PDB-6eo5: Physcomitrella patens BBE-like 1 variant D396N

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6eo5

タイトル

Physcomitrella patens BBE-like 1 variant D396N

要素

PpBBE-like 1 D396N

キーワード

OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / BBE-like / VAO /

cellobiose (セロビオース) / bi-covalent / flavin

機能・相同性

機能・相同性情報

FAD binding /

oxidoreductase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Physcomitrella patens subsp. patens (ヒメツリガネゴケ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Toplak, M. / Winkler, A. / Macheroux, P.

資金援助

オーストリア, 2件

引用

ジャーナル: FEBS J. / 年: 2018
タイトル: The single berberine bridge enzyme homolog of Physcomitrella patens is a cellobiose oxidase.
著者: Toplak, M. / Wiedemann, G. / Ulicevic, J. / Daniel, B. / Hoernstein, S.N.W. / Kothe, J. / Niederhauser, J. / Reski, R. / Winkler, A. / Macheroux, P.

履歴

登録	2017年10月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年4月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年6月20日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.3	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6eo5.cif.gz	193.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6eo5.ent.gz	152.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6eo5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eo/6eo5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eo/6eo5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6eo4C 4ud8S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6eo4-1 5oc2-1 5oc3-2 2pty-d 4qxb-2 4wct-1 6nxg-3 1pvw-2 4d25-d 6l5q-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#117 - 2009年9月キサンチン酸化還元酵素 (Xanthine Oxidoreductase) 類似性 (5)

登録構造単位

A: PpBBE-like 1 D396N

B: PpBBE-like 1 D396N

ヘテロ分子

107 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: PpBBE-like 1 D396N

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
53.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: PpBBE-like 1 D396N

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
53.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	148.670, 148.670, 204.830
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質

PpBBE-like 1 D396N

分子量: 52621.332 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Physcomitrella patens subsp. patens (ヒメツリガネゴケ)
遺伝子: PHYPADRAFT_234241 / Variant: D396N / 発現宿主:

Komagataella phaffii (菌類) / 株 (発現宿主): KM71H - PDI / 参照: UniProt: A0A2K1JP57*PLUS

#2: 化合物

ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD /

フラビンアデニンジヌクレオチド

分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / コメント: FAD*YM

#3: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン /

N-アセチルグルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#4: 水

ChemComp-HOH / water /

水

分子量: 18.015 Da / 分子数: 131 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	解説: bipyramid
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Mg(OOCH)2, 13/14 % PEG 3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

PETRA III, DESY

/ ビームライン: P11 / 波長: 1.009 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月24日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.009 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.6→48.416 Å / Num. obs: 70960 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 14.72 % / B_iso Wilson estimate: 64.26 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.167 / R_rim(I) all: 0.173 / Χ²: 1.062 / Net I/σ(I): 12.08

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.6-2.67	14.589	2.243	1.12	5175	0.596	2.323	99.7
2.67-2.74	15.095	1.741	1.49	5017	0.708	1.802	99.6
2.74-2.82	14.543	1.312	1.99	4912	0.82	1.359	99.8
2.82-2.91	14.6	0.988	2.71	4759	0.889	1.023	99.8
2.91-3	15.141	0.8	3.39	4609	0.913	0.828	99.8
3-3.11	15.422	0.606	4.57	4507	0.945	0.627	100
3.11-3.22	15.276	0.446	6.18	4337	0.971	0.462	99.9
3.22-3.36	14.907	0.321	8.46	4160	0.984	0.333	99.9
3.36-3.51	14.24	0.261	10.19	4012	0.989	0.27	99.9
3.51-3.68	14.618	0.193	13.56	3841	0.993	0.2	99.9
3.68-3.88	15.34	0.154	17.35	3660	0.995	0.159	99.9
3.88-4.11	15.056	0.13	20.05	3493	0.996	0.135	100
4.11-4.39	14.584	0.109	23.16	3275	0.996	0.113	99.9
4.39-4.75	13.967	0.097	25.33	3062	0.996	0.101	100
4.75-5.2	14.791	0.09	27.68	2829	0.997	0.093	100
5.2-5.81	14.931	0.095	25.85	2584	0.996	0.099	100
5.81-6.71	13.811	0.093	25.47	2289	0.997	0.097	100
6.71-8.22	14.094	0.078	29.66	1973	0.997	0.081	100
8.22-11.63	13.794	0.066	33.52	1557	0.998	0.068	100
11.63-48.416	12.024	0.062	31.94	909	0.997	0.065	98.2

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	7.22 Å	48.42 Å
Translation	7.22 Å	48.42 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHASER	2.6.0	位相決定
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: homology model based on 4ud8 (Swiss model)

4ud8

解像度: 2.6→48.416 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.15

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2095	3547	5 %
R_work	0.1829	-	-
obs	0.1843	70947	99.86 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 114.16 Å² / B_iso mean: 63.3582 Å² / B_iso min: 38.43 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.6→48.416 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7158	0	134	131	7423
B_iso mean	-	-	68.55	58.57	-
残基数	-	-	-	-	925

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	7505
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.884	10257
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.052	1117
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1298
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.362	4297

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 25

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.6-2.6357	0.3504	139	0.3303	2644	2783	100
2.6357-2.6733	0.3474	139	0.297	2641	2780	100
2.6733-2.7132	0.3039	140	0.2792	2663	2803	100
2.7132-2.7556	0.3143	139	0.2769	2644	2783	99
2.7556-2.8008	0.294	141	0.264	2668	2809	100
2.8008-2.8491	0.3077	140	0.2461	2663	2803	100
2.8491-2.9009	0.279	138	0.2318	2626	2764	100
2.9009-2.9566	0.2423	141	0.2353	2672	2813	100
2.9566-3.017	0.2815	140	0.2405	2660	2800	100
3.017-3.0826	0.2899	141	0.2391	2676	2817	100
3.0826-3.1543	0.2782	140	0.2397	2673	2813	100
3.1543-3.2331	0.2624	141	0.2385	2672	2813	100
3.2331-3.3205	0.2874	140	0.2306	2667	2807	100
3.3205-3.4182	0.2892	141	0.2221	2681	2822	100
3.4182-3.5285	0.2189	141	0.2112	2682	2823	100
3.5285-3.6546	0.2024	142	0.2046	2695	2837	100
3.6546-3.8009	0.2279	142	0.1924	2695	2837	100
3.8009-3.9738	0.2267	141	0.1855	2690	2831	100
3.9738-4.1832	0.2082	142	0.1657	2701	2843	100
4.1832-4.4451	0.1742	143	0.14	2725	2868	100
4.4451-4.788	0.1675	144	0.1354	2725	2869	100
4.788-5.2693	0.1523	144	0.1297	2741	2885	100
5.2693-6.0306	0.1861	145	0.1574	2757	2902	100
6.0306-7.5932	0.1612	147	0.1599	2790	2937	100
7.5932-48.4244	0.15	156	0.1458	2949	3105	100

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