+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6fgi | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal Structure of BAZ2A bromodomain in complex with 3-amino-2-methylpyridine derivative 2 | ||||||
要素 | Bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 2A | ||||||
キーワード | TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / four helical bundle | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 NoRC complex / : / : / rDNA heterochromatin / rDNA heterochromatin formation / chromatin silencing complex / RNA polymerase I preinitiation complex assembly / : / : / negative regulation of transcription by RNA polymerase I ...NoRC complex / : / : / rDNA heterochromatin / rDNA heterochromatin formation / chromatin silencing complex / RNA polymerase I preinitiation complex assembly / : / : / negative regulation of transcription by RNA polymerase I / heterochromatin formation / nuclear receptor binding / lysine-acetylated histone binding / NoRC negatively regulates rRNA expression / histone binding / nuclear speck / クロマチンリモデリング / DNA-templated transcription / 核小体 / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / RNA binding / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.551 Å | ||||||
データ登録者 | Dalle Vedove, A. / Marchand, J.-R. / Lolli, G. / Caflisch, A. | ||||||
資金援助 | スイス, 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: ChemMedChem / 年: 2018 タイトル: Structural Analysis of Small-Molecule Binding to the BAZ2A and BAZ2B Bromodomains. 著者: Dalle Vedove, A. / Spiliotopoulos, D. / D'Agostino, V.G. / Marchand, J.R. / Unzue, A. / Nevado, C. / Lolli, G. / Caflisch, A. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6fgi.cif.gz | 36.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb6fgi.ent.gz | 23.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6fgi.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fg/6fgi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fg/6fgi | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | 6fg6C 6fgfC 6fggC 6fghC 6fglC 6fgtC 6fguC 6fgvC 6fgwC 6fh6C 6fh7C 5mgjS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12380.919 Da / 分子数: 1 / 断片: Bromodomain (residues 1796-1899) / 由来タイプ: 組換発現 詳細: First two residues SM derive from the expression tag 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BAZ2A, KIAA0314, TIP5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UIF9 |
---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-D9K / ~{ |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.81 % / Mosaicity: 0.44 ° |
---|---|
結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 20% PEG3350, 0.2 M MgCl2 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月5日 | ||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.55→47.63 Å / Num. obs: 5707 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.7 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.181 / Rpim(I) all: 0.061 / Rrim(I) all: 0.191 / Net I/σ(I): 9.8 | ||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
|
-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
---|
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5MGJ 解像度: 2.551→41.248 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.53
| ||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 114.15 Å2 / Biso mean: 54.3431 Å2 / Biso min: 21.85 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.551→41.248 Å
| ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 2 / % reflection obs: 100 %
|