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万見
- PDB-6eg3: Crystal structure of human BRM in complex with compound 15 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6eg3
タイトルCrystal structure of human BRM in complex with compound 15
要素Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Probable global transcription activator SNF2L2
キーワードHydrolase/Hydrolase Inhibitor / Helicase (ヘリカーゼ) / ATPase (ATPアーゼ) / Chromatin remodeling (クロマチンリモデリング) / inhibitor (酵素阻害剤) / MBP fusion / Hydrolase-Hydrolase Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


bBAF complex / npBAF complex / brahma complex / nBAF complex / GBAF complex / regulation of G0 to G1 transition / regulation of nucleotide-excision repair / ATP-dependent chromatin remodeler activity / regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / SWI/SNF complex ...bBAF complex / npBAF complex / brahma complex / nBAF complex / GBAF complex / regulation of G0 to G1 transition / regulation of nucleotide-excision repair / ATP-dependent chromatin remodeler activity / regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / SWI/SNF complex / positive regulation of double-strand break repair / positive regulation of T cell differentiation / intermediate filament cytoskeleton / positive regulation of stem cell population maintenance / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known / maltose binding / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / negative regulation of cell differentiation / carbohydrate transmembrane transporter activity / spermatid development / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / positive regulation of myoblast differentiation / ATP-dependent activity, acting on DNA / helicase activity / positive regulation of cell differentiation / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / negative regulation of cell growth / RMTs methylate histone arginines / nervous system development / histone binding / outer membrane-bounded periplasmic space / transcription coactivator activity / hydrolase activity / transcription cis-regulatory region binding / クロマチンリモデリング / negative regulation of cell population proliferation / intracellular membrane-bounded organelle / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / クロマチン / positive regulation of cell population proliferation / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / 核質 / ATP binding / 細胞核
類似検索 - 分子機能
BRK domain / BRK domain / BRK domain superfamily / domain in transcription and CHROMO domain helicases / domain in helicases and associated with SANT domains / Glutamine-Leucine-Glutamine, QLQ / QLQ / QLQ domain profile. / QLQ / Snf2, ATP coupling domain ...BRK domain / BRK domain / BRK domain superfamily / domain in transcription and CHROMO domain helicases / domain in helicases and associated with SANT domains / Glutamine-Leucine-Glutamine, QLQ / QLQ / QLQ domain profile. / QLQ / Snf2, ATP coupling domain / Snf2-ATP coupling, chromatin remodelling complex / Snf2-ATP coupling, chromatin remodelling complex / HSA domain / Helicase/SANT-associated domain / HSA domain profile. / : / SNF2-like, N-terminal domain superfamily / SNF2, N-terminal / SNF2-related domain / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / Helicase conserved C-terminal domain / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / ブロモドメイン / Bromodomain profile. / bromo domain / ブロモドメイン / Bromodomain-like superfamily / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
エタノール / Chem-J7G / Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein / Probable global transcription activator SNF2L2
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli O157:H7 (大腸菌)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.84 Å
データ登録者Zhu, X. / Kulathila, R. / Hu, T. / Xie, X.
引用ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2018
タイトル: Discovery of Orally Active Inhibitors of Brahma Homolog (BRM)/SMARCA2 ATPase Activity for the Treatment of Brahma Related Gene 1 (BRG1)/SMARCA4-Mutant Cancers.
著者: Papillon, J.P.N. / Nakajima, K. / Adair, C.D. / Hempel, J. / Jouk, A.O. / Karki, R.G. / Mathieu, S. / Mobitz, H. / Ntaganda, R. / Smith, T. / Visser, M. / Hill, S.E. / Hurtado, F.K. / ...著者: Papillon, J.P.N. / Nakajima, K. / Adair, C.D. / Hempel, J. / Jouk, A.O. / Karki, R.G. / Mathieu, S. / Mobitz, H. / Ntaganda, R. / Smith, T. / Visser, M. / Hill, S.E. / Hurtado, F.K. / Chenail, G. / Bhang, H.C. / Bric, A. / Xiang, K. / Bushold, G. / Gilbert, T. / Vattay, A. / Dooley, J. / Costa, E.A. / Park, I. / Li, A. / Farley, D. / Lounkine, E. / Yue, Q.K. / Xie, X. / Zhu, X. / Kulathila, R. / King, D. / Hu, T. / Vulic, K. / Cantwell, J. / Luu, C. / Jagani, Z.
履歴
登録2018年8月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年10月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年11月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.title
改定 1.22018年12月5日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Probable global transcription activator SNF2L2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,3228
ポリマ－69,6531
非ポリマー6697
水48627
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, compound added prior to crystallization
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)136.470, 136.470, 121.370
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number94
Space group name H-MP42212

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要素

#1: タンパク質 Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Probable global transcription activator SNF2L2 / MMBP / Maltodextrin-binding protein / Maltose-binding protein / MBP / ATP-dependent helicase ...MMBP / Maltodextrin-binding protein / Maltose-binding protein / MBP / ATP-dependent helicase SMARCA2 / BRG1-associated factor 190B / BAF190B / Protein brahma homolog / hBRM / SNF2-alpha / SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily A member 2


分子量: 69653.055 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli O157:H7 (大腸菌), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: malE, Z5632, ECs5017, SMARCA2, BAF190B, BRM, SNF2A, SNF2L2
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P0AEY0, UniProt: P51531, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
#2: 化合物 ChemComp-J7G / 3-[(4-{[(2-chloropyridin-4-yl)carbamoyl]amino}pyridin-2-yl)ethynyl]benzoic acid


分子量: 392.795 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H13ClN4O3
#3: 化合物
ChemComp-EOH / ETHANOL / エタノ-ル / エタノール


分子量: 46.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.68 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 100mM Tris pH7, 14% Ethanol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.84→136.47 Å / Num. obs: 27552 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.1 % / Net I/σ(I): 18
反射 シェル解像度: 2.84→2.85 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.6精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
autoPROCデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1FQA, 5HZR

1fqa

5hzr


解像度: 2.84→96.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8925 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8739 / SU R Cruickshank DPI: 0.515 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.505 / SU Rfree Blow DPI: 0.314 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.32
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2668 1323 4.8 %RANDOM
Rwork0.2287 ---
obs0.2305 27552 99.64 %-
原子変位パラメータBiso max: 153.59 Å2 / Biso mean: 78.03 Å2 / Biso min: 17.14 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-15.1499 Å20 Å20 Å2
2--15.1499 Å20 Å2
3----30.2998 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.453 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.84→96.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4858 0 46 27 4931
Biso mean--63.85 56.21 -
残基数----614
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1720SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes119HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes711HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it5017HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion651SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5568SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d5017HARMONIC20.009
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg6796HARMONIC21.1
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.46
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.63
LS精密化 シェル解像度: 2.84→2.95 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3169 138 5.03 %
Rwork0.2823 2604 -
all0.2841 2742 -
obs--96.61 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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