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Yorodumi- PDB-6ep3: Lar controls the expression of the Listeria monocytogenes agr sys... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6ep3 | ||||||
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Title | Lar controls the expression of the Listeria monocytogenes agr system and mediates virulence. | ||||||
Components | Lmo0651 protein | ||||||
Keywords | TRANSCRIPTION / Transcription factor / DNA binding protein / activator | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Listeria monocytogenes serovar 1/2a (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.2 Å | ||||||
Authors | Pinheiro, J. / Lisboa, J. / Carvalho, F. / Carreaux, A. / Santos, N. / Cabral, J. / Sousa, S. / Cabanes, D. | ||||||
Citation | Journal: Nucleic Acids Res. / Year: 2018 Title: MouR controls the expression of the Listeria monocytogenes Agr system and mediates virulence. Authors: Pinheiro, J. / Lisboa, J. / Pombinho, R. / Carvalho, F. / Carreaux, A. / Brito, C. / Pontinen, A. / Korkeala, H. / Dos Santos, N.M.S. / Morais-Cabral, J.H. / Sousa, S. / Cabanes, D. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6ep3.cif.gz | 194.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6ep3.ent.gz | 156.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6ep3.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ep/6ep3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ep/6ep3 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 26141.119 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Listeria monocytogenes serovar 1/2a (strain ATCC BAA-679 / EGD-e) (bacteria) Strain: ATCC BAA-679 / EGD-e / Gene: lmo0651 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q8Y982 #2: Chemical | ChemComp-EDO / #3: Chemical | ChemComp-SO4 / #4: Chemical | ChemComp-EPE / | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 4.38 Å3/Da / Density % sol: 71.93 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8 / Details: 1.5 M lithium sulfate, 100 mM sodium Hepes pH 7.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SOLEIL / Beamline: PROXIMA 2 / Wavelength: 0.980065, 0.97915 | |||||||||
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 9M / Detector: PIXEL / Date: Dec 10, 2016 | |||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||
Radiation wavelength |
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Reflection | Resolution: 2.2→43.29 Å / Num. obs: 46113 / % possible obs: 99.3 % / Redundancy: 5.4 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.1159 / Rpim(I) all: 0.05486 / Rsym value: 0.1285 / Net I/σ(I): 8.62 | |||||||||
Reflection shell | Resolution: 2.2→2.279 Å / Redundancy: 5.5 % / Mean I/σ(I) obs: 0.58 / Num. unique obs: 4603 / CC1/2: 0.444 / Rpim(I) all: 0.882 / % possible all: 96.92 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.2→43.29 Å / SU ML: 0.34 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 29.67
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.2→43.29 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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