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万見
- PDB-6fvs: The active form of a pentameric ion channel (sTeLIC) gated by alk... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6fvs
タイトルThe active form of a pentameric ion channel (sTeLIC) gated by alkaline pH - sTeLIC in complex with Barium ions (Ba2+)
要素Cys-loop ligand-gated ion channel
キーワードMEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / Pentameric ligand-gated ion channel.
機能・相同性
機能・相同性情報


extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / transmembrane signaling receptor activity / 生体膜
類似検索 - 分子機能
Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain superfamily / Neuronal acetylcholine receptor / Neurotransmitter-gated ion-channel / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain superfamily / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Cys-loop ligand-gated ion channel
類似検索 - 構成要素
生物種endosymbiont of Tevnia jerichonana (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Hu, H. / Delarue, M.
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2018
タイトル: Crystal structures of a pentameric ion channel gated by alkaline pH show a widely open pore and identify a cavity for modulation.
著者: Hu, H. / Nemecz, A. / Van Renterghem, C. / Fourati, Z. / Sauguet, L. / Corringer, P.J. / Delarue, M.
履歴
登録2018年3月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年5月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年6月12日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: audit_author / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record
Item: _audit_author.name
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cys-loop ligand-gated ion channel
B: Cys-loop ligand-gated ion channel
C: Cys-loop ligand-gated ion channel
D: Cys-loop ligand-gated ion channel
E: Cys-loop ligand-gated ion channel
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)188,42613
ポリマ－186,5545
非ポリマー1,8728
水3,351186
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area27280 Å2
ΔGint-60 kcal/mol
Surface area61650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)218.840, 112.110, 144.080
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 112.79, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
Cys-loop ligand-gated ion channel


分子量: 37310.820 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) endosymbiont of Tevnia jerichonana (vent Tica) (バクテリア)
遺伝子: TevJSym_bc00020 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G2FID1
#2: 糖
ChemComp-BNG / nonyl beta-D-glucopyranoside / Beta-NONYLGLUCOSIDE / nonyl beta-D-glucoside / nonyl D-glucoside / nonyl glucoside / ノニルβ-D-グルコピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 306.395 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C15H30O6 / コメント: 可溶化剤*YM
識別子タイププログラム
b-nonylglucosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#3: 化合物 ChemComp-BA / BARIUM ION / バリウムジカチオン


分子量: 137.327 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ba
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 186 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.84 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸発脱水法 / 詳細: 150 mM MaCl2 20 mM tris 8.0 35% PEG 200

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データ収集

回折平均測定温度: 193 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 2 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 2 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→49.07 Å / Num. obs: 52251 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 76.99 Å2 / Net I/σ(I): 9.1
反射 シェル解像度: 3.2→3.3 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 3.2→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.892 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.407
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.226 2119 4.9 %RANDOM
Rwork0.208 ---
obs0.209 43274 81.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 63.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.3196 Å20 Å23.9401 Å2
2--0.0986 Å20 Å2
3----0.4182 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.45 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12805 0 108 187 13100
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0113275HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.1618012HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d4539SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes295HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1914HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it13275HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd5SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.64
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.59
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1704SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact14834SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 3.2→3.28 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2871 -4.95 %
Rwork0.2592 1729 -
all0.2607 1819 -
obs--46.95 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.85720.2554-1.12730.9943-0.19961.4332-0.00570.87180.0771-0.0907-0.0260.2699-0.0647-0.62320.0317-0.40520.1335-0.15020.6079-0.0128-0.3547-60.22090.469915.5009
23.0050.4499-2.11140.3747-0.36172.23580.32710.47250.51170.0664-0.06890.1625-0.4813-0.3073-0.25820.04140.24290.2415-0.23620.20670.0925-51.638619.049928.4837
34.77190.3631-2.810.6317-0.32672.38730.2696-0.71720.30990.2891-0.01960.0558-0.31750.5809-0.250.06-0.11140.0579-0.1339-0.1454-0.1216-39.09939.994947.1678
43.97640.0811-2.32970.65860.14671.8454-0.1419-0.618-0.53690.2941-0.07650.09030.26530.46250.21840.03020.07460.064-0.10230.1855-0.07-40.1066-14.205245.7877
53.6495-0.4156-2.36850.37190.15352.378-0.21380.6237-0.49990.0081-0.0520.16880.3516-0.45350.2658-0.0947-0.19810.1716-0.1685-0.28190.1176-53.1502-20.136426.2436
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }
5X-RAY DIFFRACTION5{ E|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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