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Yorodumi- PDB-6gna: Crystal structure of a Ferredoxin-Flavin Thioredoxin Reductase fr... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6gna | ||||||
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Title | Crystal structure of a Ferredoxin-Flavin Thioredoxin Reductase from Clostridium acetobutylicum at 1.3 A resolution | ||||||
Components | Thioredoxin reductase | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / Flavoprotein / thioredoxin reductase | ||||||
Function / homology | Function and homology information thioredoxin-disulfide reductase (NADPH) activity / cell redox homeostasis / nucleotide binding / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Clostridium acetobutylicum ATCC 824 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.295 Å | ||||||
Authors | Buey, R.M. / Fernandez-Justel, D. / Balsera, M. | ||||||
Funding support | Spain, 1items
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Citation | Journal: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / Year: 2018 Title: Ferredoxin-linked flavoenzyme defines a family of pyridine nucleotide-independent thioredoxin reductases. Authors: Buey, R.M. / Fernandez-Justel, D. / de Pereda, J.M. / Revuelta, J.L. / Schurmann, P. / Buchanan, B.B. / Balsera, M. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6gna.cif.gz | 186.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6gna.ent.gz | 148.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6gna.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gn/6gna ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gn/6gna | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 6gn9C 6gnbC 6gncC 6gndC 5j60S S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 1 molecules A
#1: Protein | Mass: 31707.396 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Clostridium acetobutylicum ATCC 824 (bacteria) Gene: CA_C3082 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q97EM8 |
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-Non-polymers , 5 types, 293 molecules
#2: Chemical | ChemComp-FAD / | ||||||
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#3: Chemical | #4: Chemical | #5: Chemical | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.12 Å3/Da / Density % sol: 41.87 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 0.2 M sodium chloride, 0.1 M sodium acetate pH 4.5, 40% (v/v) PEG 300 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALBA / Beamline: XALOC / Wavelength: 0.97926 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Nov 27, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97926 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.295→40.42 Å / Num. obs: 64697 / % possible obs: 97.58 % / Redundancy: 6.7 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.04253 / Rrim(I) all: 0.04622 / Net I/σ(I): 16.88 |
Reflection shell | Resolution: 1.295→1.341 Å / Redundancy: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 1.804 / Mean I/σ(I) obs: 1.04 / Num. unique obs: 6246 / CC1/2: 0.578 / Rrim(I) all: 1.957 / % possible all: 94.93 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5J60 Resolution: 1.295→40.417 Å / SU ML: 0.23 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.2 / Phase error: 29.65
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.295→40.417 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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