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Yorodumi- PDB-3hhh: Crystal structure of transcriptional regulator, a member of PadR ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3hhh | ||||||
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Title | Crystal structure of transcriptional regulator, a member of PadR family, from Enterococcus faecalis V583 | ||||||
Components | Transcriptional regulator, PadR familyTranscriptional regulation | ||||||
Keywords | TRANSCRIPTION REGULATOR / transcriptional regulator / PadR family / PF03551 / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG | ||||||
Function / homology | Transcription regulator PadR, N-terminal / Transcriptional regulator PadR-like family / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Transcriptional regulator, PadR family Function and homology information | ||||||
Biological species | Enterococcus faecalis (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.7 Å | ||||||
Authors | Nocek, B. / Zhou, M. / Moy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
Citation | Journal: To be Published Title: Crystal structure of transcriptional regulator, a membar of PadR family, from Enterococcus faecalis V583 Authors: Nocek, B. / Zhou, M. / Moy, S. / Joachimiak, A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3hhh.cif.gz | 52.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3hhh.ent.gz | 43.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3hhh.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hh/3hhh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hh/3hhh | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data | |
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Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 13595.331 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Enterococcus faecalis (bacteria) / Strain: V583 / Gene: EF_1297 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: Q835S6 #2: Chemical | ChemComp-GOL / | #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.26 Å3/Da / Density % sol: 45.51 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: 0.05 M Ammonium Sulfate, 50mM Bis-Tris 6.5, 30% Pentaerythritol Ethoxylate (15/4 EO/OH), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.9794 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Dec 20, 2007 / Details: mirrors |
Radiation | Monochromator: double crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9794 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.7→40 Å / Num. all: 6530 / Num. obs: 6515 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Redundancy: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 62 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 33 |
Reflection shell | Resolution: 2.7→2.75 Å / Redundancy: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.144 / Mean I/σ(I) obs: 12 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.7→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.93 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.898 / SU B: 33.968 / SU ML: 0.312 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 2 / ESU R Free: 0.379 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 22.086 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.7→20 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.7→2.768 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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