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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6h74 | ||||||
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Title | The molybdenum storage protein - L131H | ||||||
![]() | (Molybdenum storage protein subunit ...) x 2 | ||||||
![]() | METAL BINDING PROTEIN / Molybdenum storage / bionanolab / POM cluster assembly | ||||||
Function / homology | ![]() | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ermler, U. / Bruenle, S. | ||||||
![]() | ![]() Title: The molybdenum storage protein - A bionanolab for creating experimentally alterable polyoxomolybdate clusters. Authors: Brunle, S. / Poppe, J. / Hail, R. / Demmer, U. / Ermler, U. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 221.4 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 173.9 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 6gwbC ![]() 6h6wC ![]() 6h73C ![]() 6h8bC ![]() 6h8hC ![]() 4ndoS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
-Molybdenum storage protein subunit ... , 2 types, 2 molecules BA
#1: Protein | Mass: 28272.570 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: H130L Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: This is H130L variant / Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: Protein | Mass: 29245.582 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() |
-Non-polymers , 8 types, 382 molecules ![](data/chem/img/ATP.gif)
![](data/chem/img/FUQ.gif)
![](data/chem/img/GWW.gif)
![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/GWN.gif)
![](data/chem/img/MOO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/FUQ.gif)
![](data/chem/img/GWW.gif)
![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/GWN.gif)
![](data/chem/img/MOO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: Chemical | ![]() #4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-GWW / | #6: Chemical | ![]() #7: Chemical | ChemComp-MG / | #8: Chemical | ChemComp-GWN / | #9: Chemical | ChemComp-MOO / | ![]() #10: Water | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal grow![]() | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion Details: 0.1 M sodium citrate, pH 5.6, 1 M ammonium phosphate, 20% glycerol |
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-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: PSI PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Oct 8, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength![]() |
Reflection | Resolution: 1.8→50 Å / Num. obs: 154702 / % possible obs: 97.6 % / Redundancy: 5.9 % / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.048 / Rsym value: 0.044 / Net I/σ(I): 23 |
Reflection shell | Resolution: 1.8→1.9 Å / Rmerge(I) obs: 0.984 / Mean I/σ(I) obs: 1 / CC1/2: 0.763 / Rrim(I) all: 1.217 / % possible all: 84 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Starting model: 4ndo Resolution: 1.801→49.48 Å / SU ML: 0.26 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.2 / Phase error: 21.06 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.801→49.48 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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