PDB-6g8v: Crystal structure of the light chain of botulinum neurotoxin X (r...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6g8v

タイトル

Crystal structure of the light chain of botulinum neurotoxin X (residues 2-442)

要素

Light chain of botulinum neurotoxin X (res. 2-442)

キーワード

TOXIN (毒素) /

neurotoxin (神経毒) /

endopeptidase (エンドペプチダーゼ)

機能・相同性

機能・相同性情報

ボツリヌストキシン / host cell presynaptic membrane / host cell cytoplasmic vesicle / host cell cytosol / protein transmembrane transporter activity /

metalloendopeptidase activity /

toxin activity / host cell plasma membrane /

タンパク質分解 / zinc ion binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Clostridium botulinum (ボツリヌス菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.45 Å

データ登録者

Wu, Y. / Kammerer, R.

資金援助

スイス, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of the light chain of botulinum neurotoxin X (residues 2-442)
著者: Wu, Y. / Kammerer, R.

履歴

登録	2018年4月10日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年7月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6g8v.cif.gz	270.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6g8v.ent.gz	220.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6g8v.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g8/6g8v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g8/6g8v	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3qizS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3lw8-2 6f4e-d 2e81-d 3lw8-4 6g8u-d 6wyj-d 2e80-d 3lw8-1 2ish-2 3lwn-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Light chain of botulinum neurotoxin X (res. 2-442)

ヘテロ分子

52.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.320, 87.260, 93.850
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Light chain of botulinum neurotoxin X (res. 2-442) 分子量: 52174.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Clostridium botulinum (ボツリヌス菌) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0DPK1*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 435 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.03 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.1M HEPES 10% w/v PEG 6000 pH 7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.999998 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.999998 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.45→41.328 Å / Num. obs: 88274 / % possible obs: 99.86 % / 冗長度: 13.3 % / B_iso Wilson estimate: 22.65 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.07576 / R_pim(I) all: 0.02165 / R_rim(I) all: 0.07888 / Net I/σ(I): 18.51
反射シェル	解像度: 1.45→1.502 Å / 冗長度: 13.5 % / R_merge(I) obs: 2.994 / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 8719 / CC_1/2: 0.424 / R_pim(I) all: 0.8365 / R_rim(I) all: 3.111 / % possible all: 99.89

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.12_2829: ???)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3QIZ

3qiz

解像度: 1.45→41.328 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 21.54

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1824	4414	5 %
R_work	0.1438	-	-
obs	0.1457	88257	99.87 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.45→41.328 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3391	0	25	435	3851

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	3584
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.891	4873
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.236	1370
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.08	550
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	635

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.45-1.4665	0.6215	146	0.5615	2775	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4665-1.4837	0.46	144	0.4057	2725	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4837-1.5018	0.3859	146	0.3325	2783	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5018-1.5208	0.3204	145	0.2977	2753	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5208-1.5409	0.3574	146	0.2682	2781	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5409-1.562	0.3038	147	0.2377	2781	X-RAY DIFFRACTION	100
1.562-1.5843	0.279	145	0.2248	2754	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5843-1.6079	0.2405	145	0.2038	2761	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6079-1.633	0.283	145	0.2002	2757	X-RAY DIFFRACTION	100
1.633-1.6598	0.2338	145	0.1943	2754	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6598-1.6884	0.2253	146	0.1781	2778	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6884-1.7191	0.1949	146	0.1382	2769	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7191-1.7522	0.1922	146	0.1236	2778	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7522-1.788	0.1906	147	0.1147	2776	X-RAY DIFFRACTION	100
1.788-1.8269	0.1889	146	0.1147	2792	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8269-1.8694	0.1591	146	0.1139	2766	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8694-1.9161	0.1586	147	0.111	2796	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9161-1.9679	0.1702	146	0.1164	2768	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9679-2.0258	0.1592	147	0.1155	2784	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0258-2.0912	0.1546	148	0.1163	2817	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0912-2.1659	0.1815	146	0.1191	2781	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1659-2.2527	0.1655	148	0.1188	2806	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2527-2.3552	0.1565	147	0.1128	2803	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3552-2.4793	0.1411	148	0.118	2802	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4793-2.6346	0.1729	148	0.1268	2810	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6346-2.838	0.1511	149	0.134	2833	X-RAY DIFFRACTION	100
2.838-3.1235	0.1794	150	0.1371	2844	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1235-3.5753	0.1664	148	0.1371	2820	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5753-4.5036	0.1671	151	0.1316	2876	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5036-41.345	0.1936	160	0.1758	3020	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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