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- PDB-6g96: Crystal structure of TacT3 (tRNA acetylating toxin) from Salmonella -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6g96
タイトルCrystal structure of TacT3 (tRNA acetylating toxin) from Salmonella
要素Acetyltransferase
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / Acetyltransferase / Toxin (毒素)
機能・相同性Acyl-CoA N-acyltransferase / transferase activity / ACETYL COENZYME *A / Acetyltransferase / Putative acetyltransferase
機能・相同性情報
生物種Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.47660774104 Å
データ登録者Grabe, G.J. / Rycroft, J.A. / Gollan, B. / Hall, A. / Cheverton, A.M. / Larrouy-Maumus, G. / Hare, S.A. / Helaine, S.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Medical Research Council (United Kingdom) 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Activity of acetyltransferase toxins involved in Salmonella persister formation during macrophage infection.
著者: Rycroft, J.A. / Gollan, B. / Grabe, G.J. / Hall, A. / Cheverton, A.M. / Larrouy-Maumus, G. / Hare, S.A. / Helaine, S.
履歴
登録2018年4月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年5月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年5月30日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年11月6日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Acetyltransferase
A: Acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,1487
ポリマ－38,1822
非ポリマー1,9675
水8,287460
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5120 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area16310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.786, 71.202, 86.313
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Acetyltransferase / / N-acetyltransferase


分子量: 19090.840 Da / 分子数: 2 / 変異: Y143F / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
遺伝子: CU490_09610, CX046_09695, DD95_05355 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0J5HSJ5, UniProt: Q7CPW9*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-ACO / ACETYL COENZYME *A / アデノシン3′-りん酸5′-[二りん酸P2-[(R)-3-ヒドロキシ-2,2-ジメチル-3-[[(以下略) / アセチルCoA


分子量: 809.571 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H38N7O17P3S
#3: 化合物 ChemComp-BCN / BICINE / N,N-ビス(2-ヒドロキシエチル)グリシン / ビシン


分子量: 163.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4 / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 460 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.07 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9 / 詳細: 0.1M Bicine 10% PEG 6000 0.25M NaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: cold nitrogen gas stream
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9159 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年8月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9159 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.47→86.31 Å / Num. obs: 67592 / % possible obs: 99.77 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 14.395192247 Å2 / Rpim(I) all: 0.094 / Net I/σ(I): 8.7
反射 シェル解像度: 1.48→1.5 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 3298 / CC1/2: 0.9 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
PHENIX1.11.1_2575精密化
autoPROCデータスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
autoPROCデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5FVJ

5fvj


解像度: 1.47660774104→54.925264675 Å / SU ML: 0.166119938097 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35391799626 / 位相誤差: 25.4028116137
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.235338223391 3371 4.99629464947 %
Rwork0.208377236705 64099 -
obs0.209747103769 67470 99.7722701999 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 22.5448544237 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.47660774104→54.925264675 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2672 0 125 460 3257
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0063447594282970
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.058353736124044
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0676587566405439
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00458844266433514
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.357314032761654
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.4766-1.49770.2766189051571370.2873905102592591X-RAY DIFFRACTION99.8901501282
1.4977-1.52010.3315184577341290.276191084332659X-RAY DIFFRACTION99.6426018585
1.5201-1.54380.3185426823661410.264605256722652X-RAY DIFFRACTION99.75
1.5438-1.56910.3166659970351470.2590878401512606X-RAY DIFFRACTION99.6741491673
1.5691-1.59620.2860604047491430.2452769604922646X-RAY DIFFRACTION99.8210450966
1.5962-1.62520.2140117970391280.2460849733982655X-RAY DIFFRACTION99.8923187365
1.6252-1.65650.2726516845351490.2325253789412644X-RAY DIFFRACTION99.8213009292
1.6565-1.69030.2750356990521540.2187431421832621X-RAY DIFFRACTION99.7842502697
1.6903-1.7270.2441950474521260.2204202790022654X-RAY DIFFRACTION99.892202659
1.727-1.76720.2141526569911280.2079969009382648X-RAY DIFFRACTION99.748472871
1.7672-1.81140.240893008851370.2089550335632660X-RAY DIFFRACTION99.7503566334
1.8114-1.86040.2672375701951520.2046643820852649X-RAY DIFFRACTION99.8930099857
1.8604-1.91510.2243529637561600.2032719661852631X-RAY DIFFRACTION99.7498213009
1.9151-1.9770.2425070758111420.2089427554712656X-RAY DIFFRACTION99.8216196932
1.977-2.04760.2421293908821210.2044338517552688X-RAY DIFFRACTION99.6452642781
2.0476-2.12960.1936789077231310.2011353000462657X-RAY DIFFRACTION99.7495527728
2.1296-2.22650.2195528225311240.1885866967552704X-RAY DIFFRACTION99.7179125529
2.2265-2.34390.2262141413761500.1975010349182669X-RAY DIFFRACTION99.8583067659
2.3439-2.49080.2375012023871380.2091815484212694X-RAY DIFFRACTION99.8941798942
2.4908-2.68310.2504520278391430.2051688795952680X-RAY DIFFRACTION99.8938428875
2.6831-2.95310.2265733323561240.2019206200432733X-RAY DIFFRACTION99.7207678883
2.9531-3.38030.2403621561641510.1938764838682703X-RAY DIFFRACTION99.9649737303
3.3803-4.25860.2082321683881490.1911245459042745X-RAY DIFFRACTION99.8275267334
4.2586-54.96330.2259986292931670.2142497896952854X-RAY DIFFRACTION99.1792514773

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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