+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6gu5 | ||||||
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Title | Mosto containing the core POM clusters | ||||||
Components | (Molybdenum storage protein subunit ...) x 2 | ||||||
Keywords | METAL BINDING PROTEIN / Molybdenum storage / polyoxometalate clusters / ATP binding | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Azotobacter vinelandii DJ (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.9 Å | ||||||
Authors | Ermler, U. / Poppe, J. / Bruenle, S. | ||||||
Funding support | Germany, 1items
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Citation | Journal: FEBS J. / Year: 2018 Title: The Molybdenum Storage Protein: A soluble ATP hydrolysis-dependent molybdate pump. Authors: Poppe, J. / Brunle, S. / Hail, R. / Wiesemann, K. / Schneider, K. / Ermler, U. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6gu5.cif.gz | 231.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6gu5.ent.gz | 183.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6gu5.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gu/6gu5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gu/6gu5 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 6gujC 6gwvC 6gx4C 4f6tS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
| x 6||||||||
2 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
-Molybdenum storage protein subunit ... , 2 types, 2 molecules BA
#1: Protein | Mass: 28247.582 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Azotobacter vinelandii DJ (bacteria) / References: UniProt: P84253 |
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#2: Protein | Mass: 29245.582 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Azotobacter vinelandii DJ (bacteria) / References: UniProt: P84308 |
-Non-polymers , 5 types, 382 molecules
#3: Chemical | #4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-PO4 / | #6: Chemical | ChemComp-MOO / | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.9 Å3/Da / Density % sol: 68.49 % |
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Crystal grow | Temperature: 293.15 K / Method: vapor diffusion / pH: 4.6 Details: 0.1 M sodium acetate, 1.1 M ammonium citrate, 10% glycerol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X10SA / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 S 6M / Detector: PIXEL / Date: Feb 1, 2012 |
Radiation | Monochromator: Si (111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.9→50 Å / Num. obs: 72069 / % possible obs: 98.8 % / Redundancy: 4.1 % / Rsym value: 0.09 / Net I/σ(I): 12.5 |
Reflection shell | Resolution: 1.9→2 Å |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4f6t Resolution: 1.9→41.078 Å / SU ML: 0.21 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 17.95
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.9→41.078 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: 41.3635 Å / Origin y: 19.0449 Å / Origin z: 28.4616 Å
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Refinement TLS group | Selection details: all |