+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6dzr | ||||||
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Title | Crystal structure of h38C2 K99R mutation | ||||||
Components |
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Keywords | IMMUNE SYSTEM / Antibody | ||||||
Function / homology | Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / CITRATE ANION Function and homology information | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.4 Å | ||||||
Authors | Park, H. / Rader, C. | ||||||
Citation | Journal: Cell Chem Biol / Year: 2019 Title: Site-Selective Antibody Functionalization via Orthogonally Reactive Arginine and Lysine Residues. Authors: Hwang, D. / Nilchan, N. / Nanna, A.R. / Li, X. / Cameron, M.D. / Roush, W.R. / Park, H. / Rader, C. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6dzr.cif.gz | 259.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6dzr.ent.gz | 214.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6dzr.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dz/6dzr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dz/6dzr | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 1axtS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Antibody | Mass: 23886.674 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: Cricetulus griseus (Chinese hamster) |
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#2: Antibody | Mass: 23876.551 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: Cricetulus griseus (Chinese hamster) |
#3: Chemical | ChemComp-FLC / |
#4: Chemical | ChemComp-SO4 / |
#5: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.77 Å3/Da / Density % sol: 55.6 % |
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Crystal grow | Temperature: 278 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 20% PEG 3350, 200 mM Ammonium Acetate, 40 mM Ammonium Sulfate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 5.0.1 / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Dec 13, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.4→35.1 Å / Num. obs: 20372 / % possible obs: 95 % / Redundancy: 20 % / Net I/σ(I): 41 |
Reflection shell | Resolution: 2.4→2.48 Å |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1AXT Resolution: 2.4→35.087 Å / SU ML: 0.3 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 22.88
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.4→35.087 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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