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- PDB-6fvz: Crystal structure of human monoamine oxidase B (MAO B) in complex... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6fvz
タイトルCrystal structure of human monoamine oxidase B (MAO B) in complex with dimethylphenyl-chromone-carboxamide
要素Amine oxidase [flavin-containing] B
キーワードFLAVOPROTEIN (フラボタンパク質) / Parkinson's disease (パーキンソン病) / drug design (医薬品設計) / chromone (クロモン) / inhibitor (酵素阻害剤)
機能・相同性
機能・相同性情報


Biogenic amines are oxidatively deaminated to aldehydes by MAOA and MAOB / monoamine oxidase activity / モノアミン酸化酵素 / phenylethylamine catabolic process / positive regulation of dopamine metabolic process / negative regulation of serotonin secretion / response to aluminum ion / response to selenium ion / aliphatic amine oxidase activity / dopamine catabolic process ...Biogenic amines are oxidatively deaminated to aldehydes by MAOA and MAOB / monoamine oxidase activity / モノアミン酸化酵素 / phenylethylamine catabolic process / positive regulation of dopamine metabolic process / negative regulation of serotonin secretion / response to aluminum ion / response to selenium ion / aliphatic amine oxidase activity / dopamine catabolic process / 一級アミンオキシダーゼ / primary amine oxidase activity / mitochondrial envelope / hydrogen peroxide biosynthetic process / response to corticosterone / substantia nigra development / response to toxic substance / flavin adenine dinucleotide binding / response to ethanol / mitochondrial outer membrane / response to lipopolysaccharide / electron transfer activity / response to xenobiotic stimulus / neuronal cell body / 樹状突起 / ミトコンドリア / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Guanine Nucleotide Dissociation Inhibitor, domain 1 / Guanine Nucleotide Dissociation Inhibitor; domain 1 / Flavin amine oxidase / Polyamine Oxidase; Chain A, domain 2 - #10 / Polyamine Oxidase; Chain A, domain 2 / Amine oxidase / Flavin containing amine oxidoreductase / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich ...Guanine Nucleotide Dissociation Inhibitor, domain 1 / Guanine Nucleotide Dissociation Inhibitor; domain 1 / Flavin amine oxidase / Polyamine Oxidase; Chain A, domain 2 - #10 / Polyamine Oxidase; Chain A, domain 2 / Amine oxidase / Flavin containing amine oxidoreductase / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-C15 / Chem-E8Z / フラビンアデニンジヌクレオチド / Amine oxidase [flavin-containing] B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Reis, J. / Manzella, N. / Cagide, F. / Mialet-Perez, J. / Uriarte, E. / Parini, A. / Borges, F. / Binda, C.
資金援助 イタリア, 1件
組織認可番号国
Fondazione CARIPLO2014-0672 イタリア
引用ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2018
タイトル: Tight-Binding Inhibition of Human Monoamine Oxidase B by Chromone Analogs: A Kinetic, Crystallographic, and Biological Analysis.
著者: Reis, J. / Manzella, N. / Cagide, F. / Mialet-Perez, J. / Uriarte, E. / Parini, A. / Borges, F. / Binda, C.
履歴
登録2018年3月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年4月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年5月23日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22020年4月22日Group: Author supporting evidence / Database references
カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_related_exp_data_set
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Amine oxidase [flavin-containing] B
B: Amine oxidase [flavin-containing] B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,69010
ポリマ－117,6752
非ポリマー3,0158
水15,169842
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8000 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area36450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)131.182, 222.753, 86.482
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number21
Space group name H-MC222

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Amine oxidase [flavin-containing] B / Monoamine oxidase type B / MAO-B


分子量: 58837.730 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAOB / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: P27338, モノアミン酸化酵素

-
非ポリマー , 5種, 850分子

#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD / フラビンアデニンジヌクレオチド


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-E8Z / ~{N}-(3,4-dimethylphenyl)-4-oxidanylidene-chromene-3-carboxamide / N-(3,4-ジメチルフェニル)-4-オキソ-4H-1-ベンゾピラン-3-カルボアミド


分子量: 293.317 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H15NO3
#4: 化合物 ChemComp-C15 / N-DODECYL-N,N-DIMETHYL-3-AMMONIO-1-PROPANESULFONATE / N-ドデシル-N,N-ジメチル-1-アンモニオ-3-プロパンスルホナ-ト


分子量: 336.554 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H38NO3S
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 842 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.18 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 12% PEG4000, 100 mM ADA buffer pH 6.5, 70 mM lithium sulphate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年9月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→47 Å / Num. obs: 117061 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.164 / Rpim(I) all: 0.102 / Net I/σ(I): 10.2
反射 シェル解像度: 1.8→1.83 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0189精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2v5z

2v5z


解像度: 1.8→47 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 2.571 / SU ML: 0.077 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.103 / ESU R Free: 0.101 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1987 2940 2.5 %RANDOM
Rwork0.16817 ---
obs0.16895 114120 99.97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 17.89 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.25 Å20 Å20 Å2
2---1.16 Å20 Å2
3----0.09 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.8→47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7926 0 188 842 8956
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0198342
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.027769
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4811.99211347
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.5223.00218017
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.08651003
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.3723.52358
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.262151418
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.7311558
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.21234
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0219070
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021656
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0061.6223988
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.0051.6213987
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.6232.4244984
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.6232.4254985
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.6111.8594353
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.611.8594353
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.6082.7076359
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.08419.6199534
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other3.91719.2649358
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.293 201 -
Rwork0.271 8391 -
obs--99.98 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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