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- PDB-6ehi: NucT from Helicobacter pylori -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ehi
タイトルNucT from Helicobacter pylori
要素Nuclease NucT
キーワードDNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / Endonuclease (エンドヌクレアーゼ)
機能・相同性Phospholipase D-like domain / PLD-like domain / Phospholipase D. Active site motifs. / Phospholipase D/Transphosphatidylase / Phospholipase D phosphodiesterase active site profile. / catalytic activity / 酢酸塩 / Nuclease NucT
機能・相同性情報
生物種Helicobacter pylori (ピロリ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.58 Å
データ登録者Celma, L. / Li de la Sierra-Gallay, I. / Quevillon-Cheruel, S.
資金援助 フランス, 5件
組織認可番号国
CEA フランス
French Infrastructure for Integrated Structural BiologyANR-10-INSB-05-01 フランス
Indo-French Centre for Promotion of Advanced research5203-5 フランス
Bourse regionale de la Martinique フランス
DIM-Malinf フランス
引用ジャーナル: PLoS ONE / 年: 2017
タイトル: Structural basis for the substrate selectivity of Helicobacter pylori NucT nuclease activity.
著者: Celma, L. / Corbinais, C. / Vercruyssen, J. / Veaute, X. / de la Sierra-Gallay, I.L. / Guerois, R. / Busso, D. / Mathieu, A. / Marsin, S. / Quevillon-Cheruel, S. / Radicella, J.P.
履歴
登録2017年9月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年1月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nuclease NucT
B: Nuclease NucT
C: Nuclease NucT
D: Nuclease NucT
E: Nuclease NucT
F: Nuclease NucT
G: Nuclease NucT
H: Nuclease NucT
I: Nuclease NucT
J: Nuclease NucT
K: Nuclease NucT
L: Nuclease NucT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)222,22642
ポリマ－220,19912
非ポリマー2,02630
水15,547863
1
A: Nuclease NucT
B: Nuclease NucT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,0387
ポリマ－36,7002
非ポリマー3385
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4730 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area14030 Å2
手法PISA
2
C: Nuclease NucT
D: Nuclease NucT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,0387
ポリマ－36,7002
非ポリマー3385
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4290 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area14530 Å2
手法PISA
3
E: Nuclease NucT
G: Nuclease NucT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,0387
ポリマ－36,7002
非ポリマー3385
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4150 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area14220 Å2
手法PISA
4
F: Nuclease NucT
H: Nuclease NucT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,0387
ポリマ－36,7002
非ポリマー3385
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4610 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area14010 Å2
手法PISA
5
I: Nuclease NucT
J: Nuclease NucT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,0387
ポリマ－36,7002
非ポリマー3385
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4750 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area14170 Å2
手法PISA
6
K: Nuclease NucT
L: Nuclease NucT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,0387
ポリマ－36,7002
非ポリマー3385
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4520 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area14270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.350, 71.370, 110.470
Angle α, β, γ (deg.)81.360, 74.300, 82.330
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
Nuclease NucT


分子量: 18349.953 Da / 分子数: 12 / 変異: H124N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 遺伝子: BV499_02590, BZK19_02395 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1V3AA65
#2: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩


分子量: 59.044 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 863 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.07 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: PEG 4000 28% Ammonium sulfate Sodium acetate pH 6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年2月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.58→47.41 Å / Num. obs: 227845 / % possible obs: 93 % / 冗長度: 3.5 % / CC1/2: 0.997 / Rrim(I) all: 0.07 / Rsym value: 0.06 / Net I/σ(I): 11.2
反射 シェル解像度: 1.58→1.67 Å / 冗長度: 3.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.22 / Num. unique obs: 35428 / CC1/2: 0.859 / Rrim(I) all: 0.595 / Rsym value: 0.505 / % possible all: 89.5

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
XDSデータ削減
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4GGK

4ggk


解像度: 1.58→47.41 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 2.651 / SU ML: 0.091 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.109 / ESU R Free: 0.111 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2463 11391 5 %RANDOM
Rwork0.2013 ---
obs0.2035 216417 93.01 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 104.4 Å2 / Biso mean: 25.741 Å2 / Biso min: 11.15 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.31 Å2-0.2 Å20.19 Å2
2--1.91 Å2-0.16 Å2
3----0.55 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.58→47.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15270 0 126 867 16263
Biso mean--29.04 31.94 -
残基数----1908
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.0215813
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.0214883
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0651.95721301
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1133.00134637
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.26151962
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.76324.951715
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.141152969
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.3471560
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1320.22376
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0217322
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.023158
LS精密化 シェル解像度: 1.576→1.617 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.343 771 -
Rwork0.321 14639 -
all-15410 -
obs--85.18 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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