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- PDB-6dm6: Structure of DNA polymerase III subunit beta from Rickettsia cono... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6dm6
タイトルStructure of DNA polymerase III subunit beta from Rickettsia conorii in complex with a natural product
要素
  • Beta sliding clamp
  • Natural product peptide
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / SSGCID / dnaN / DNA polymerase III subunit beta / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA polymerase III complex / 3'-5' exonuclease activity / DNA複製 / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
DNA polymerase III, beta sliding clamp / DNA polymerase III, beta sliding clamp, N-terminal / DNA polymerase III, beta sliding clamp, C-terminal / DNA polymerase III, beta sliding clamp, central / DNA polymerase III beta subunit, N-terminal domain / DNA polymerase III beta subunit, central domain / DNA polymerase III beta subunit, C-terminal domain / DNA polymerase III beta subunit / :
類似検索 - ドメイン・相同性
ACE-MVA-MP8-NZC-LEU-MP8-LEU-MVA-PRO-MLU-GLY / Beta sliding clamp
類似検索 - 構成要素
生物種Rickettsia conorii (丘疹熱リケッチア)
Streptomyces caelicus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Structure of DNA polymerase III subunit beta from Rickettsia conorii in complex with a natural product
著者: Conrady, D.G. / Abendroth, J. / Higgins, T.W. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E.
履歴
登録2018年6月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年6月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月17日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: pdbx_molecule_features / struct_site / struct_site_gen
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.32023年11月15日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_conn
Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta sliding clamp
B: Beta sliding clamp
C: Natural product peptide
D: Natural product peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,8604
ポリマ－88,8604
非ポリマー00
水5,405300
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4850 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area33610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.860, 41.830, 127.400
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.920, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid -1 through 4 or (resid 5...
21(chain B and (resid -1 through 23 or resid 29...
12chain C
22chain D

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111HISHISLEULEU(chain A and (resid -1 through 4 or (resid 5...AA-1 - 47 - 12
121ILEILEILEILE(chain A and (resid -1 through 4 or (resid 5...AA513
131HISHISVALVAL(chain A and (resid -1 through 4 or (resid 5...AA-1 - 3797 - 387
141HISHISVALVAL(chain A and (resid -1 through 4 or (resid 5...AA-1 - 3797 - 387
151HISHISVALVAL(chain A and (resid -1 through 4 or (resid 5...AA-1 - 3797 - 387
161HISHISVALVAL(chain A and (resid -1 through 4 or (resid 5...AA-1 - 3797 - 387
211HISHISGLUGLU(chain B and (resid -1 through 23 or resid 29...BB-1 - 237 - 31
221PROPROASPASP(chain B and (resid -1 through 23 or resid 29...BB29 - 5137 - 59
231TYRTYRVALVAL(chain B and (resid -1 through 23 or resid 29...BB53 - 7961 - 87
241HISHISVALVAL(chain B and (resid -1 through 23 or resid 29...BB-1 - 3797 - 387
251HISHISVALVAL(chain B and (resid -1 through 23 or resid 29...BB-1 - 3797 - 387
261HISHISVALVAL(chain B and (resid -1 through 23 or resid 29...BB-1 - 3797 - 387
271HISHISVALVAL(chain B and (resid -1 through 23 or resid 29...BB-1 - 3797 - 387
281HISHISVALVAL(chain B and (resid -1 through 23 or resid 29...BB-1 - 3797 - 387
112ACEACEGLYGLYchain CCC1 - 111 - 11
212ACEACEGLYGLYchain DDD1 - 111 - 11

NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

#1: タンパク質 Beta sliding clamp / Sliding clamp / Beta-clamp processivity factor / DNA polymerase III beta sliding clamp subunit / ...Sliding clamp / Beta-clamp processivity factor / DNA polymerase III beta sliding clamp subunit / DNA polymerase III subunit beta


分子量: 43314.574 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rickettsia conorii (strain ATCC VR-613 / Malish 7) (丘疹熱リケッチア)
株: ATCC VR-613 / Malish 7 / 遺伝子: dnaN, RC0583 / プラスミド: RicoA.17987.a.B1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q92I37
#2: タンパク質・ペプチド Natural product peptide


タイプ: Peptide-likeペプチド / クラス: 阻害剤 / 分子量: 1115.449 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Streptomyces caelicus (バクテリア) / 参照: ACE-MVA-MP8-NZC-LEU-MP8-LEU-MVA-PRO-MLU-GLY
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 300 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.3 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Rigaku Wizard Cryo 1/2 A8: 0.1M Sodium cacodylate pH6.5, 35% 2-ethoxyethanol 0.4:0.4uL drops, direct cryo: tray 290984a8: puck mbp2-7

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2017年8月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→49.017 Å / Num. obs: 42516 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.725 % / Biso Wilson estimate: 36.19 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Rrim(I) all: 0.074 / Χ2: 1.022 / Net I/σ(I): 15.54 / Num. measured all: 158384 / Scaling rejects: 7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.25-2.313.7750.5522.3911944317131640.8710.64599.8
2.31-2.373.7820.4562.8911315299529920.8880.53299.9
2.37-2.443.7840.4093.2911212296829630.9070.47899.8
2.44-2.523.7780.3443.8710908289028870.9220.40199.9
2.52-2.63.7860.2944.6410587279527960.9480.343100
2.6-2.693.780.2295.910160269826880.9630.26799.6
2.69-2.793.7790.197.139981264326410.9770.22299.9
2.79-2.93.7690.1518.789246246124530.9850.17699.7
2.9-3.033.7660.11811.319167244024340.9890.13899.8
3.03-3.183.7570.08514.728626230922960.9950.199.4
3.18-3.353.7280.06618.878167220321910.9960.07799.5
3.35-3.563.70.04823.967610206920570.9980.05699.4
3.56-3.83.6680.0427.97280199419850.9980.04699.5
3.8-4.113.6490.03232.46575181318020.9990.03899.4
4.11-4.53.6370.02638.176084168616730.9990.0399.2
4.5-5.033.650.02440.65599154315340.9990.02899.4
5.03-5.813.6150.02638.344945137613680.9990.03199.4
5.81-7.123.5510.02836.774137117211650.9990.03399.4
7.12-10.063.5010.01846.26318291690910.02199.2
10.06-49.0173.2030.01848.36165954251810.02195.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_3126精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6DLK

6dlk


解像度: 2.25→49.017 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.87
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2348 1978 4.66 %
Rwork0.1783 --
obs0.181 42486 99.58 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 130.45 Å2 / Biso mean: 47.8618 Å2 / Biso min: 14.61 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.25→49.017 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5867 0 0 301 6168
Biso mean---47.02 -
残基数----777
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2186X-RAY DIFFRACTION5.58TORSIONAL
12B2186X-RAY DIFFRACTION5.58TORSIONAL
21C26X-RAY DIFFRACTION5.58TORSIONAL
22D26X-RAY DIFFRACTION5.58TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.2501-2.30640.26221220.217429193041100
2.3064-2.36870.25371460.227128522998100
2.3687-2.43840.31561320.224628532985100
2.4384-2.51710.28111380.216228833021100
2.5171-2.60710.30791400.215628973037100
2.6071-2.71150.27531260.208128682994100
2.7115-2.83490.31771320.209328983030100
2.8349-2.98430.27761690.199328643033100
2.9843-3.17120.24721520.2092831298399
3.1712-3.4160.25121370.19012885302299
3.416-3.75970.24451360.17432923305999
3.7597-4.30350.20331350.15542896303199
4.3035-5.42080.18181570.1352922307999
5.4208-49.0290.19111560.15573017317399
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.5458-3.282-0.63126.0428-0.1844.93120.03310.17920.1658-0.1152-0.10920.0873-0.2268-0.12880.10990.2014-0.0426-0.00330.19290.00020.205-1.47993.9137-12.3151
24.8044-0.8587-1.06150.65590.30141.7030.0625-0.03420.2537-0.0137-0.06780.0385-0.0545-0.04010.01880.2609-0.018-0.03630.13930.01860.2453-13.19976.0105-9.2736
31.88210.04570.64910.81950.43241.7878-0.0248-0.0653-0.08070.0017-0.05770.15760.025-0.4670.0770.2411-0.0150.03360.3162-0.03260.3205-38.11913.8163-13.7765
47.18240.0029-3.28397.3773-2.60125.9775-0.01440.07710.1718-0.3286-0.0499-0.1366-0.2696-0.07810.08660.33220.0286-0.04250.3962-0.12820.2925-37.45511.5432-51.0718
54.0591-0.1616-0.7997-0.0023-0.02541.35040.07810.61340.1442-0.1623-0.15990.0762-0.0858-0.09860.05870.43910.0698-0.03040.33430.00420.295-22.27242.1063-55.8584
65.95980.6366-0.26450.37430.30391.6062-0.01510.40860.2043-0.0898-0.00530.12470.05240.05630.06190.41710.07070.01280.39730.06210.3419-15.16771.5418-59.3598
71.9407-0.0261.08631.89860.96494.22420.16070.3898-0.1145-0.1293-0.0215-0.15630.25430.4474-0.14390.34560.09570.02950.41140.02460.24398.3917-1.2056-41.8054
84.07881.7725-1.48666.06222.19273.8342-0.1856-0.62140.50631.26950.4643-1.0453-0.67520.2418-0.24790.68410.1528-0.26790.4838-0.12730.6927-42.747520.4582-11.0026
94.867-1.0176-0.63185.5643-1.07792.8347-0.27030.90570.6792-1.4877-0.01060.684-0.9821-0.55190.12470.62780.0444-0.13880.60610.18510.41345.239315.6628-55.101
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid -1 through 81 )A-1 - 81
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 82 through 172 )A82 - 172
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 173 through 379 )A173 - 379
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid -1 through 81 )B-1 - 81
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 82 through 191 )B82 - 191
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 192 through 257 )B192 - 257
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 258 through 379 )B258 - 379
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 1 through 11 )C1 - 11
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'D' and (resid 1 through 11 )D1 - 11

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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