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- PDB-6dyy: Crystal structure of Helicobacter pylori 5'-methylthioadenosine/S... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6dyy | ||||||
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Title | Crystal structure of Helicobacter pylori 5'-methylthioadenosine/S-adenosyl homocysteine nucleosidase (MTAN) complexed with (3R,4S)-1-((4-amino-5H-pyrrolo[3,2-d]pyrimidin-7-yl)methyl)-4-(((3-(1-butyl-1H-1,2,3-triazol-4-yl)propyl)thio)methyl)pyrrolidin-3-ol | ||||||
![]() | 5'-methylthioadenosine/S-adenosylhomocysteine nucleosidase | ||||||
![]() | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / MTAN enzyme / ![]() ![]() | ||||||
Function / homology | ![]() aminodeoxyfutalosine nucleosidase / 6-amino-6-deoxyfutalosine hydrolase activity / ![]() ![]() ![]() ![]() Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Harijan, R.K. / Ducati, R.G. / Bonanno, J.B. / Almo, S.C. / Schramm, V.L. | ||||||
![]() | ![]() Title: Selective Inhibitors of Helicobacter pylori Methylthioadenosine Nucleosidase and Human Methylthioadenosine Phosphorylase. Authors: Harijan, R.K. / Hoff, O. / Ducati, R.G. / Firestone, R.S. / Hirsch, B.M. / Evans, G.B. / Schramm, V.L. / Tyler, P.C. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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PDBx/mmCIF format | ![]() | 215.2 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 169.7 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 6dyuC ![]() 6dyvC ![]() 6dywC ![]() 6dyzC ![]() 6dz0C ![]() 6dz2C ![]() 6dz3C ![]() 4wkpS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 0 / Refine code: 0
NCS ensembles :
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Components
#1: Protein | Mass: 26886.875 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() References: UniProt: A0A1W0VQJ9, UniProt: Q9ZMY2*PLUS, ![]() #2: Chemical | ChemComp-EDO / ![]() #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-OS6 / ( #5: Water | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.2 Å3/Da / Density % sol: 44.31 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 200 mM calcium chloride, 20% w/v PEG3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: RAYONIX MX225HE / Detector: CCD / Date: Oct 24, 2017 / Details: KB mirrors |
Radiation | Monochromator: diamond(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength![]() |
Reflection | Resolution: 1.61→88.44 Å / Num. obs: 123910 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 7.4 % / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 11.4 |
Reflection shell | Resolution: 1.61→1.64 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 5998 / CC1/2: 0.8 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Starting model: PDB entry 4WKP Resolution: 1.61→88.44 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / SU B: 1.941 / SU ML: 0.066 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.091 / ESU R Free: 0.088 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 23.601 Å2
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Refinement step | Cycle: 1 / Resolution: 1.61→88.44 Å
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Refine LS restraints |
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