+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6fzo | ||||||
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Title | SMURFP-Y56F mutant | ||||||
Components | Smurfp | ||||||
Keywords | FLUORESCENT PROTEIN / smurfp / biliverdin / optoacustic / phycobiliprotein | ||||||
Function / homology | Phycocyanins / Globin-like / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha Function and homology information | ||||||
Biological species | synthetic construct (others) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.3 Å | ||||||
Authors | Janowski, R. / Fuenzalida-Wernera, J.P. / Mishra, K. / Vetschera, P. / Weidenfeld, I. / Richter, K. / Niessing, D. / Ntziachristos, V. / Stiel, A.C. | ||||||
Citation | Journal: J. Struct. Biol. / Year: 2018 Title: Crystal structure of a biliverdin-bound phycobiliprotein: Interdependence of oligomerization and chromophorylation. Authors: Fuenzalida-Werner, J.P. / Janowski, R. / Mishra, K. / Weidenfeld, I. / Niessing, D. / Ntziachristos, V. / Stiel, A.C. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6fzo.cif.gz | 119.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6fzo.ent.gz | 93.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6fzo.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fz/6fzo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fz/6fzo | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 6fznC 4po5S S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 0 / Refine code: 0
NCS ensembles :
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-Components
#1: Protein | Mass: 15721.154 Da / Num. of mol.: 4 / Mutation: Y56F Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) synthetic construct (others) / Production host: Escherichia coli (E. coli) #2: Chemical | ChemComp-SO4 / #3: Chemical | ChemComp-EDO / #4: Chemical | ChemComp-CL / #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.02 Å3/Da / Density % sol: 39 % |
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Crystal grow | Temperature: 292 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5.25 Details: 1.8 M ammonium sulphate, 0.1 M Bis-Tris buffer pH 5.25 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID23-2 / Wavelength: 0.87313 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 X 2M / Detector: PIXEL / Date: Dec 8, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.87313 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.3→50 Å / Num. obs: 21020 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 47.12 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.166 / Net I/σ(I): 10.94 |
Reflection shell | Resolution: 2.3→2.36 Å / Redundancy: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.8 / Mean I/σ(I) obs: 1.99 / CC1/2: 0.861 / % possible all: 99.2 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4po5 Resolution: 2.3→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.931 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.878 / SU B: 17.344 / SU ML: 0.361 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.716 / ESU R Free: 0.355
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Solvent computation | Ion probe radii: 1 Å / Shrinkage radii: 1 Å / VDW probe radii: 1.1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 47.185 Å2
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Refinement step | Cycle: 1 / Resolution: 2.3→50 Å
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Refine LS restraints |
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