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万見
- PDB-6hc3: TFAM bound to Site-X -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6hc3
タイトルTFAM bound to Site-X
要素
  • DNA (5'-D(*TP*TP*TP*GP*GP*TP*GP*GP*AP*AP*AP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*GP*TP*TP*AP*G)-3')
  • DNA/RNA (5'-D(*TP*AP*AP*CP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*TP*TP*TP*CP*CP*AP*CP*CP*AP*AP*AP*C)-3')
  • Transcription factor A, mitochondrial
キーワードDNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / Transcription factor (転写因子) / DNA compaction / mitochondria (ミトコンドリア) / mitochondrial DNA (ミトコンドリアDNA)
機能・相同性
機能・相同性情報


Mitochondrial transcription initiation / mitochondrial transcription factor activity / transcription initiation at mitochondrial promoter / mitochondrial respiratory chain complex assembly / mitochondrial promoter sequence-specific DNA binding / mitochondrial transcription / DNA binding, bending / mitochondrial nucleoid / Mitochondrial protein degradation / heat shock protein binding ...Mitochondrial transcription initiation / mitochondrial transcription factor activity / transcription initiation at mitochondrial promoter / mitochondrial respiratory chain complex assembly / mitochondrial promoter sequence-specific DNA binding / mitochondrial transcription / DNA binding, bending / mitochondrial nucleoid / Mitochondrial protein degradation / heat shock protein binding / response to nutrient / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / transcription coactivator binding / sequence-specific DNA binding / transcription cis-regulatory region binding / response to hypoxia / ミトコンドリアマトリックス / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / protein-containing complex / ミトコンドリア / RNA binding / 細胞核 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
High mobility group box domain / DNA Binding (I), subunit A / HMG-box domain / HMG (high mobility group) box / HMG boxes A and B DNA-binding domains profile. / 高移動度群タンパク質 / High mobility group box domain / High mobility group box domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
L(+)-TARTARIC ACID / デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / Transcription factor A, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Fernandez-Millan, P. / Cuppari, A. / Tarres-Sole, A. / Rubio-Cosials, A. / Lyonnais, S. / Sola, M.
資金援助 スペイン, 1件
組織認可番号国
Spanish Ministry of Science, Innovation, and UniversitiesBFU2015-70645-R スペイン
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2019
タイトル: DNA specificities modulate the binding of human transcription factor A to mitochondrial DNA control region.
著者: Cuppari, A. / Fernandez-Millan, P. / Battistini, F. / Tarres-Sole, A. / Lyonnais, S. / Iruela, G. / Ruiz-Lopez, E. / Enciso, Y. / Rubio-Cosials, A. / Prohens, R. / Pons, M. / Alfonso, C. / ...著者: Cuppari, A. / Fernandez-Millan, P. / Battistini, F. / Tarres-Sole, A. / Lyonnais, S. / Iruela, G. / Ruiz-Lopez, E. / Enciso, Y. / Rubio-Cosials, A. / Prohens, R. / Pons, M. / Alfonso, C. / Toth, K. / Rivas, G. / Orozco, M. / Sola, M.
履歴
登録2018年8月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年6月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月17日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22019年10月30日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: struct_conn / struct_conn_type
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcription factor A, mitochondrial
B: DNA/RNA (5'-D(*TP*AP*AP*CP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*TP*TP*TP*CP*CP*AP*CP*CP*AP*AP*AP*C)-3')
C: DNA (5'-D(*TP*TP*TP*GP*GP*TP*GP*GP*AP*AP*AP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*GP*TP*TP*AP*G)-3')
D: Transcription factor A, mitochondrial
E: DNA/RNA (5'-D(*TP*AP*AP*CP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*TP*TP*TP*CP*CP*AP*CP*CP*AP*AP*AP*C)-3')
F: DNA (5'-D(*TP*TP*TP*GP*GP*TP*GP*GP*AP*AP*AP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*GP*TP*TP*AP*G)-3')
G: Transcription factor A, mitochondrial
H: DNA/RNA (5'-D(*TP*AP*AP*CP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*TP*TP*TP*CP*CP*AP*CP*CP*AP*AP*AP*C)-3')
I: DNA (5'-D(*TP*TP*TP*GP*GP*TP*GP*GP*AP*AP*AP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*GP*TP*TP*AP*G)-3')
J: Transcription factor A, mitochondrial
K: DNA/RNA (5'-D(*TP*AP*AP*CP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*TP*TP*TP*CP*CP*AP*CP*CP*AP*AP*AP*C)-3')
L: DNA (5'-D(*TP*TP*TP*GP*GP*TP*GP*GP*AP*AP*AP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*GP*TP*TP*AP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)163,67121
ポリマ－161,96812
非ポリマー1,7049
水21612
1
A: Transcription factor A, mitochondrial
B: DNA/RNA (5'-D(*TP*AP*AP*CP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*TP*TP*TP*CP*CP*AP*CP*CP*AP*AP*AP*C)-3')
C: DNA (5'-D(*TP*TP*TP*GP*GP*TP*GP*GP*AP*AP*AP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*GP*TP*TP*AP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,1807
ポリマ－40,4923
非ポリマー6894
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8030 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area18620 Å2
手法PISA
2
D: Transcription factor A, mitochondrial
E: DNA/RNA (5'-D(*TP*AP*AP*CP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*TP*TP*TP*CP*CP*AP*CP*CP*AP*AP*AP*C)-3')
F: DNA (5'-D(*TP*TP*TP*GP*GP*TP*GP*GP*AP*AP*AP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*GP*TP*TP*AP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,8805
ポリマ－40,4923
非ポリマー3882
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7760 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area18490 Å2
手法PISA
3
G: Transcription factor A, mitochondrial
H: DNA/RNA (5'-D(*TP*AP*AP*CP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*TP*TP*TP*CP*CP*AP*CP*CP*AP*AP*AP*C)-3')
I: DNA (5'-D(*TP*TP*TP*GP*GP*TP*GP*GP*AP*AP*AP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*GP*TP*TP*AP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,8805
ポリマ－40,4923
非ポリマー3882
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7770 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area18550 Å2
手法PISA
4
J: Transcription factor A, mitochondrial
K: DNA/RNA (5'-D(*TP*AP*AP*CP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*TP*TP*TP*CP*CP*AP*CP*CP*AP*AP*AP*C)-3')
L: DNA (5'-D(*TP*TP*TP*GP*GP*TP*GP*GP*AP*AP*AP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*GP*TP*TP*AP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,7304
ポリマ－40,4923
非ポリマー2381
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7560 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area18140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)164.790, 145.136, 108.119
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 130.83, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ADGJ

#1: タンパク質
Transcription factor A, mitochondrial / mtTFA / Mitochondrial transcription factor 1 / MtTF1 / Transcription factor 6 / TCF-6 / ...mtTFA / Mitochondrial transcription factor 1 / MtTF1 / Transcription factor 6 / TCF-6 / Transcription factor 6-like 2


分子量: 26993.102 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TFAM, TCF6, TCF6L2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q00059

-
DNA鎖 , 2種, 8分子 BEHKCFIL

#2: DNA鎖
DNA/RNA (5'-D(*TP*AP*AP*CP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*TP*TP*TP*CP*CP*AP*CP*CP*AP*AP*AP*C)-3')


分子量: 6665.385 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: DNA鎖
DNA (5'-D(*TP*TP*TP*GP*GP*TP*GP*GP*AP*AP*AP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*GP*TP*TP*AP*G)-3')


分子量: 6833.418 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 3種, 21分子

#4: 化合物
ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID / L-酒石酸 / 酒石酸


分子量: 150.087 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C4H6O6
#5: 化合物
ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 238.278 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.86 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 18-24% PEG 3350, sodium potassium tartrate 0.1-0.25M

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年9月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→42.21 Å / Num. obs: 34552 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 58.53 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 15.9
反射 シェル解像度: 3.1→42.21 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.2精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3tq6

3tq6


解像度: 3.1→42.21 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9208 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8781 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.382
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2293 1732 5.01 %RANDOM
Rwork0.1878 ---
obs0.1899 34547 98.9 %-
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.505 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.1→42.21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6698 3743 107 12 10560
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.01211123HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.3815713HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d5623SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes195HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1167HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it11123HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.83
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion4.47
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1412SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance182HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact11895SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 3.1→3.19 Å / Total num. of bins used: 17
Rfactor反射数%反射
Rfree0.311 145 4.85 %
Rwork0.2337 2845 -
all0.2373 2990 -
obs--98.9 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.97460.69410.81951.42170.76240.68850.0360.0168-0.09510.0585-0.05650.06090.00330.07960.02050.062-0.03090.0084-0.0381-0.0927-0.0964-41.75734.323311.7687
20.4127-0.16490.06111.5138-0.03330.41870.04270.02260.01340.0107-0.0110.013-0.04230.0034-0.03180.0289-0.0314-0.0257-0.0295-0.0927-0.0304-40.69940.38328.3705
30.49330.63170.44781.46120.26270.40550.0699-0.0020.0010.0191-0.00860.0409-0.03190.0249-0.06130.0371-0.0317-0.0379-0.0179-0.079-0.0336-39.97182.35111.6875
4-0.0437-0.01590.38020.52420.42610.8361-0.0120.00280.06220.03340.04590.0986-0.0473-0.029-0.034-0.1037-0.05030.05050.0464-0.0130.114-62.628222.85153.9679
50.0868-0.0332-0.01430.1139-0.13930.47790.0154-0.0020.0120.0253-0.0110.0038-0.030.0093-0.0045-0.0016-0.0180.00320.0156-0.00390.0239-62.458924.89283.4884
6-0.2584-0.3447-0.15160.00010.62711.24320.0093-0.02810.00860.0060.00180.014-0.01050.0019-0.0111-0.01780.00070.00120.01160.0190.0442-64.345321.67631.8757
70.9998-0.35490.18990.50890.0216-0.0411-0.03210.0259-0.0572-0.10870.0362-0.01670.0746-0.0083-0.00410.12680.02740.01880.03970.0483-0.11526.625613.585119.0096
80.0732-0.27230.10560.05680.12340.1779-0.00440.0012-0.016-0.0093-0.0056-0.01350.00930.00060.010.0309-0.00460.00170.01820.012-0.00178.81498.493321.2325
91.2232-0.4401-0.3300.6135-0.1927-0.00740.0025-0.005-0.01250.002-0.00360.00620.0290.00540.0386-0.0148-0.00760.007-0.0046-0.01194.42314.504917.6834
100.8693-0.90070.79321.4876-0.55880.75030.0101-0.08290.0148-0.0642-0.0576-0.0551-0.0993-0.00870.0475-0.10550.08980.0335-0.02630.02430.062917.439531.897738.6315
110.40080.0405-0.01961.5364-0.06320.515-0.0315-0.0059-0.0357-0.0071-0.0137-0.0120.0264-0.02330.0452-0.03430.0901-0.0162-0.02880.02750.031814.143435.766740.1965
120.5787-0.28260.44381.3728-0.65490.335-0.0601-0.0237-0.0091-0.0416-0.0049-0.01390.01870.00290.065-0.03970.0751-0.0238-0.01870.01960.045417.528233.788840.4502
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|' }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|' }
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|' }
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|' }
5X-RAY DIFFRACTION5{ E|' }
6X-RAY DIFFRACTION6{ F|' }
7X-RAY DIFFRACTION7{ G|' }
8X-RAY DIFFRACTION8{ H|' }
9X-RAY DIFFRACTION9{ I|' }
10X-RAY DIFFRACTION10{ J|' }
11X-RAY DIFFRACTION11{ K|' }
12X-RAY DIFFRACTION12{ L|' }

+
万見について

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お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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