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- PDB-6ehp: The crystal structure of the human LAMTOR complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ehp
タイトルThe crystal structure of the human LAMTOR complex
要素(Ragulator complex protein ...) x 5
キーワードSIGNALING PROTEIN / Scaffolding complex (足場) / Rag-GTPase / mTOR (MTOR) / Ragulator / mTORC1 (MTORC1)
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of cholesterol import / positive regulation of protein localization to lysosome / regulation of cell-substrate junction organization / regulation of cholesterol efflux / positive regulation of RNA polymerase II regulatory region sequence-specific DNA binding / FNIP-folliculin RagC/D GAP / Ragulator complex / protein localization to cell junction / protein localization to lysosome / TORC1 signaling ...regulation of cholesterol import / positive regulation of protein localization to lysosome / regulation of cell-substrate junction organization / regulation of cholesterol efflux / positive regulation of RNA polymerase II regulatory region sequence-specific DNA binding / FNIP-folliculin RagC/D GAP / Ragulator complex / protein localization to cell junction / protein localization to lysosome / TORC1 signaling / endosome organization / MTOR signalling / Amino acids regulate mTORC1 / fibroblast migration / lysosome localization / Energy dependent regulation of mTOR by LKB1-AMPK / kinase activator activity / protein localization to membrane / azurophil granule membrane / endosomal transport / regulation of cell size / オートファジー / lysosome organization / RHOJ GTPase cycle / RHOQ GTPase cycle / mTORC1-mediated signalling / tertiary granule membrane / RHOH GTPase cycle / CDC42 GTPase cycle / cellular response to nutrient levels / ficolin-1-rich granule membrane / RHOG GTPase cycle / positive regulation of TOR signaling / regulation of receptor recycling / RAC2 GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle / specific granule membrane / protein-membrane adaptor activity / positive regulation of TORC1 signaling / RAC1 GTPase cycle / viral genome replication / guanyl-nucleotide exchange factor activity / Regulation of PTEN gene transcription / cholesterol homeostasis / positive regulation of interleukin-8 production / regulation of cell growth / TP53 Regulates Metabolic Genes / cellular response to amino acid stimulus / response to virus / MAP2K and MAPK activation / negative regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / protein localization / positive regulation of protein localization to nucleus / late endosome / GTPase binding / late endosome membrane / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of MAPK cascade / リソソーム / molecular adaptor activity / endosome membrane / 脂質ラフト / lysosomal membrane / intracellular membrane-bounded organelle / focal adhesion / Neutrophil degranulation / positive regulation of gene expression / protein-containing complex / extracellular exosome / 細胞膜 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
LAMTOR1/MEH1 / Late endosomal/lysosomal adaptor and MAPK and MTOR activator / Late endosomal/lysosomal adaptor and MAPK and MTOR activator / Ragulator complex protein LAMTOR4 / Ragulator complex protein LAMTOR3 / Ragulator complex protein LAMTOR5 / Mitogen-activated protein kinase kinase 1 interacting / Ragulator complex protein LAMTOR5 / Mitogen-activated protein kinase kinase 1 interacting / Ragulator complex protein LAMTOR2-like ...LAMTOR1/MEH1 / Late endosomal/lysosomal adaptor and MAPK and MTOR activator / Late endosomal/lysosomal adaptor and MAPK and MTOR activator / Ragulator complex protein LAMTOR4 / Ragulator complex protein LAMTOR3 / Ragulator complex protein LAMTOR5 / Mitogen-activated protein kinase kinase 1 interacting / Ragulator complex protein LAMTOR5 / Mitogen-activated protein kinase kinase 1 interacting / Ragulator complex protein LAMTOR2-like / Dynein light chain 2a, cytoplasmic / Roadblock/LAMTOR2 domain / Roadblock/LC7 domain / Roadblock/LC7 domain / Β-ラクタマーゼ / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ragulator complex protein LAMTOR5 / Ragulator complex protein LAMTOR4 / Ragulator complex protein LAMTOR1 / Ragulator complex protein LAMTOR3 / Ragulator complex protein LAMTOR2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Scheffzek, K. / Naschberger, A.
資金援助 オーストリア, 1件
組織認可番号国
Austrian Science FundP 26682 オーストリア
引用ジャーナル: Science / 年: 2017
タイトル: Crystal structure of the human lysosomal mTORC1 scaffold complex and its impact on signaling.
著者: de Araujo, M.E.G. / Naschberger, A. / Furnrohr, B.G. / Stasyk, T. / Dunzendorfer-Matt, T. / Lechner, S. / Welti, S. / Kremser, L. / Shivalingaiah, G. / Offterdinger, M. / Lindner, H.H. / ...著者: de Araujo, M.E.G. / Naschberger, A. / Furnrohr, B.G. / Stasyk, T. / Dunzendorfer-Matt, T. / Lechner, S. / Welti, S. / Kremser, L. / Shivalingaiah, G. / Offterdinger, M. / Lindner, H.H. / Huber, L.A. / Scheffzek, K.
履歴
登録2017年9月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年10月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月1日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22018年1月31日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32018年6月20日Group: Data collection / Source and taxonomy / カテゴリ: diffrn_source / entity_src_gen
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _diffrn_source.type ..._diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _diffrn_source.type / _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain
改定 1.42019年4月24日Group: Data collection / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line
改定 1.52019年9月18日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell / Item: _reflns_shell.pdbx_Rpim_I_all
改定 1.62024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ragulator complex protein LAMTOR3
B: Ragulator complex protein LAMTOR2
C: Ragulator complex protein LAMTOR5
D: Ragulator complex protein LAMTOR4
E: Ragulator complex protein LAMTOR1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,7196
ポリマ－63,6835
非ポリマー351
水1,27971
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12350 Å2
ΔGint-100 kcal/mol
Surface area22150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)133.896, 133.896, 75.984
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number91
Space group name H-MP4122

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要素

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Ragulator complex protein ... , 5種, 5分子 ABCDE

#1: タンパク質 Ragulator complex protein LAMTOR3 / Late endosomal/lysosomal adaptor and MAPK and MTOR activator 3 / MEK-binding partner 1 / Mp1 / ...Late endosomal/lysosomal adaptor and MAPK and MTOR activator 3 / MEK-binding partner 1 / Mp1 / Mitogen-activated protein kinase kinase 1-interacting protein 1 / Mitogen-activated protein kinase scaffold protein 1


分子量: 13903.955 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LAMTOR3, MAP2K1IP1, MAPKSP1, PRO2783 / 細胞株 (発現宿主): Sf21
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9UHA4
#2: タンパク質 Ragulator complex protein LAMTOR2 / Endosomal adaptor protein p14 / Late endosomal/lysosomal Mp1-interacting protein / Late ...Endosomal adaptor protein p14 / Late endosomal/lysosomal Mp1-interacting protein / Late endosomal/lysosomal adaptor and MAPK and MTOR activator 2 / Mitogen-activated protein-binding protein-interacting protein / MAPBP-interacting protein / Roadblock domain-containing protein 3


分子量: 13574.501 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LAMTOR2, MAPBPIP, ROBLD3, HSPC003 / 細胞株 (発現宿主): Sf21
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9Y2Q5
#3: タンパク質 Ragulator complex protein LAMTOR5 / Hepatitis B virus X-interacting protein / HBX-interacting protein / Late endosomal/lysosomal ...Hepatitis B virus X-interacting protein / HBX-interacting protein / Late endosomal/lysosomal adaptor and MAPK and MTOR activator 5


分子量: 9622.900 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LAMTOR5, HBXIP, XIP / 細胞株 (発現宿主): Sf21
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O43504
#4: タンパク質 Ragulator complex protein LAMTOR4 / Late endosomal/lysosomal adaptor and MAPK and MTOR activator 4


分子量: 10753.236 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LAMTOR4, C7orf59 / 細胞株 (発現宿主): Sf21
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q0VGL1
#5: タンパク質 Ragulator complex protein LAMTOR1 / Late endosomal/lysosomal adaptor and MAPK and MTOR activator 1 / Lipid raft adaptor protein p18 / ...Late endosomal/lysosomal adaptor and MAPK and MTOR activator 1 / Lipid raft adaptor protein p18 / Protein associated with DRMs and endosomes / p27Kip1-releasing factor from RhoA / p27RF-Rho


分子量: 15828.839 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LAMTOR1, C11orf59, PDRO, PP7157 / 細胞株 (発現宿主): Sf21
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q6IAA8

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非ポリマー , 2種, 72分子

#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 71 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 54 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 20% [w/v] PEG 3350, 0.1M Tris/HCl pH8.5, 0.2M MgCl2, 3% 2-Methyl-2-propanol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年4月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→40 Å / Num. obs: 256155 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 8.2 % / Biso Wilson estimate: 61.3 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rpim(I) all: 0.027 / Rsym value: 0.077 / Net I/σ(I): 16.6
反射 シェル解像度: 2.3→2.44 Å / Rmerge(I) obs: 1.44 / CC1/2: 0.57 / Rpim(I) all: 0.543 / Rsym value: 1.54 / % possible all: 97.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化解像度: 2.3→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / SU B: 15.091 / SU ML: 0.163 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.238 / ESU R Free: 0.191 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22758 1539 4.9 %RANDOM
Rwork0.19795 ---
obs0.19942 29683 99.85 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 62.958 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.73 Å20 Å20 Å2
2---0.73 Å2-0 Å2
3---1.46 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.3→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3738 0 1 71 3810
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0193799
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023608
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1871.9725147
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8838368
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6295486
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.71624.688160
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.42915662
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.8161523
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0640.2613
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.024199
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02712
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.6999.0251956
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.6999.0231955
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.52516.852435
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.52416.8542436
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.17410.2391843
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.17110.2331841
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.33618.6842711
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.8360.8823900
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.80660.8213893
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.359 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.354 99 -
Rwork0.331 2129 -
obs--99.2 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.49480.12840.16590.4315-0.36190.59020.1436-0.4277-0.4135-0.1243-0.0787-0.0172-0.0169-0.0077-0.06490.1718-0.0024-0.05460.2490.11870.13733.243729.595310.1581
22.14010.14440.53090.3928-0.04050.22310.2386-0.3544-0.0555-0.1001-0.1854-0.0430.0736-0.1677-0.05330.0728-0.00770.01420.41730.05450.061210.144638.87018.1126
31.55110.33960.53970.31940.06191.12810.1398-0.04880.14910.0181-0.04590.0995-0.039-0.0467-0.09390.15820.02550.01190.2052-0.06820.081231.387355.7192-0.79
40.51230.65360.07441.59650.55471.18830.056-0.0818-0.00010.0496-0.16640.0898-0.00260.17830.11040.1597-0.03530.01280.2589-0.05820.037451.750357.8785.3932
50.73760.46280.2050.35760.02130.98380.1134-0.12050.01710.0117-0.07440.00540.01390.1895-0.0390.1270.01050.01260.149-0.02240.012839.787743.55812.8229
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 122
2X-RAY DIFFRACTION2B4 - 122
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 91
4X-RAY DIFFRACTION4D3 - 94
5X-RAY DIFFRACTION5E80 - 149

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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