PDB-6gyh: Crystal structure of the light-driven proton pump Coccomyxa subel...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6gyh

タイトル

Crystal structure of the light-driven proton pump Coccomyxa subellipsoidea Rhodopsin CsR

要素

Family A G protein-coupled receptor-like protein

キーワード

PROTON TRANSPORT (プロトンポンプ) /

RETINAL (レチナール) / MICROBIAL-TYPE RHODOPSIN / LIGHT-DRIVEN PROTON PUMP / SEVEN TRANS-MEMBRANE /

TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) /

MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質)

機能・相同性

機能・相同性情報

: /

photoreceptor activity /

phototransduction / monoatomic ion channel activity / membrane => GO:0016020
類似検索 - 分子機能

生物種

Coccomyxa subellipsoidea C-169 (植物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Szczepek, M. / Schmidt, A. / Scheerer, P.

資金援助

ドイツ, 2件

引用

ジャーナル: Sci.Signal. / 年: 2019
タイトル: Design of a light-gated proton channel based on the crystal structure ofCoccomyxarhodopsin.
著者: Fudim, R. / Szczepek, M. / Vierock, J. / Vogt, A. / Schmidt, A. / Kleinau, G. / Fischer, P. / Bartl, F. / Scheerer, P. / Hegemann, P.

履歴

登録	2018年6月29日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年3月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年4月3日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6gyh.cif.gz	109.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6gyh.ent.gz	82.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6gyh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gy/6gyh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gy/6gyh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3am6S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4n6a-1 4n69-1 4w6y-1 4n6a-2 4n69-2 2bm7-d 5ugh-1 6fwb-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#27 - 2002年3月バクテリオロドプシン (Bacteriorhodopsin) 類似性 (7) #164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (2) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (7) #217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (2) #147 - 2012年3月ロドプシン (Rhodopsin) 類似性 (1) #100 - 2008年4月アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors) 類似性 (2) #118 - 2009年10月ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump) 類似性 (1) #171 - 2014年3月神経伝達物質輸送体 (Neurotransmitter Transporters) 類似性 (1) #199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (1) #58 - 2004年10月 Gタンパク質 (G Proteins) 類似性 (1) #66 - 2005年6月カロテノイド酸素添加酵素 (Carotenoid Oxygenase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#27 - 2002年3月
バクテリオロドプシン (Bacteriorhodopsin)
類似性 (7)
#164 - 2013年8月
セロトニン受容体 (Serotonin Receptor)
類似性 (2)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (7)
#217 - 2018年1月
オピオイド受容体 (Opioid Receptors)
類似性 (2)
#147 - 2012年3月
ロドプシン (Rhodopsin)
類似性 (1)
#100 - 2008年4月
アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors)
類似性 (2)
#118 - 2009年10月
ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump)
類似性 (1)
#171 - 2014年3月
神経伝達物質輸送体 (Neurotransmitter Transporters)
類似性 (1)
#199 - 2016年7月
モネリン (Monellin)
類似性 (1)
#58 - 2004年10月
Gタンパク質 (G Proteins)
類似性 (1)
#66 - 2005年6月
カロテノイド酸素添加酵素 (Carotenoid Oxygenase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Family A G protein-coupled receptor-like protein

ヘテロ分子

27.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Family A G protein-coupled receptor-like protein

ヘテロ分子

A: Family A G protein-coupled receptor-like protein

ヘテロ分子

A: Family A G protein-coupled receptor-like protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
83.5 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	78.078, 78.078, 143.951
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

#1: タンパク質	Family A G protein-coupled receptor-like protein 分子量: 25733.086 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Coccomyxa subellipsoidea C-169 (植物) 遺伝子: COCSUDRAFT_42526 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: I0YUS5
#2: 化合物	ChemComp-RET / RETINAL / (7Z,9Z,11Z,13Z)-レチナ-ル / レチナール分子量: 284.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₂₈O
#3: 化合物	ChemComp-CLR / CHOLESTEROL / コレステロ-ル / コレステロール分子量: 386.654 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₄₆O
#4: 化合物	ChemComp-OLB / (2S)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-O-オレオイル-L-グリセロ-ル分子量: 356.540 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₄₀O₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 42 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.62 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.05 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法詳細: 1-(9Z-octadecenoyl)-rac-glycerol, 10 % cholesterol, 42 % v/v polyethylene glycol 400; 100 mM MES; pH 6.5, 150 mM sodium acetate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8729 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8729 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→32.91 Å / Num. obs: 22100 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4.4 % / CC_1/2: 0.997 / R_pim(I) all: 0.066 / Net I/σ(I): 6.8
反射シェル	解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 4.6 % / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / CC_1/2: 0.357 / R_pim(I) all: 0.901 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0135	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3AM6

3am6

解像度: 2→32.91 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.919 / SU B: 11.792 / SU ML: 0.133 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.266 / ESU R Free: 0.137 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22493	1155	5.2 %	RANDOM
R_work	0.19231	-	-	-
obs	0.19398	20932	99.98 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 43.432 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.59 Å²	0.29 Å²	-0 Å²
2-	-	0.59 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.9 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2→32.91 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1706	0	118	42	1866

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.02	1889
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.009	0.02	1863
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.973	1.991	2566
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.297	2.955	4249
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.159	5	228
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.1	21.148	61
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.955	15	240
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.223	15	7
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.193	0.2	284
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	2069
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	473
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.21	3.105	903
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.181	3.101	902
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.764	4.645	1128
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.764	4.649	1129
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.011	3.393	985
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.982	3.393	985
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.284	4.989	1436
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	2.983	26.274	2216
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	2.969	26.269	2216
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	1.291	3	3746
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	42.288	5	16
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	6.341	5	3720

LS精密化シェル

解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.426	82	-
R_work	0.371	1533	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -14.365 Å / Origin y: -34.4103 Å / Origin z: -0.7783 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1327 Å²	0.033 Å²	0.0026 Å²	-	0.1692 Å²	-0.0011 Å²	-	-	0.0125 Å²
L	0.4647 °²	0.2627 °²	-0.6245 °²	-	0.6557 °²	-0.1821 °²	-	-	1.6269 °²
S	0.0527 Å °	-0.0135 Å °	0.0438 Å °	-0.0136 Å °	-0.0101 Å °	0.0895 Å °	-0.1889 Å °	-0.0322 Å °	-0.0427 Å °

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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