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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6fgx | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the small alarmone synthethase 2 from Staphylococcus aureus bound to AMPCPP | ||||||
要素 | GTP pyrophosphokinase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / Stringent response / alarmone / SAS2 / RelP | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 GTP diphosphokinase activity / GTP diphosphokinase / guanosine tetraphosphate biosynthetic process / kinase activity / GTP binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å | ||||||
データ登録者 | Bange, G. / Vogt, M. / Steinchen, W. / Altegoer, F. | ||||||
引用 | ジャーナル: Sci Rep / 年: 2018 タイトル: Structural and mechanistic divergence of the small (p)ppGpp synthetases RelP and RelQ. 著者: Steinchen, W. / Vogt, M.S. / Altegoer, F. / Giammarinaro, P.I. / Horvatek, P. / Wolz, C. / Bange, G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6fgx.cif.gz | 96.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6fgx.ent.gz | 73 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6fgx.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6fgx_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6fgx_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6fgx_validation.xml.gz | 17.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6fgx_validation.cif.gz | 22.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fg/6fgx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fg/6fgx | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28094.139 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 遺伝子: ywaC, AB454_12730, AB466_12625, AB478_12605, AB526_12980, AFO97_10970, AFP37_10975, EP54_00695, EQ90_03295, ERS072738_01254, ERS074020_00750, HMPREF3211_00175 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: W8U368, GTP diphosphokinase #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.73 % |
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.1 M Tris pH 8.5, 0.2 M lithium sulfate and 30%, PEG4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.987 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年4月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.987 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.9→46.46 Å / Num. obs: 19874 / % possible obs: 99.85 % / 冗長度: 11.7 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.179 / Net I/σ(I): 14.61 |
反射 シェル | 解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 11.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2.15 / Num. unique obs: 1958 / CC1/2: 0.761 / % possible all: 99.24 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6FGJ 解像度: 2.9→46.4 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.9→46.4 Å
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