Fenwick, C. / Loredo-Varela, J.L. / Joo, V. / Pellaton, C. / Farina, A. / Rajah, N. / Esteves-Leuenberger, L. / Decaillon, T. / Suffiotti, M. / Noto, A. / Ohmiti, K. / Gottardo, R. / ...

履歴

登録	2018年8月29日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年6月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年7月10日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6hig.cif.gz	211.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6hig.ent.gz	167.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6hig.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hi/6hig ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hi/6hig	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4q9qS 4zqkS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3pnw-1 3pnw-5 3ks0-2 2vxq-d 4lmq-2 3pnw-8 6was-1 6bit-1 6bfq-4 5otj-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#204 - 2016年12月
PD-1 (PD-1)
類似性 (3)
#21 - 2001年9月
抗体 (Antibodies)
類似性 (1)
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類似性 (1)
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キメラ抗原受容体 (Chimeric Antigen Receptors)
類似性 (1)
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ミエリン関連糖タンパク質 (Myelin-associated Glycoprotein)
類似性 (1)
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HIV外被糖タンパク質 (HIV Envelope Glycoprotein)
類似性 (1)
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組織グルタミン転移酵素とセリアック病 (Tissue Transglutaminase and Celiac Disease)
類似性 (1)
#62 - 2005年2月
主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex)
類似性 (1)

登録構造単位

H: Heavy Chain

L: Light Chain

B: Programmed cell death protein 1

61.7 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.514, 63.049, 68.297
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 106.49, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: 抗体	Heavy Chain 分子量: 25238.256 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#2: 抗体	Light Chain / 分子量: 23264.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: タンパク質	Programmed cell death protein 1 / PD-1 / hPD-1 分子量: 13228.716 Da / 分子数: 1 / Mutation: C93S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDCD1, PD1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15116
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 155 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.98 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法 / 詳細: 0.2 M NH4I 20 % PEG 3.35 K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97625 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→65.49 Å / Num. obs: 26237 / % possible obs: 97.59 % / 冗長度: 2.9 % / B_iso Wilson estimate: 33.88 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.0696 / R_rim(I) all: 0.08456 / Net I/σ(I): 10.77
反射シェル	解像度: 2.2→2.27 Å / 冗長度: 2.7 % / R_merge(I) obs: 0.5201 / Mean I/σ(I) obs: 2.16 / Num. unique obs: 2261 / CC_1/2: 0.711 / R_rim(I) all: 0.6447 / % possible all: 98.28

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4ZQK, 4Q9Q

4zqk

4q9q

解像度: 2.2→65.489 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 28.83

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2697	1265	4.82 %
R_work	0.2148	-	-
obs	0.2174	26236	97.59 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→65.489 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3787	0	0	155	3942

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	3875
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.479	5270
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.527	2306
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.041	603
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	665

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2-2.2881	0.3594	157	0.2839	2769	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2881-2.3923	0.3097	126	0.2722	2799	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3923-2.5184	0.3295	148	0.2568	2806	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5184-2.6762	0.3113	137	0.2486	2758	X-RAY DIFFRACTION	98
2.6762-2.8828	0.3276	145	0.2419	2740	X-RAY DIFFRACTION	97
2.8828-3.1729	0.2976	136	0.2278	2812	X-RAY DIFFRACTION	98
3.1729-3.632	0.2942	128	0.2057	2755	X-RAY DIFFRACTION	97
3.632-4.5758	0.2116	136	0.1779	2786	X-RAY DIFFRACTION	97
4.5758-65.5176	0.2266	152	0.1928	2746	X-RAY DIFFRACTION	95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.0718	-0.6466	0.0702	1.6787	-0.4946	2.9325	-0.0622	0.6521	0.4873	-0.9381	-0.3185	0.7166	-0.7338	-0.6957	0.4043	0.3293	0.1245	-0.275	0.4643	-0.2135	0.6255	-19.8813	-11.4614	-28.8662
2	2.0649	-0.1462	-2.0506	4.0478	1.443	4.0517	0.2115	0.2771	0.181	-0.7898	-0.3193	0.2735	-0.7408	-0.0794	0.083	0.6137	0.012	-0.0802	0.4896	-0.0702	0.2984	-9.9823	-17.2229	-33.5151
3	5.1003	-3.4407	-5.4562	6.3292	5.4696	8.9583	-0.1054	-0.5385	0.0623	0.6767	0.0308	0.8018	0.2866	-0.7752	0.2164	0.4048	0.0491	0.135	0.5596	-0.1112	0.3862	-14.1152	-23.4845	-21.7579
4	4.615	1.8797	-6.4006	1.9269	-2.9443	9.0206	-0.1644	0.5714	-1.2786	-0.2389	-1.1303	0.3722	-0.2724	-0.6635	0.8678	0.5453	-0.08	0.0295	0.5306	-0.2529	0.5881	-13.1789	-28.5119	-34.4553
5	4.0471	2.9138	-0.6122	4.8216	-1.08	3.7102	-0.2747	0.5864	0.8212	-2.3782	-0.5971	1.2396	0.1975	-0.7163	0.124	0.8002	0.0858	-0.4472	0.4643	-0.4288	0.7166	-18.0701	-20.1238	-36.2322
6	4.0584	1.2034	0.3511	4.0079	1.541	4.6738	-0.2139	0.1168	0.3484	-0.3328	-0.3	0.4464	-0.0816	-0.362	0.5791	0.4112	0.0216	-0.0412	0.2903	-0.0745	0.2607	-12.7883	-19.1925	-26.555
7	5.9469	-2.8475	-0.9954	4.5236	1.9729	3.1461	0.226	0.182	-0.9354	-0.4128	-0.031	0.2802	-0.3711	-0.0886	-0.1731	0.4195	0.0472	-0.0915	0.4161	-0.1489	0.4104	-29.6999	-8.9038	-19.4667
8	4.7685	1.5292	3.6013	8.731	2.9407	7.5161	-0.2417	-0.1158	0.2698	0.1735	-0.0156	-0.0731	0.0282	0.0982	0.2404	0.229	0.0442	0.0214	0.2468	-0.0137	0.1782	-27.4083	0.5761	0.7056
9	4.1772	0.752	2.2473	3.9884	0.8237	4.7445	0.202	0.1455	0.2061	0.1638	-0.2676	0.0653	0.2469	0.0991	0.0782	0.1866	0.0429	0.079	0.2655	0.0228	0.2127	-21.7593	-0.7168	-5.0131
10	8.8633	2.6688	6.5361	8.835	4.9486	5.6052	-0.5115	0.2553	0.673	-0.3063	-0.1355	0.3516	-0.9935	0.2071	0.7367	0.3587	0.0911	-0.0184	0.2355	0.036	0.3314	-26.1213	7.8445	-6.0156
11	3.1137	-0.4189	0.2456	3.3319	0.9772	1.7845	-0.0145	-0.2985	-0.377	0.3509	-0.1279	0.258	0.2392	-0.0681	0.1617	0.3838	0.052	0.1228	0.295	0.0521	0.2597	-0.2473	-25.5257	-11.0169
12	2.6242	1.6306	0.5631	1.7759	-1.0972	3.6766	-0.1628	0.0672	0.0937	-0.3928	-0.0886	-0.4687	0.0531	0.3915	0.2301	0.2877	0.07	0.0551	0.2775	-0.0242	0.197	4.3383	-21.4368	-17.7646
13	0.8196	-1.4745	-2.3462	2.1496	4.1741	7.8394	-0.0567	-0.1661	-0.1165	0.1866	-0.2455	0.064	0.5122	-0.0255	0.2704	0.279	0.0365	0.0292	0.3197	0.0385	0.2066	-2.701	-18.4288	-8.8097
14	8.1782	0.4395	5.4541	2.532	-0.2126	7.6622	-0.1823	0.4485	0.9534	-0.1647	-0.1566	0.3053	-0.4935	-0.4923	0.1877	0.2635	0.0417	0.0112	0.2656	-0.0242	0.238	-32.6811	-1.4275	4.7719
15	2.7691	-0.4534	-0.2486	1.3336	-0.2193	2.0075	-0.2962	0.5135	0.2902	-0.0728	0.0506	-0.0155	0.4009	-0.1348	0.3576	0.2831	-0.0092	0.0349	0.2585	-0.0212	0.2176	-21.7594	-11.7286	6.1029
16	9.8011	2.403	-5.6126	2.1493	-2.8959	4.974	-0.1729	0.0999	-0.069	-0.021	0.1583	-0.082	0.4246	0.0323	0.2142	0.402	0.0335	-0.0055	0.1725	-0.0507	0.1987	-29.734	-16.1159	4.7314
17	4.9505	-0.4507	0.5228	0.3392	-0.2256	1.5769	-0.0929	-0.037	-0.11	0.0029	0.0961	0.0413	0.0635	-0.119	-0.0599	0.2967	0.0328	0.0147	0.1653	-0.0072	0.1964	-24.7586	-9.8431	7.8226
18	8.5246	-0.2449	-2.7484	5.8449	-2.2343	2.3514	0.2956	-0.0496	-0.4656	0.0402	-0.4496	-0.5118	-0.3196	0.1472	0.1386	0.4552	0.0335	0.005	0.452	0.0184	0.2464	7.7627	-26.0644	-41.6573
19	3.1198	2.8759	-1.3366	9.5854	-3.2411	5.6877	-0.4604	-0.4413	-0.5022	-0.7239	0.2774	-0.5721	0.6677	0.3818	0.2191	0.4036	0.0756	0.05	0.5878	0.158	0.4455	15.7396	-24.8488	-43.1937
20	5.1939	1.5627	-0.9313	5.5928	-1.0518	0.5154	-0.2752	-0.1087	-0.1928	-0.0035	-0.0072	-0.0759	0.2731	0.07	0.3236	0.4679	0.0267	0.0259	0.466	0.0066	0.2501	9.9477	-28.0449	-39.8675
21	8.4846	0.4521	0.8721	4.1992	4.9882	5.9892	-0.4651	0.7036	-0.9917	0.3682	0.0644	0.7912	1.1246	0.754	0.3243	0.5359	-0.032	0.0231	0.3824	-0.1036	0.5541	-0.4444	-34.7081	-44.5505

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'H' and (resid 1 through 17 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'H' and (resid 18 through 39 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'H' and (resid 40 through 51 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'H' and (resid 52 through 64 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'H' and (resid 65 through 83 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'H' and (resid 84 through 110 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'H' and (resid 111 through 123 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'H' and (resid 124 through 149 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'H' and (resid 150 through 192 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'H' and (resid 193 through 217 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'L' and (resid 2 through 38 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'L' and (resid 39 through 75 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'L' and (resid 76 through 113 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'L' and (resid 114 through 128 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'L' and (resid 129 through 150 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'L' and (resid 151 through 163 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'L' and (resid 164 through 211 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 33 through 69 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'B' and (resid 75 through 104 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'B' and (resid 105 through 139 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'B' and (resid 140 through 147 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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