PDB-6e7d: Structure of the inhibitory NKR-P1B receptor bound to the host-en...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6e7d

タイトル

Structure of the inhibitory NKR-P1B receptor bound to the host-encoded ligand, Clr-b

要素

C-type lectin domain family 2 member D
Killer cell lectin-like receptor subfamily B member 1B allele B

キーワード

IMMUNE SYSTEM (免疫系) / Natural Killer cell receptor / C-type lectin related ligand /

immune complex /

innate immunity (自然免疫系)

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / natural killer cell lectin-like receptor binding / negative regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / negative regulation of osteoclast differentiation / plasma membrane => GO:0005886 /

protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / cellular defense response / transmembrane signaling receptor activity /

signaling receptor activity /

carbohydrate binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.9 Å

データ登録者

Balaji, G.R. / Rossjohn, J. / Berry, R.

資金援助

オーストラリア, 2件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Recognition of host Clr-b by the inhibitory NKR-P1B receptor provides a basis for missing-self recognition.
著者: Balaji, G.R. / Aguilar, O.A. / Tanaka, M. / Shingu-Vazquez, M.A. / Fu, Z. / Gully, B.S. / Lanier, L.L. / Carlyle, J.R. / Rossjohn, J. / Berry, R.

履歴

登録	2018年7月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年10月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年5月8日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.4	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6e7d.cif.gz	1.1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6e7d.ent.gz	970 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6e7d.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e7/6e7d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e7/6e7d	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3rs1S 5tznS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	7lk9-d 5ddy-d 1f6m-d 1aip-2 6s8q-d 0339 5hzk-d 5an1-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#232 - 2019年4月タンパク質と生体鉱物 (Proteins and Biominerals) 類似性 (6) #134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (6) #75 - 2006年3月組織因子 (Tissue Factor) 類似性 (6) #261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #69 - 2005年9月コレラ毒素 (Cholera Toxin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: C-type lectin domain family 2 member D

B: C-type lectin domain family 2 member D

C: C-type lectin domain family 2 member D

D: C-type lectin domain family 2 member D

E: C-type lectin domain family 2 member D

F: C-type lectin domain family 2 member D

G: C-type lectin domain family 2 member D

H: C-type lectin domain family 2 member D

I: C-type lectin domain family 2 member D

J: C-type lectin domain family 2 member D

K: C-type lectin domain family 2 member D

L: C-type lectin domain family 2 member D

M: C-type lectin domain family 2 member D

N: C-type lectin domain family 2 member D

O: C-type lectin domain family 2 member D

P: C-type lectin domain family 2 member D

Q: Killer cell lectin-like receptor subfamily B member 1B allele B

R: Killer cell lectin-like receptor subfamily B member 1B allele B

S: Killer cell lectin-like receptor subfamily B member 1B allele B

T: Killer cell lectin-like receptor subfamily B member 1B allele B

U: Killer cell lectin-like receptor subfamily B member 1B allele B

V: Killer cell lectin-like receptor subfamily B member 1B allele B

W: Killer cell lectin-like receptor subfamily B member 1B allele B

X: Killer cell lectin-like receptor subfamily B member 1B allele B

ヘテロ分子

364 kDa, 24 ポリマー
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1

A: C-type lectin domain family 2 member D

D: C-type lectin domain family 2 member D

E: C-type lectin domain family 2 member D

F: C-type lectin domain family 2 member D

I: C-type lectin domain family 2 member D

J: C-type lectin domain family 2 member D

O: C-type lectin domain family 2 member D

P: C-type lectin domain family 2 member D

Q: Killer cell lectin-like receptor subfamily B member 1B allele B

S: Killer cell lectin-like receptor subfamily B member 1B allele B

U: Killer cell lectin-like receptor subfamily B member 1B allele B

X: Killer cell lectin-like receptor subfamily B member 1B allele B

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
根拠: equilibrium centrifugation
182 kDa, 12 ポリマー
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2

B: C-type lectin domain family 2 member D

C: C-type lectin domain family 2 member D

G: C-type lectin domain family 2 member D

H: C-type lectin domain family 2 member D

K: C-type lectin domain family 2 member D

L: C-type lectin domain family 2 member D

M: C-type lectin domain family 2 member D

N: C-type lectin domain family 2 member D

R: Killer cell lectin-like receptor subfamily B member 1B allele B

T: Killer cell lectin-like receptor subfamily B member 1B allele B

V: Killer cell lectin-like receptor subfamily B member 1B allele B

W: Killer cell lectin-like receptor subfamily B member 1B allele B

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
182 kDa, 12 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	66.930, 122.069, 131.561
Angle α, β, γ (deg.)	73.12, 82.08, 84.46
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質

C-type lectin domain family 2 member D / C-type lectin-related protein B / Clr-b / Lectin-like transmembrane protein / Osteoclast inhibitory lectin

分子量: 14763.428 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Clec2d, Clrb, Ocil / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q91V08

#2: タンパク質

Killer cell lectin-like receptor subfamily B member 1B allele B / CD161 antigen-like family member B / Inhibitory receptor NKR-P1B / Lymphocyte antigen 55d / Ly-55d ...

分子量: 15631.460 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Klrb1b, Klrb1d, Ly55d, Nkrp1b, Nkrp1d / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q99JB4

#3: 化合物

ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン /

硫酸塩

分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄

#4: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン /

N-アセチルグルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#5: 水

ChemComp-HOH / water /

水

分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.81 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.3 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 21 % (w/v) PEG 3350 0.1 M Bis/Tris pH 5.9 5 % glycerol (v/v) 0.2 M ammonium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9436 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年12月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9436 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.9→66.1 Å / Num. obs: 80841 / % possible obs: 92.8 % / 冗長度: 2.9 % / B_iso Wilson estimate: 57.84 Å² / R_merge(I) obs: 0.176 / R_pim(I) all: 0.114 / Net I/σ(I): 6.3
反射シェル	解像度: 2.9→3.06 Å / 冗長度: 2.8 % / R_merge(I) obs: 0.545 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 12101 / R_pim(I) all: 0.363 / % possible all: 95.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.2	精密化
iMOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3RS1, 5TZN

3rs1

5tzn

解像度: 2.9→42.46 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.892 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.845 / R_factor R_free error: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R_free Blow DPI: 0.338

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.225	4053	5.02 %	RANDOM
R_work	0.186	-	-	-
obs	0.188	80766	92.6 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 53.01 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-12.8822 Å²	-0.6042 Å²	0.9312 Å²
2-	-	6.9982 Å²	-1.0471 Å²
3-	-	-	5.8839 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.38 Å

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.9→42.46 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	22828	0	157	8	22993

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.01	23696	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.13	32291	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		10414	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		605	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		3463	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		23696	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	3.15
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	3.08
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		3082	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		25604	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 2.9→2.98 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.274	269	4.58 %
R_work	0.214	5605	-
all	0.217	5874	-
obs	-	-	91.87 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.9414	0.0573	-0.4235	3.2914	-0.3485	2.3813	-0.0488	0.0756	-0.0245	-0.2259	-0.0226	0.6412	0.7045	-0.4959	0.0715	0.1211	-0.175	-0.0272	-0.1116	-0.0551	-0.1768	-12.3183	-5.642	-1.9367
2	1.5922	1.4154	0.8542	4.1373	0.0272	4.8656	-0.2446	0.2733	-0.0917	-0.2373	0.1827	-0.7086	-0.2504	0.9888	0.0619	-0.0861	-0.205	0.0318	-0.0078	-0.0833	-0.1368	24.3661	26.3365	68.9707
3	-0.0565	-0.1761	0.098	3.173	-1.611	3.8082	-0.1311	0.1457	0.0168	-0.585	0.3212	0.4301	0.7911	-0.5525	-0.1901	0.3017	-0.3367	-0.1703	-0.1558	-0.0031	-0.2765	0.903	15.0616	57.5279
4	1.4192	-1.8885	-0.3615	3.8154	-0.1811	2.3623	0.0893	-0.0403	0.1593	-0.5804	-0.1783	-0.2839	-0.2359	0.2355	0.089	0.1348	-0.0908	0.1356	-0.1331	-0.0703	-0.189	0.7311	-38.2194	3.7426
5	4.2031	1.578	1.596	4.8238	1.3772	3.2721	0.0873	0.4324	-0.006	-0.2751	-0.2524	-0.7902	-0.076	0.6932	0.1652	-0.1584	-0.0225	0.1051	0.0379	0.0781	-0.1636	13.7153	3.8083	4.9933
6	3.8589	0.5242	-2.0439	3.2309	-2.0085	9.8158	0.1132	0.0337	-0.1681	0.1433	0.0504	0.5207	0.2095	-1.1821	-0.1636	-0.3455	-0.0848	0.0755	0.0664	-0.1086	-0.0381	-17.128	-42.4524	25.9323
7	1.1099	-1.3376	0.1286	2.8763	-0.0474	2.0867	-0.0148	0.1989	0.1795	-0.632	-0.0282	-0.2545	-0.4171	0.4213	0.043	0.0564	-0.1854	0.1723	-0.0491	-0.0467	-0.1442	14.713	-16.846	66.0929
8	5.3266	-1.7803	-2.0032	4.9995	-0.5058	5.1565	-0.2193	0.3357	-0.7767	0.0012	-0.0633	1.0135	0.2167	-0.6922	0.2826	-0.3498	-0.108	0.069	-0.0666	-0.1755	-0.016	-7.1638	-21.4176	84.1813
9	0.1765	1.086	-0.6615	3.0597	-0.2093	5.127	0.1509	0.2041	0.135	0.5729	0.001	0.3364	-0.6979	-0.1545	-0.1519	0.086	-0.0163	0.1443	-0.099	-0.0447	-0.1475	-4.9692	-26.1162	45.7273
10	2.6727	0.687	-0.7905	5.8881	1.9706	5.6082	0.0125	-0.2639	-0.2547	-0.2497	0.0819	-0.4734	0.477	1.1055	-0.0944	-0.4349	-0.0121	0.0729	0.258	-0.0651	-0.0382	12.8555	-41.7201	29.2863
11	2.0135	0.8511	-0.2593	2.3364	-0.0605	4.0765	-0.1431	0.1027	0.3323	0.3411	0.1108	0.47	-0.5539	-0.2945	0.0323	0.1162	0	0.098	-0.1447	-0.0151	-0.1189	-0.7425	-5.0265	106.3625
12	3.7611	0.9019	-1.5347	3.9685	0.5485	4.0689	-0.2534	-0.5103	-0.6504	-0.0294	0.1159	-0.5849	0.0689	1.0463	0.1375	-0.3725	-0.0732	0.11	0.0844	-0.007	-0.1367	21.2083	-19.6863	93.4217
13	1.6763	1.8699	1.0243	4.4349	0.1006	4.713	-0.0198	-0.0481	-0.1091	0.6404	-0.0672	-0.4945	0.3371	0.1364	0.087	0.2223	-0.0986	-0.1063	-0.2096	-0.0599	-0.2448	18.271	24.7882	96.6958
14	2.3664	-0.5904	1.1703	3.7689	-0.4896	6.0808	-0.1379	-0.1012	0.2996	-0.0764	0.1849	0.9197	-0.6564	-0.8702	-0.047	-0.1019	-0.0116	-0.0226	-0.1091	-0.0089	-0.084	-3.2432	33.2194	79.0198
15	1.5181	1.5805	0.1906	1.6699	0.5245	3.6468	0.052	-0.151	-0.392	0.5348	-0.2484	-0.5852	0.2216	0.5663	0.1964	0.2127	-0.2543	-0.1265	-0.1571	0.054	-0.2546	12.9578	2.3163	33.3709
16	2.6786	0.3695	0.467	2.1423	-2.0513	5.1022	0.1523	-0.2461	0.3387	0.4201	0.007	0.3399	-0.388	-0.327	-0.1593	0.0095	-0.1125	0.1334	-0.1131	-0.1025	-0.1119	-11.108	11.9441	20.1643
17	0.0668	1.2142	-0.5976	7.2648	-1.2151	2.8995	0.1936	0.3143	0.1155	-0.6902	-0.109	0.091	-0.1775	-0.5276	-0.0846	-0.0122	0.0877	-0.062	-0.1029	-0.0064	-0.0406	-20.2203	18.7874	-12.9625
18	5.0075	-0.7852	2.2197	7.3352	-1.1893	4.1018	0.0862	0.2633	0.428	-0.4711	-0.0317	0.3836	-0.3651	-0.1999	-0.0544	0.1488	-0.2481	-0.2965	-0.1928	0.1357	-0.2426	-5.0929	37.4898	44.0357
19	2.227	0.0616	0.0926	7.1986	-3.0035	5.1553	0.2826	0.2192	-0.5637	-0.5034	0.2156	0.2027	0.8928	-0.0434	-0.4982	0.056	0.0162	0.081	-0.2079	-0.0901	-0.1415	9.3786	-64.7322	2.0313
20	3.275	2.407	-2.4199	7.2667	-4.189	7.3159	0.0662	0.3546	-0.3981	-0.6409	0.2937	0.1603	0.3926	-0.259	-0.3599	-0.2336	0.0156	0.1812	-0.0741	-0.0885	-0.0123	23.1818	-43.0014	66.5503
21	4.0707	0.4308	-1.4909	9.4061	1.5224	8.0988	0.2643	-0.5798	-0.5159	0.958	-0.0885	-0.0269	0.7881	-0.1078	-0.1758	-0.036	-0.1508	0.1578	-0.1206	0.0431	-0.2876	-12.7712	-46.3601	60.9308
22	3.2178	-1.3289	0.1964	6.8748	0.7985	1.8154	-0.1084	-0.5088	-0.4658	0.6176	0.0375	-0.2988	0.3348	-0.0097	0.0709	-0.0968	0.0162	0.2093	-0.059	0.0484	-0.0571	-9.1567	-27.2184	119.3105
23	1.9812	1.0318	-0.3002	7.2291	-3.8017	4.7198	0.1332	-0.0023	0.4402	0.4761	0.3735	-0.4739	-0.8853	0.3413	-0.5066	-0.0837	-0.1804	-0.0935	-0.1925	-0.1491	0.0051	31.2188	49.205	95.303
24	1.285	1.1355	-0.7234	7.8462	-2.4847	7.4829	-0.0508	-0.2411	0.4881	0.5626	-0.1268	-0.572	-1.2611	0.5368	0.1776	-0.1095	-0.3736	-0.2076	-0.0861	0.1306	-0.1317	25.5614	25.5045	30.1419

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|* }
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ B\|* }
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{ C\|* }
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{ D\|* }
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{ E\|* }
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{ F\|* }
7	X-RAY DIFFRACTION	7	{ G\|* }
8	X-RAY DIFFRACTION	8	{ H\|* }
9	X-RAY DIFFRACTION	9	{ I\|* }
10	X-RAY DIFFRACTION	10	{ J\|* }
11	X-RAY DIFFRACTION	11	{ K\|* }
12	X-RAY DIFFRACTION	12	{ L\|* }
13	X-RAY DIFFRACTION	13	{ M\|* }
14	X-RAY DIFFRACTION	14	{ N\|* }
15	X-RAY DIFFRACTION	15	{ O\|* }
16	X-RAY DIFFRACTION	16	{ P\|* }
17	X-RAY DIFFRACTION	17	{ Q\|* }
18	X-RAY DIFFRACTION	18	{ R\|* }
19	X-RAY DIFFRACTION	19	{ S\|* }
20	X-RAY DIFFRACTION	20	{ T\|* }
21	X-RAY DIFFRACTION	21	{ U\|* }
22	X-RAY DIFFRACTION	22	{ V\|* }
23	X-RAY DIFFRACTION	23	{ W\|* }
24	X-RAY DIFFRACTION	24	{ X\|* }

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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