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万見
- PDB-6dk1: Human sigma-1 receptor bound to (+)-pentazocine -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6dk1
タイトルHuman sigma-1 receptor bound to (+)-pentazocine
要素Sigma non-opioid intracellular receptor 1
キーワードMEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / Antagonist bound / Receptor / sigma-1 receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


G protein-coupled opioid receptor activity / nuclear outer membrane / anchoring junction / lipid transport / nuclear inner membrane / protein homotrimerization / regulation of neuron apoptotic process / lipid droplet / postsynaptic density membrane / 核膜 ...G protein-coupled opioid receptor activity / nuclear outer membrane / anchoring junction / lipid transport / nuclear inner membrane / protein homotrimerization / regulation of neuron apoptotic process / lipid droplet / postsynaptic density membrane / 核膜 / nervous system development / 成長円錐 / cytoplasmic vesicle / Potential therapeutics for SARS / postsynaptic density / endoplasmic reticulum membrane / 小胞体 / 生体膜 / identical protein binding / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
ERG2/sigma1 receptor-like / ERG2 and Sigma1 receptor like protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-GM4 / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / Sigma non-opioid intracellular receptor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.12 Å
データ登録者Schmidt, H.R. / Kruse, A.C.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)DGE1745303 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM119185 米国
引用ジャーナル: Nat. Struct. Mol. Biol. / 年: 2018
タイトル: Structural basis for sigma1receptor ligand recognition.
著者: Schmidt, H.R. / Betz, R.M. / Dror, R.O. / Kruse, A.C.
履歴
登録2018年5月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年10月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sigma non-opioid intracellular receptor 1
B: Sigma non-opioid intracellular receptor 1
C: Sigma non-opioid intracellular receptor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,83535
ポリマ－76,3443
非ポリマー6,49132
水1,54986
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering, Multi-angle light scattering experiments (and others) indicate that sigma-1 recepto can adopt a variety of oligomerization states. The trimeric arrangement present in the ...根拠: light scattering, Multi-angle light scattering experiments (and others) indicate that sigma-1 recepto can adopt a variety of oligomerization states. The trimeric arrangement present in the asymmetric unit shown here is likely representative of one particular biological oligomer.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8950 Å2
ΔGint-174 kcal/mol
Surface area31250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.837, 128.590, 109.180
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-304-

SO4

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要素

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タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Sigma non-opioid intracellular receptor 1 / Aging-associated gene 8 protein / SR31747-binding protein / SR-BP / Sigma 1-type opioid receptor / hSigmaR1


分子量: 25447.879 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SIGMAR1, OPRS1, SRBP, AAG8
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q99720

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非ポリマー , 5種, 118分子

#2: 化合物 ChemComp-GM4 / (2S,6S,11S)-6,11-dimethyl-3-(3-methylbut-2-en-1-yl)-1,2,3,4,5,6-hexahydro-2,6-methano-3-benzazocin-8-ol / (+)-ペンタゾシン


分子量: 285.424 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H27NO
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物
ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト


分子量: 356.540 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 86 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.46 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 6
詳細: Protein was reconstituted in cubic phase by mixing with a 1:1.5 (w:w) protein:lipid ratio. Lipid used was a 10:1 (w:w) mix of monoolein with cholesterol. The crystal was grown in 240 mM ...詳細: Protein was reconstituted in cubic phase by mixing with a 1:1.5 (w:w) protein:lipid ratio. Lipid used was a 10:1 (w:w) mix of monoolein with cholesterol. The crystal was grown in 240 mM lithium sulfate, 42% PEG 300, 1% hexanediol, and 0.1M MES pH 6.0

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月2日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.12→46 Å / Num. obs: 20304 / % possible obs: 93.3 % / 冗長度: 2.5 % / CC1/2: 0.993 / Net I/σ(I): 3.5
反射 シェル解像度: 3.12→3.3 Å / 冗長度: 2.2 % / Mean I/σ(I) obs: 0.6 / CC1/2: 0.334 / % possible all: 82.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5HK1

5hk1


解像度: 3.12→45.907 Å / SU ML: 0.51 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 33.24
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2784 1673 4.89 %
Rwork0.2466 --
obs0.2482 20178 82.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.12→45.907 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5054 0 267 86 5407
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0025446
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4717427
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.7412950
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.037805
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003912
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.1156-3.20730.4201930.3951751X-RAY DIFFRACTION53
3.2073-3.31080.3591340.35572232X-RAY DIFFRACTION70
3.3108-3.42910.36581550.33112736X-RAY DIFFRACTION84
3.4291-3.56630.3911350.29832981X-RAY DIFFRACTION91
3.5663-3.72850.32051490.27912934X-RAY DIFFRACTION90
3.7285-3.9250.27171530.26622949X-RAY DIFFRACTION90
3.925-4.17080.31871420.23812815X-RAY DIFFRACTION86
4.1708-4.49260.2371380.20922744X-RAY DIFFRACTION84
4.4926-4.94420.17881510.18562950X-RAY DIFFRACTION90
4.9442-5.65850.25571470.20882919X-RAY DIFFRACTION90
5.6585-7.12480.28991430.25882742X-RAY DIFFRACTION84
7.1248-45.91210.26371330.2352805X-RAY DIFFRACTION85

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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