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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6eyi | ||||||
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タイトル | E-selectin lectin, EGF-like and two SCR domains complexed with glycomimetic ligand BW69669 | ||||||
要素 | E-selectinE-セレクチン | ||||||
キーワード | CELL ADHESION (細胞接着) / CELL-ADHESION MOLECULE (細胞接着分子) / C-TYPE LECTIN / INFLAMMATION (炎症) / LEUKOCYTE (白血球) / GLYCOMIMETIC / CATCH-BOND | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 actin filament-based process / oligosaccharide binding / positive regulation of leukocyte tethering or rolling / sialic acid binding / leukocyte migration involved in inflammatory response / leukocyte tethering or rolling / positive regulation of leukocyte migration / heterophilic cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / leukocyte cell-cell adhesion / cortical cytoskeleton ...actin filament-based process / oligosaccharide binding / positive regulation of leukocyte tethering or rolling / sialic acid binding / leukocyte migration involved in inflammatory response / leukocyte tethering or rolling / positive regulation of leukocyte migration / heterophilic cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / leukocyte cell-cell adhesion / cortical cytoskeleton / phospholipase binding / positive regulation of receptor internalization / : / response to tumor necrosis factor / クラスリン / response to interleukin-1 / response to cytokine / カベオラ / calcium-mediated signaling / Cell surface interactions at the vascular wall / transmembrane signaling receptor activity / regulation of inflammatory response / response to lipopolysaccharide / 炎症 / 脂質ラフト / external side of plasma membrane / perinuclear region of cytoplasm / extracellular space / metal ion binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.04 Å | ||||||
データ登録者 | Jakob, R.P. / Zihlmann, P. / Preston, R.C. / Varga, N. / Ernst, B. / Maier, T. | ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: E-selectin lectin with different glycomimetic ligands 著者: Varga, N. / Zihlmann, P. / Preston, R.C. / Jakob, R.P. / Maier, T. / Ernst, B. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6eyi.cif.gz | 133.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6eyi.ent.gz | 104.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6eyi.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ey/6eyi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ey/6eyi | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31305.760 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SELE, ELAM1 / プラスミド: PCDNA3.1 / Cell (発現宿主): CHO / 器官 (発現宿主): OVARY 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) 参照: UniProt: P16581 | ||||||
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#2: 糖 | ChemComp-NAG / #3: 化合物 | ChemComp-C4Z / ( | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.93 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.2M CaCl2, 0.1 M Mops pH 6.2, 11-14% PEG8000, after microseeding |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.99999 Å |
検出器 | タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年11月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.99999 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.04→57.3 Å / Num. obs: 21493 / % possible obs: 95.6 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 52.7 Å2 / CC1/2: 0.966 / Rmerge(I) obs: 0.148 / Net I/σ(I): 16.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.04→2.12 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.849 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 2035 / CC1/2: 0.795 / % possible all: 92.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4C16 解像度: 2.04→20.76 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.931 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / SU R Cruickshank DPI: 0.211 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.214 / SU Rfree Blow DPI: 0.165 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.165
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原子変位パラメータ | Biso mean: 71.97 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.38 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.04→20.76 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.04→2.14 Å / Total num. of bins used: 11
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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