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- PDB-6g3w: Crystal structure of the BIR3 - SERK2 complex from Arabidopsis th... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6g3w
タイトルCrystal structure of the BIR3 - SERK2 complex from Arabidopsis thaliana.
要素
  • Probable inactive receptor kinase At1g27190
  • Somatic embryogenesis receptor kinase 2
キーワードPROTEIN BINDING (タンパク質) / leucine rich repeat receptor / membrane receptor (細胞表面受容体) / pseudokinase / ectodomain / receptor complex (受容体) / negative regulator
機能・相同性
機能・相同性情報


花粉 / pollen maturation / brassinosteroid mediated signaling pathway / receptor serine/threonine kinase binding / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / リン酸化 / protein phosphorylation / signaling receptor binding / protein serine kinase activity ...花粉 / pollen maturation / brassinosteroid mediated signaling pathway / receptor serine/threonine kinase binding / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / リン酸化 / protein phosphorylation / signaling receptor binding / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / lipid binding / ATP binding / 細胞核 / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Leucine-rich repeat-containing N-terminal, plant-type / Leucine rich repeat N-terminal domain / ロイシンリッチリピート / ロイシンリッチリピート / Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix) / リボヌクレアーゼインヒビター / Alpha-Beta Horseshoe / ロイシンリッチリピート / Leucine-rich repeat domain superfamily / Protein tyrosine and serine/threonine kinase ...Leucine-rich repeat-containing N-terminal, plant-type / Leucine rich repeat N-terminal domain / ロイシンリッチリピート / ロイシンリッチリピート / Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix) / リボヌクレアーゼインヒビター / Alpha-Beta Horseshoe / ロイシンリッチリピート / Leucine-rich repeat domain superfamily / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Probable inactive receptor kinase At1g27190 / Somatic embryogenesis receptor kinase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Hothorn, M. / Hohmann, U.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation31003A_176237 スイス
引用ジャーナル: Nat Plants / 年: 2018
タイトル: The SERK3 elongated allele defines a role for BIR ectodomains in brassinosteroid signalling.
著者: Hohmann, U. / Nicolet, J. / Moretti, A. / Hothorn, L.A. / Hothorn, M.
履歴
登録2018年3月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年4月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年5月16日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22018年9月5日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Somatic embryogenesis receptor kinase 2
B: Probable inactive receptor kinase At1g27190
C: Somatic embryogenesis receptor kinase 2
D: Probable inactive receptor kinase At1g27190
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,93815
ポリマ－90,2084
非ポリマー2,73111
水2,576143
1
A: Somatic embryogenesis receptor kinase 2
B: Probable inactive receptor kinase At1g27190
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,8888
ポリマ－45,1042
非ポリマー1,7846
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Somatic embryogenesis receptor kinase 2
D: Probable inactive receptor kinase At1g27190
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,0517
ポリマ－45,1042
非ポリマー9475
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)50.184, 52.155, 308.892
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C
12B
22D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 0 / Refine code: 0

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ASNASNPROPROAA30 - 2123 - 185
21ASNASNPROPROCC30 - 2123 - 185
12ASPASPGLYGLYBB26 - 2122 - 188
22ASPASPGLYGLYDD26 - 2122 - 188

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 Somatic embryogenesis receptor kinase 2 / AtSERK2 / Somatic embryogenesis receptor-like kinase 2


分子量: 23975.844 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: SERK2, At1g34210, F23M19.11 / プラスミド: pfastbac / 細胞株 (発現宿主): Tnao38 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
参照: UniProt: Q9XIC7, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: タンパク質 Probable inactive receptor kinase At1g27190


分子量: 21127.969 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: At1g27190, T7N9.25 / プラスミド: pfastbac / 細胞株 (発現宿主): Tnao38 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: O04567

-
糖 , 2種, 8分子

#3: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 146分子

#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 143 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.65 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 25% (w/v) PEG 3,350, 0.2 M MgCl_2 x 6H_2O, 0.1 M Bis-Tris pH 6.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1.000027 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.000027 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→49.41 Å / Num. obs: 42439 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 13 % / Biso Wilson estimate: 54 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.115 / Rsym value: 0.111 / Net I/σ(I): 17
反射 シェル解像度: 2.2→2.33 Å / 冗長度: 13 % / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 6697 / CC1/2: 0.71 / Rrim(I) all: 1.67 / Rsym value: 1.604 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0218精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6fg8, 4z61

6fg8

4z61


解像度: 2.2→49.41 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 16.233 / SU ML: 0.192 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.292 / ESU R Free: 0.214 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2481 2122 5 %RANDOM
Rwork0.21698 ---
obs0.21852 40314 99.93 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 61.234 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.21 Å20 Å20 Å2
2--1.96 Å2-0 Å2
3----3.17 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.2→49.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5634 0 176 143 5953
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0195934
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.025445
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4342.0258093
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.808312756
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9575744
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg43.42725.641234
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.1715977
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.8231529
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.2972
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0216481
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021042
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2143.4162982
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.2143.4162981
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.9775.1173721
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.9765.1173722
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.6683.7792952
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.6683.782953
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.7855.6184372
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.07167.11624038
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.06867.08424012
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A56220.11
12C56220.11
21B52660.13
22D52660.13
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.356 154 -
Rwork0.361 2928 -
obs--99.32 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.55140.23612.8342.8573-1.15336.51460.07270.50620.2271-0.73880.14840.0915-0.31310.2643-0.22110.3073-0.09080.03060.17660.05520.1157-1.934522.0522119.1556
25.92181.5582.29653.1157-0.38384.992-0.11420.67240.4622-0.35790.1463-0.2464-0.63980.6453-0.03210.2283-0.05640.08280.12590.01280.12531.343220.7859125.6341
34.89691.34930.73612.40441.02873.07490.08140.3301-0.2313-0.03850.0489-0.21930.22490.1204-0.13040.0480.0158-0.00780.0375-0.02510.0359-8.53237.6766127.416
48.3371.4588-1.60852.0773.27037.31440.2409-0.7558-1.00150.3338-0.1507-0.35640.44830.0324-0.09020.2394-0.0249-0.07820.12820.03950.1908-11.34031.5286136.5994
56.67871.1409-0.35396.4194-1.72645.01060.0502-0.2951-0.640.2358-0.0110.41070.8771-0.7241-0.03930.2255-0.112-0.00230.201-0.03280.1466-22.8121-1.1188133.6574
63.71430.25421.63652.77893.187317.4168-0.19020.18190.1633-0.2620.18520.064-0.3397-0.07920.00490.07650.00890.01920.1035-0.01250.2253-24.574419.898153.2013
71.4650.8622-0.20193.28010.73076.8695-0.03140.07340.2759-0.27720.10040.051-0.6054-0.2458-0.0690.06940.0202-0.00350.0416-0.02750.1397-17.340119.6451150.8444
81.78150.1180.23122.1189-0.54034.4822-0.13730.0079-0.0196-0.08860.0765-0.00380.4082-0.18880.06070.0555-0.02570.02710.0196-0.03450.1007-22.34163.4936158.4984
912.46677.1675-4.60448.7191-3.88694.85080.1418-0.2529-0.91020.3-0.1686-0.32520.5079-0.47220.02690.4304-0.0339-0.00070.2118-0.02530.3301-19.8993-8.7858150.926
102.71-0.3215-2.32584.6295-2.04458.5495-0.02410.1532-0.702-0.5231-0.0523-0.140.90060.3030.07630.38170.0685-0.0110.0432-0.07820.3663-17.7231-12.1033162.5051
119.6291.1414-0.964711.68080.91893.98270.26020.0955-0.87590.4307-0.3963-0.14290.4772-0.3420.13610.35170.01980.01660.09420.02090.3592-16.2928-17.4251168.6596
123.72680.10511.34086.2874-1.12482.4562-0.0284-0.0398-0.34780.01480.14740.11330.3539-0.0727-0.1190.2452-0.01190.01080.2904-0.02940.2243-26.5981-9.4112112.0342
132.40370.638-1.41354.79793.7158.4248-0.08350.1375-0.2370.1414-0.04960.53880.7153-0.58350.13310.1354-0.1203-0.04050.5071-0.06130.2873-34.0106-5.9488108.754
142.5131.72830.39554.3772.10376.2063-0.10450.4188-0.066-0.03330.03740.09520.35-0.44870.06710.0657-0.072-0.04130.3592-0.0120.0653-22.43670.3847105.3405
152.91551.4294-3.71216.013.03629.2129-0.0668-0.0104-0.4780.49530.028-0.83880.62750.15090.03880.23780.0357-0.04440.3703-0.07170.161-9.4236-0.4257102.7146
165.16283.3012-2.3385.9694-1.6226.8231-0.22630.92820.0415-0.84290.6087-0.5846-1.29950.496-0.38240.5586-0.23610.14720.5366-0.03820.1772-10.371210.092197.7121
176.89864.66271.951110.42164.99062.43230.9461-0.28190.66690.6465-0.7699-0.35270.1381-0.3255-0.17620.8518-0.1208-0.14020.75420.06570.3983-4.631915.2185100.5037
1810.6607-0.0536.82913.54193.91388.80230.1419-0.1168-0.10030.065-0.21640.22370.2479-0.22150.07450.41620.026-0.01890.43850.0030.3697-27.960520.611474.9585
196.2726-0.4829-0.01950.5168-1.58035.99040.01160.0610.11940.23530.1250.1466-0.5304-0.5074-0.13670.50950.06020.01620.7280.08130.3485-30.467314.121181.1608
204.20570.61591.55710.42660.655510.70720.2093-0.072-0.0920.3120.0909-0.01550.00150.1224-0.30030.26650.0901-0.00610.39160.11550.285-22.349615.264875.6842
213.5808-0.78840.0740.568-1.08174.74150.1631-0.16850.40050.3675-0.1877-0.1134-0.63670.63070.02460.5737-0.1205-0.03470.64110.18330.266-12.417818.300274.9467
222.59662.05871.01051.91481.23446.48920.24680.0032-0.06050.3443-0.0978-0.37080.45750.8184-0.14890.51550.03120.00690.8460.190.4683-0.295313.318568.7428
231.89130.9828-2.88660.9139-2.52877.0322-0.0657-0.123-0.82710.1092-0.2812-0.071-0.29220.71970.34690.5283-0.00570.06060.82320.0350.750910.32099.012861.187
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A26 - 52
2X-RAY DIFFRACTION2A53 - 89
3X-RAY DIFFRACTION3A90 - 164
4X-RAY DIFFRACTION4A165 - 176
5X-RAY DIFFRACTION5A177 - 213
6X-RAY DIFFRACTION6B25 - 37
7X-RAY DIFFRACTION7B38 - 76
8X-RAY DIFFRACTION8B77 - 165
9X-RAY DIFFRACTION9B166 - 173
10X-RAY DIFFRACTION10B174 - 196
11X-RAY DIFFRACTION11B197 - 213
12X-RAY DIFFRACTION12C30 - 39
13X-RAY DIFFRACTION13C40 - 71
14X-RAY DIFFRACTION14C72 - 135
15X-RAY DIFFRACTION15C136 - 144
16X-RAY DIFFRACTION16C145 - 207
17X-RAY DIFFRACTION17C208 - 214
18X-RAY DIFFRACTION18D30 - 38
19X-RAY DIFFRACTION19D39 - 71
20X-RAY DIFFRACTION20D72 - 91
21X-RAY DIFFRACTION21D92 - 153
22X-RAY DIFFRACTION22D154 - 204
23X-RAY DIFFRACTION23D205 - 213

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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