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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6h1f | ||||||
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タイトル | Structure of the nanobody-stabilized gelsolin D187N variant (second domain) | ||||||
要素 |
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キーワード | STRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) / Amyloidosis (アミロイドーシス) / calcium (カルシウム) / misfolding (フォールディング) / nanobody (ナノボディ) / mutation (突然変異) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 striated muscle atrophy / regulation of establishment of T cell polarity / regulation of plasma membrane raft polarization / regulation of receptor clustering / renal protein absorption / positive regulation of keratinocyte apoptotic process / positive regulation of protein processing in phagocytic vesicle / positive regulation of actin nucleation / phosphatidylinositol 3-kinase catalytic subunit binding / positive regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic signaling pathway ...striated muscle atrophy / regulation of establishment of T cell polarity / regulation of plasma membrane raft polarization / regulation of receptor clustering / renal protein absorption / positive regulation of keratinocyte apoptotic process / positive regulation of protein processing in phagocytic vesicle / positive regulation of actin nucleation / phosphatidylinositol 3-kinase catalytic subunit binding / positive regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic signaling pathway / actin cap / regulation of podosome assembly / sequestering of actin monomers / myosin II binding / negative regulation of viral entry into host cell / actin filament severing / actin filament capping / barbed-end actin filament capping / actin polymerization or depolymerization / actin filament depolymerization / cell projection assembly / cardiac muscle cell contraction / podosome / Sensory processing of sound by outer hair cells of the cochlea / relaxation of cardiac muscle / phagocytosis, engulfment / cortical actin cytoskeleton / hepatocyte apoptotic process / cilium assembly / 筋形質 / Caspase-mediated cleavage of cytoskeletal proteins / phagocytic vesicle / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / response to muscle stretch / actin filament polymerization / central nervous system development / actin filament organization / protein destabilization / cellular response to type II interferon / actin filament binding / マイクロフィラメント / lamellipodium / actin binding / secretory granule lumen / ficolin-1-rich granule lumen / amyloid fibril formation / blood microparticle / Amyloid fiber formation / focal adhesion / calcium ion binding / Neutrophil degranulation / positive regulation of gene expression / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Lama glama (ラマ) Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Hassan, A. / Milani, M. / Mastrangelo, E. / de Rosa, M. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Biochim Biophys Acta Mol Basis Dis / 年: 2019 タイトル: Nanobody interaction unveils structure, dynamics and proteotoxicity of the Finnish-type amyloidogenic gelsolin variant. 著者: Giorgino, T. / Mattioni, D. / Hassan, A. / Milani, M. / Mastrangelo, E. / Barbiroli, A. / Verhelle, A. / Gettemans, J. / Barzago, M.M. / Diomede, L. / de Rosa, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6h1f.cif.gz | 108.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6h1f.ent.gz | 82.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6h1f.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h1/6h1f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h1/6h1f | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 4s10S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: 抗体 | 分子量: 15266.780 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) |
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#2: タンパク質 | 分子量: 13165.664 Da / 分子数: 1 / Mutation: D187N / 由来タイプ: 組換発現 詳細: second domain (G2) of gelsolin pathological variant D187N 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GSN / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P06396 |
#3: 化合物 | ChemComp-SCN / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.23 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.1 M Potassium thiocyanate, 30%w/v PEG 2000 MME |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1.0062 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月12日 / 詳細: Toroidal mirror |
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0062 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→46.83 Å / Num. obs: 17289 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.16 / Net I/σ(I): 4.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.94 Å / 冗長度: 4.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 1078 / CC1/2: 0.714 / % possible all: 99.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4S10 解像度: 1.9→44.143 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 22.58
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→44.143 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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