PDB-6fqh: GluA2(flop) S729C ligand binding core dimer bound to NBQX at 1.76...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6fqh

タイトル

GluA2(flop) S729C ligand binding core dimer bound to NBQX at 1.76 Angstrom resolution

要素

Glutamate receptor 2,Glutamate receptor 2

キーワード

MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / AMPAR receptor / Ligand binding core /

Competitive antagonist (受容体拮抗薬)

機能・相同性

機能・相同性情報

spine synapse / dendritic spine neck / dendritic spine head / Activation of AMPA receptors / response to lithium ion / perisynaptic space / cellular response to glycine / AMPA glutamate receptor activity / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors /

immunoglobulin binding ...spine synapse / dendritic spine neck / dendritic spine head / Activation of AMPA receptors / response to lithium ion / perisynaptic space / cellular response to glycine / AMPA glutamate receptor activity / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors /

immunoglobulin binding / AMPA glutamate receptor complex / kainate selective glutamate receptor activity /

ionotropic glutamate receptor complex / extracellularly glutamate-gated ion channel activity / asymmetric synapse / regulation of receptor recycling / Unblocking of NMDA receptors, glutamate binding and activation /

glutamate receptor binding / positive regulation of synaptic transmission / glutamate-gated receptor activity / presynaptic active zone membrane / response to fungicide /

regulation of synaptic transmission, glutamatergic / cellular response to brain-derived neurotrophic factor stimulus / somatodendritic compartment / dendrite membrane / ligand-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of presynaptic membrane potential /

ionotropic glutamate receptor binding / ionotropic glutamate receptor signaling pathway / dendrite cytoplasm /

cytoskeletal protein binding /

SNARE binding / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / dendritic shaft /

synaptic membrane /

synaptic transmission, glutamatergic /

PDZ domain binding / postsynaptic density membrane / protein tetramerization / modulation of chemical synaptic transmission / Schaffer collateral - CA1 synapse / establishment of protein localization /

terminal bouton /

receptor internalization / synaptic vesicle membrane / cerebral cortex development /

シナプス小胞 / presynapse /

signaling receptor activity /

presynaptic membrane /

amyloid-beta binding /

成長円錐 /

perikaryon / chemical synaptic transmission /

scaffold protein binding /

postsynaptic membrane /

樹状突起スパイン /

postsynaptic density / neuron projection /

神経繊維 / neuronal cell body /

樹状突起 /

シナプス / glutamatergic synapse / protein-containing complex binding / endoplasmic reticulum membrane /

protein kinase binding /

細胞膜 /

小胞体 / protein-containing complex /

生体膜 / identical protein binding /

細胞膜
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.75940018229 Å

データ登録者

Coombs, I.D. / Soto, D. / Gold, M.G. / Farrant, M.F. / Cull-Candy, S.G.

資金援助

英国, 3件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Homomeric GluA2(R) AMPA receptors can conduct when desensitized.
著者: Coombs, I.D. / Soto, D. / McGee, T.P. / Gold, M.G. / Farrant, M. / Cull-Candy, S.G.

履歴

登録	2018年2月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年3月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年10月2日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6fqh.cif.gz	380.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6fqh.ent.gz	262.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6fqh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fq/6fqh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fq/6fqh	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6fqiC 6fqjC 6fqkC 3kgcS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6fqk-d 5c7m-d 9icc-d 1i5n-d 1zqq-d 8icb-d 1zqn-d 1zqf-d 3k2y-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#235 - 2019年7月 AMPA受容体 (AMPA Receptor) 類似性 (13) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (1) #199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (2) #88 - 2007年4月クラスリン (Clathrin) 類似性 (1) #44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Glutamate receptor 2,Glutamate receptor 2

B: Glutamate receptor 2,Glutamate receptor 2

ヘテロ分子

61.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: cross-linking

単位格子

Length a, b, c (Å)	108.107, 108.107, 99.080
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	169
Space group name H-M	P6₁
Space group name Hall	P6₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LYS / Beg label comp-ID: LYS / End auth comp-ID: CYS / End label comp-ID: CYS / Auth seq-ID: 4 - 261 / Label seq-ID: 16 - 273

Dom-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	(chain 'A' and resid 4 through 261)	A	A
2	(chain 'B' and (resid 4 through 20 or (resid 21...	B	B

#1: タンパク質	Glutamate receptor 2,Glutamate receptor 2 / GluR-2 / AMPA-selective glutamate receptor 2 / GluR-B / GluR-K2 / Glutamate receptor ionotropic / ...GluR-2 / AMPA-selective glutamate receptor 2 / GluR-B / GluR-K2 / Glutamate receptor ionotropic / AMPA 2 / GluA2 分子量: 30416.953 Da / 分子数: 2 / 変異: S729C,S729C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Gria2, Glur2 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / Variant (発現宿主): Origami B / 参照: UniProt: P19491
#2: 化合物	ChemComp-E2Q / 6-nitro-2,3-bis(oxidanylidene)-1,4-dihydrobenzo[f]quinoxaline-7-sulfonamide / NBQX 分子量: 336.280 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₈N₄O₆S / コメント: アンタゴニスト*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 458 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.92 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 0.1M tri-sodium Citrate, 20% PEG 3000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7594→54.0535 Å / Num. obs: 65151 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.7 % / CC_1/2: 1 / R_pim(I) all: 0.016 / R_rim(I) all: 0.041 / Net I/σ(I): 23.1
反射シェル	解像度: 1.76→1.79 Å

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.11.1_2575	精密化
xia2		データ削減
Aimless	0.5.26	データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3KGC

3kgc

解像度: 1.75940018229→54.0535 Å / SU ML: 0.258475640504 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33532995095 / 位相誤差: 26.1722097045

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.223979280802	3243	5.01515526413 %
R_work	0.189312538281	-	-
obs	0.191023582719	64664	99.2784106611 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 56.9676519647 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75940018229→54.0535 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4027	0	46	458	4531

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0110499404854	4152
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.17238617536	5599
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0633141882317	611
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.00755573959985	695
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.1568044487	2490

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7594-1.7857	0.392126292188	151	0.408725999794	2532	X-RAY DIFFRACTION	94.6718419195
1.7857-1.8136	0.3562053585	140	0.375991234815	2614	X-RAY DIFFRACTION	97.8330373002
1.8136-1.8433	0.432389530643	133	0.35314307877	2640	X-RAY DIFFRACTION	98.1245576787
1.8433-1.8751	0.410546037851	136	0.331882210677	2630	X-RAY DIFFRACTION	98.5042735043
1.8751-1.9092	0.328295883788	152	0.305157734292	2640	X-RAY DIFFRACTION	99.1125310614
1.9092-1.9459	0.3381773468	140	0.280653083332	2667	X-RAY DIFFRACTION	99.08224497
1.9459-1.9856	0.284244139952	161	0.251866608196	2627	X-RAY DIFFRACTION	99.5003568879
1.9856-2.0288	0.339115432583	144	0.242233195733	2676	X-RAY DIFFRACTION	99.4708994709
2.0288-2.076	0.252859607953	137	0.230333898435	2666	X-RAY DIFFRACTION	99.6445076431
2.076-2.1279	0.252188801637	135	0.211503355908	2696	X-RAY DIFFRACTION	99.6480112636
2.1279-2.1855	0.250142861162	134	0.210797204938	2675	X-RAY DIFFRACTION	99.4336283186
2.1855-2.2498	0.249070538611	135	0.197324576068	2676	X-RAY DIFFRACTION	99.5396600567
2.2498-2.3224	0.218773850794	136	0.193334946041	2679	X-RAY DIFFRACTION	99.8226950355
2.3224-2.4054	0.231491805461	133	0.192112399701	2725	X-RAY DIFFRACTION	99.7556719023
2.4054-2.5017	0.227593649251	122	0.192060065946	2679	X-RAY DIFFRACTION	99.8573975045
2.5017-2.6155	0.229606288564	146	0.190986888946	2684	X-RAY DIFFRACTION	99.8588567396
2.6155-2.7534	0.217399883622	125	0.190712189661	2704	X-RAY DIFFRACTION	99.964664311
2.7534-2.9259	0.254525815543	159	0.197249449149	2682	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9259-3.1518	0.205678769847	167	0.186004762924	2633	X-RAY DIFFRACTION	99.9642984648
3.1518-3.469	0.200011553078	137	0.177434856121	2719	X-RAY DIFFRACTION	100
3.469-3.9708	0.199861586348	151	0.166113127497	2707	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9708-5.0022	0.176490932805	130	0.135385859542	2709	X-RAY DIFFRACTION	100
5.0022-54.079	0.199143704123	139	0.180643077648	2761	X-RAY DIFFRACTION	99.6906153317

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.70798003398	0.723723341728	-0.112867213256	2.32608691157	0.121639759254	2.06262874709	-0.00549885926055	0.485868735131	-0.0575266206105	-0.284690676302	0.10863170977	0.00298949768177	0.156391052171	-0.204055047738	-0.0248801725238	0.27784665238	-0.0536611724428	-0.0073377767909	0.385139939117	-0.018027663767	0.222437046599	-2.00135116863	31.0705931501	-14.8922691761
2	3.1456813096	1.8249215561	-0.510525803532	2.65786752223	-0.763220075532	1.8151382374	-0.0272330408084	-0.0248113534898	0.115256258607	0.180723705668	0.0374746677378	0.190604376199	0.0499405734712	-0.295125931232	-0.0309686167263	0.19513181301	-0.00744313506748	0.0138514222975	0.271188913419	-0.0260995171198	0.208944275592	-2.33126191538	35.9615287061	-0.576721434618
3	2.0482109516	0.305603301475	0.463382096045	2.41594383679	0.511853664058	2.82989041642	-0.10794856884	-0.0359674251379	0.666382669566	0.209486281086	-0.00509416825751	0.0515940359807	-0.568905631388	-0.238194091428	0.0793255040282	0.40251616631	0.0485245031285	-0.0390274554121	0.287357023286	0.020731452391	0.510610417721	5.90988643482	57.1681501636	-2.65294660052
4	2.53170493022	-0.272687110964	-0.634324023082	3.72934273479	-1.23661262041	2.57318808658	-0.111076041472	0.179858630196	-0.0221690964208	-0.173375753349	0.014009310792	-0.234177609405	0.425993162685	0.0405712017405	0.118555049582	0.196090625746	-0.0264861132799	2.21444357153E-5	0.259489213495	-0.0587883515339	0.176166648236	9.66732439036	31.7800066737	-8.60563584157
5	2.04573853742	0.134721149418	-0.755544566878	2.86012188752	-0.436366418962	2.81053495078	-0.0364058814632	-0.635993413651	-0.114854985082	0.700929669918	0.0319142602766	-0.22514599717	0.242208902715	0.284241138231	0.087685554584	0.445837957465	0.0290473151373	-0.0852575066619	0.443821837852	0.0099662590869	0.257890962714	20.1274039452	24.9125312991	24.6051571521
6	1.02267119693	-0.948705603923	-0.392805274562	4.97239999957	0.175882527597	1.84599798056	-0.108310283359	-0.101958138841	0.0118856186768	0.0805811200622	0.0723695093792	-0.354587063183	0.15453126918	0.28528383475	0.00652587743059	0.212093212086	-0.0265909013147	-0.0459709761746	0.311806920092	-0.0362664762092	0.237467893679	22.9164688786	31.7158509307	10.5143004722
7	2.34336596081	0.993957562806	-0.0325575121948	3.59976109707	-0.155995549237	2.48093057806	-0.00128648209249	0.0502555952047	-0.010818344899	-0.0268538287956	-0.0395572086625	-0.604400099743	-0.347873036493	0.509723127148	0.00558969757934	0.356246547539	-0.134437770222	-0.0429993961148	0.497781806365	-0.093541766647	0.53695524477	28.5965253253	49.5993134562	11.0226021385
8	2.14720808957	-0.170843946832	-0.783002729608	2.72740498315	-0.381617947666	1.75650429548	0.0313020139941	-0.369158040897	0.0706083868086	0.323810252504	-0.0853514836824	0.147974378727	0.170271521638	-0.0503200553473	0.103003007618	0.2840680491	-0.0479104189317	-0.0361688462456	0.331033367248	-0.0390267706454	0.209081417604	10.7117268193	31.5404902132	17.9641472127

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 4 through 65 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 66 through 116 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 117 through 217 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 218 through 262 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 4 through 65 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 66 through 123 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 124 through 217 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 218 through 261 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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