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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6fm6 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the class C beta-lactamase TRU-1 from Aeromonas enteropelogenes | ||||||
要素 | Beta-lactamaseΒ-ラクタマーゼ | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / class C / serine beta-lactamase / TRU-1 / Aeromonas enteropelogenes | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / Β-ラクタマーゼ / outer membrane-bounded periplasmic space / response to antibiotic 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Aeromonas enteropelogenes (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.05 Å | ||||||
データ登録者 | Pozzi, C. / De Luca, F. / Di Pisa, F. / Benvenuti, M. / Docquier, J.D. / Mangani, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: ChemMedChem / 年: 2018 タイトル: Atomic-Resolution Structure of a Class C beta-Lactamase and Its Complex with Avibactam. 著者: Pozzi, C. / Di Pisa, F. / De Luca, F. / Benvenuti, M. / Docquier, J.D. / Mangani, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6fm6.cif.gz | 173.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6fm6.ent.gz | 134.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6fm6.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fm/6fm6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fm/6fm6 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 41821.793 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Aeromonas enteropelogenes (バクテリア) 遺伝子: ampC / プラスミド: pET-TRU-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: B2BSN6, UniProt: A0A175VLQ4*PLUS, Β-ラクタマーゼ | ||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-PGE / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.02 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 30% wt/vol PEG-8000, 0.2 M ammonium sulfate and 0.1 M sodium cacodylate, pH 6.5 PH範囲: 6.5-7.5 / Temp details: room temperature |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年4月20日 |
放射 | モノクロメーター: Diamond (001) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.934 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.05→38.35 Å / Num. obs: 141631 / % possible obs: 93.5 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 5.2 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.039 / Rrim(I) all: 0.043 / Net I/σ(I): 18.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.05→1.11 Å / 冗長度: 1.5 % / Rmerge(I) obs: 0.114 / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / Num. unique obs: 15018 / CC1/2: 0.967 / Rrim(I) all: 0.155 / % possible all: 68 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4GZB 解像度: 1.05→26.43 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.98 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.975 / Rfactor Rfree error: 0.024 / SU B: 0.56 / SU ML: 0.014 / SU R Cruickshank DPI: 0.0236 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.024 / ESU R Free: 0.024 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.0235 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 8.587 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.105 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.05→26.43 Å
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拘束条件 |
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