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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6f48 | ||||||
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タイトル | Structure of quinolinate synthase with reaction intermediates X and Y | ||||||
要素 | Quinolinate synthase A | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / NAD BIOSYNTHESIS / IRON SULFUR CLUSTER (鉄・硫黄クラスター) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 quinolinate synthase / quinolinate synthetase A activity / 'de novo' NAD biosynthetic process from aspartate / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / metal ion binding / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Thermotoga maritima (テルモトガ・マリティマ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å | ||||||
データ登録者 | Volbeda, A. / Fontecilla-Camps, J.C. | ||||||
資金援助 | フランス, 1件
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引用 | ジャーナル: ACS Chem. Biol. / 年: 2018 タイトル: Crystallographic Trapping of Reaction Intermediates in Quinolinic Acid Synthesis by NadA. 著者: Volbeda, A. / Saez Cabodevilla, J. / Darnault, C. / Gigarel, O. / Han, T.H. / Renoux, O. / Hamelin, O. / Ollagnier-de-Choudens, S. / Amara, P. / Fontecilla-Camps, J.C. #1: ジャーナル: J. Am. Chem. Soc. / 年: 2016 タイトル: Crystal Structures of Quinolinate Synthase in Complex with a Substrate Analogue, the Condensation Intermediate, and Substrate-Derived Product. 著者: Volbeda, A. / Darnault, C. / Renoux, O. / Reichmann, D. / Amara, P. / Ollagnier de Choudens, S. / Fontecilla-Camps, J.C. #2: ジャーナル: J. Am. Chem. Soc. / 年: 2014 タイトル: The crystal structure of Fe4S4 quinolinate synthase unravels an enzymatic dehydration mechanism that uses tyrosine and a hydrolase-type triad. 著者: Cherrier, M.V. / Chan, A. / Darnault, C. / Reichmann, D. / Amara, P. / Ollagnier de Choudens, S. / Fontecilla-Camps, J.C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6f48.cif.gz | 155.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6f48.ent.gz | 119.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6f48.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f4/6f48 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f4/6f48 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 34640.598 Da / 分子数: 1 / 変異: Y21F, K219R / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermotoga maritima (テルモトガ・マリティマ) 遺伝子: nadA, TM_1644 / プラスミド: PT7 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9X1X7, quinolinate synthase |
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-非ポリマー , 6種, 320分子
#2: 化合物 | ChemComp-SF4 / | ||||
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#3: 化合物 | ChemComp-XQB / | ||||
#4: 化合物 | ChemComp-GOL / | ||||
#5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-YQA / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.37 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.1 詳細: PEG33500, ammonium sulfate, oxaloacetate, DHAP, NaF, Bis Tris propane, anaerobic |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.9677 Å | ||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月9日 | ||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9677 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.5→37.54 Å / Num. obs: 49728 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 4.4 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Rpim(I) all: 0.028 / Rrim(I) all: 0.059 / Net I/σ(I): 16.8 | ||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4P3X 解像度: 1.5→37.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.983 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.973 / SU B: 4.812 / SU ML: 0.07 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.074 / ESU R Free: 0.067 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 95.8 Å2 / Biso mean: 27.231 Å2 / Biso min: 10.66 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.5→37.5 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.5→1.539 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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