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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6gzm | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Human CKIdelta with A86 | ||||||
要素 | Casein kinase I isoform delta | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / CDK9 (サイクリン依存性キナーゼ9) / kinase inhibitor / A86 | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of non-canonical Wnt signaling pathway / protein localization to Golgi apparatus / COPII vesicle coating / midbrain dopaminergic neuron differentiation / microtubule nucleation / protein localization to cilium / tau-protein kinase / non-motile cilium assembly / protein localization to centrosome / COPII-mediated vesicle transport ...positive regulation of non-canonical Wnt signaling pathway / protein localization to Golgi apparatus / COPII vesicle coating / midbrain dopaminergic neuron differentiation / microtubule nucleation / protein localization to cilium / tau-protein kinase / non-motile cilium assembly / protein localization to centrosome / COPII-mediated vesicle transport / tau-protein kinase activity / Golgi organization / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / spindle assembly / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / AURKA Activation by TPX2 / cellular response to nerve growth factor stimulus / ciliary basal body / circadian regulation of gene expression / spindle microtubule / regulation of circadian rhythm / Wntシグナル経路 / spindle / エンドサイトーシス / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / Circadian Clock / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / cadherin binding / positive regulation of protein phosphorylation / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / 中心体 / perinuclear region of cytoplasm / ゴルジ体 / シグナル伝達 / 核質 / ATP binding / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.59 Å | ||||||
データ登録者 | Ben-neriah, Y. / Venkatachalam, A. / Minzel, W. / Fink, A. / Snir-Alkalay, I. / Vacca, J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2018 タイトル: Small Molecules Co-targeting CKI alpha and the Transcriptional Kinases CDK7/9 Control AML in Preclinical Models. 著者: Minzel, W. / Venkatachalam, A. / Fink, A. / Hung, E. / Brachya, G. / Burstain, I. / Shaham, M. / Rivlin, A. / Omer, I. / Zinger, A. / Elias, S. / Winter, E. / Erdman, P.E. / Sullivan, R.W. / ...著者: Minzel, W. / Venkatachalam, A. / Fink, A. / Hung, E. / Brachya, G. / Burstain, I. / Shaham, M. / Rivlin, A. / Omer, I. / Zinger, A. / Elias, S. / Winter, E. / Erdman, P.E. / Sullivan, R.W. / Fung, L. / Mercurio, F. / Li, D. / Vacca, J. / Kaushansky, N. / Shlush, L. / Oren, M. / Levine, R. / Pikarsky, E. / Snir-Alkalay, I. / Ben-Neriah, Y. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6gzm.cif.gz | 162.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6gzm.ent.gz | 127.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6gzm.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gz/6gzm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gz/6gzm | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34310.613 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CSNK1D, HCKID / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P48730, non-specific serine/threonine protein kinase, tau-protein kinase #2: 化合物 | ChemComp-CIT / | #3: 化合物 | ChemComp-GOL / #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.32 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: The construct used for crystallization was that of the wild type protein with the mutation R13N. Crystals of CK1d in complex with A-86 were obtained using hanging drop vapour diffusion set- ...詳細: The construct used for crystallization was that of the wild type protein with the mutation R13N. Crystals of CK1d in complex with A-86 were obtained using hanging drop vapour diffusion set-ups. CK1d at a concentration of 13.6 mg/ml (50 mM HEPES, 266 mM NaCl, 1 mM EDTA, 1 mM DTT, 5 mM B-OG, pH 7.5) was pre-incubated with 2 mM (5.1-fold molar excess) of A-86 (150 mM in DMSO) for 1 h. 1 ul of the protein solution was then mixed with 1 ul of reservoir solution (0.1 M Na3-Citrate, pH 4.9, 18 %(w/v) PEG 3350) and equilibrated at 20 C over 0.4 ml of reservoir solution. Well diffracting crystals appeared over night |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110.15 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.966 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月19日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.966 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.59→29.19 Å / Num. obs: 80180 / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 2.4 % / Rrim(I) all: 0.09 / Net I/σ(I): 7.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.59→1.68 Å / 冗長度: 2.4 % / Num. unique obs: 11624 / Rrim(I) all: 0.57 / % possible all: 96.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3uyt 解像度: 1.59→29.19 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU B: 3.08 / SU ML: 0.104 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.107 / ESU R Free: 0.117 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 28.076 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.59→29.19 Å
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拘束条件 |
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