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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6dry | |||||||||||||||||||||
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タイトル | Structural Determinants of Activation and Biased Agonism at the 5-HT2B Receptor | |||||||||||||||||||||
要素 | 5HT2B receptor, BRIL chimera5-HT2B receptor | |||||||||||||||||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / GPCR (Gタンパク質共役受容体) / 5HT2B / Setotonin receptor / Methylergonovine | |||||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 行動 / intestine smooth muscle contraction / Gq/11-coupled serotonin receptor activity / phospholipase C-activating serotonin receptor signaling pathway / positive regulation of phosphatidylinositol biosynthetic process / G protein-coupled serotonin receptor signaling pathway / G protein-coupled serotonin receptor complex / protein kinase C signaling / regulation of behavior / セロトニン受容体 ...行動 / intestine smooth muscle contraction / Gq/11-coupled serotonin receptor activity / phospholipase C-activating serotonin receptor signaling pathway / positive regulation of phosphatidylinositol biosynthetic process / G protein-coupled serotonin receptor signaling pathway / G protein-coupled serotonin receptor complex / protein kinase C signaling / regulation of behavior / セロトニン受容体 / embryonic morphogenesis / cellular response to temperature stimulus / serotonin binding / 血管収縮 / protein kinase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / G protein-coupled serotonin receptor activity / G protein-coupled receptor internalization / cardiac muscle hypertrophy / neurotransmitter receptor activity / neural crest cell differentiation / 神経堤 / cGMP-mediated signaling / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / : / positive regulation of cell division / G-protein alpha-subunit binding / heart morphogenesis / release of sequestered calcium ion into cytosol / ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of endothelial cell proliferation / GTPase activator activity / 電子伝達系 / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of cytokine production / calcium-mediated signaling / positive regulation of nitric-oxide synthase activity / positive regulation of MAP kinase activity / intracellular calcium ion homeostasis / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / chemical synaptic transmission / G alpha (q) signalling events / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / electron transfer activity / ペリプラズム / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / response to xenobiotic stimulus / iron ion binding / G protein-coupled receptor signaling pathway / リン酸化 / シナプス / 樹状突起 / positive regulation of cell population proliferation / heme binding / negative regulation of apoptotic process / 核質 / 細胞膜 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.918 Å | |||||||||||||||||||||
データ登録者 | McCorvy, J.D. / Wacker, D. / Wang, S. / Agegnehu, B. / Liu, J. / Lansu, K. / Tribo, A.R. / Olsen, R.H.J. / Che, T. / Jin, J. / Roth, B.L. | |||||||||||||||||||||
資金援助 | 米国, 6件
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引用 | ジャーナル: Nat. Struct. Mol. Biol. / 年: 2018 タイトル: Structural determinants of 5-HT2Breceptor activation and biased agonism. 著者: McCorvy, J.D. / Wacker, D. / Wang, S. / Agegnehu, B. / Liu, J. / Lansu, K. / Tribo, A.R. / Olsen, R.H.J. / Che, T. / Jin, J. / Roth, B.L. | |||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6dry.cif.gz | 171.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6dry.ent.gz | 131.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6dry.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dr/6dry ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dr/6dry | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 46149.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) 遺伝子: HTR2B, cybC 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P41595, UniProt: P0ABE7 |
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-非ポリマー , 7種, 8分子
#2: 化合物 | ChemComp-H8D / ( | ||
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#3: 化合物 | ChemComp-CLR / | ||
#4: 化合物 | ChemComp-OLA / | ||
#5: 化合物 | ChemComp-OLC / ( | ||
#6: 化合物 | ChemComp-PEG / | ||
#7: 化合物 | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.74 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 詳細: 100 mM Tris/HCl pH 7.2-8.0, 170-190 mM Potassium phosphate monobasic, 30% v/v PEG400 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.033 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年8月4日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.033 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.9→30 Å / Num. obs: 12467 / % possible obs: 91.8 % / 冗長度: 2.6 % / CC1/2: 0.98 / Rmerge(I) obs: 0.157 / Net I/σ(I): 7.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.9→2.99 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.718 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 905 / CC1/2: 0.56 / % possible all: 81.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry: 4IB4 解像度: 2.918→29.681 Å / SU ML: 0.56 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 33
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.918→29.681 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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