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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ga6 | ||||||
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タイトル | Bacteriorhodopsin, 10 ps state, real-space refined against 10% extrapolated map | ||||||
要素 | Bacteriorhodopsinバクテリオロドプシン | ||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / proton pump (プロトンポンプ) / time-resolved crystallography / free-electron laser (自由電子レーザー) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 photoreceptor activity / phototransduction / proton transmembrane transport / monoatomic ion channel activity / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Halobacterium salinarum (好塩性) | ||||||
手法 | X線回折 / 自由電子レーザー / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Nass Kovacs, G. / Colletier, J.-P. / Gruenbein, M.L. / Stensitzki, T. / Batyuk, A. / Carbajo, S. / Doak, R.B. / Ehrenberg, D. / Foucar, L. / Gasper, R. ...Nass Kovacs, G. / Colletier, J.-P. / Gruenbein, M.L. / Stensitzki, T. / Batyuk, A. / Carbajo, S. / Doak, R.B. / Ehrenberg, D. / Foucar, L. / Gasper, R. / Gorel, A. / Hilpert, M. / Kloos, M. / Koglin, J. / Reinstein, J. / Roome, C.M. / Schlesinger, R. / Seaberg, M. / Shoeman, R.L. / Stricker, M. / Boutet, S. / Haacke, S. / Heberle, J. / Domratcheva, T. / Schlichting, I. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019 タイトル: Three-dimensional view of ultrafast dynamics in photoexcited bacteriorhodopsin. 著者: Nass Kovacs, G. / Colletier, J.P. / Grunbein, M.L. / Yang, Y. / Stensitzki, T. / Batyuk, A. / Carbajo, S. / Doak, R.B. / Ehrenberg, D. / Foucar, L. / Gasper, R. / Gorel, A. / Hilpert, M. / ...著者: Nass Kovacs, G. / Colletier, J.P. / Grunbein, M.L. / Yang, Y. / Stensitzki, T. / Batyuk, A. / Carbajo, S. / Doak, R.B. / Ehrenberg, D. / Foucar, L. / Gasper, R. / Gorel, A. / Hilpert, M. / Kloos, M. / Koglin, J.E. / Reinstein, J. / Roome, C.M. / Schlesinger, R. / Seaberg, M. / Shoeman, R.L. / Stricker, M. / Boutet, S. / Haacke, S. / Heberle, J. / Heyne, K. / Domratcheva, T. / Barends, T.R.M. / Schlichting, I. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6ga6.cif.gz | 94.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6ga6.ent.gz | 79.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6ga6.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ga/6ga6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ga/6ga6 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 6ga1C 6ga2C 6ga3C 6ga4C 6ga5C 6ga7C 6ga8C 6ga9C 6gaaC 6gabC 6gacC 6gadC 6gaeC 6gafC 6gagC 6gahC 6gaiC 6rmkC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 26929.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Halobacterium salinarum (strain ATCC 700922 / JCM 11081 / NRC-1) (好塩性) 株: ATCC 700922 / JCM 11081 / NRC-1 / 遺伝子: bop, VNG_1467G / 発現宿主: Halobacterium salinarum (好塩性) / 参照: UniProt: P02945 |
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-非ポリマー , 11種, 58分子
#2: 化合物 | ChemComp-RET / | ||||||||||||||||||
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#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-TRD / | #5: 化合物 | ChemComp-D10 / | #6: 化合物 | ChemComp-HP6 / | #7: 化合物 | #8: 化合物 | ChemComp-MYS / | #9: 化合物 | #10: 化合物 | ChemComp-DD9 / | #11: 化合物 | ChemComp-C14 / | #12: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.8 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 5.6 / 詳細: 32% (w/v) PEG 2000, 0.1 M K2HPO4 /NaH2PO4 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: Y |
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放射光源 | 由来: 自由電子レーザー / サイト: SLAC LCLS / ビームライン: CXI / 波長: 1.26 Å |
検出器 | タイプ: CS-PAD CXI-1 / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月25日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.26 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→20 Å / Num. obs: 21876 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 187 % / R split: 0.119 / Net I/σ(I): 6.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.9 Å / R split: 0.607 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.8→20 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: NONE / σ(F): 0.33 / 位相誤差: 21 詳細: A MOLECULE IS THE DARK STATE B MOLECULE WAS REAL-SPACE REFINED AGAINST MAP CALCULATED FROM EXTRAPOLATED STRUCTURE FACTORS (AT 10% OCCUPANCY) MODEL/MAP FIT (CCmask)=0.7785
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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