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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ddq | |||||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of the double mutant (R39Q/D52N) of the full-length NT5C2 in the basal state | |||||||||||||||
![]() | Cytosolic purine 5'-nucleotidase | |||||||||||||||
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機能・相同性 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||
![]() | Forouhar, F. / Dieck, C.L. / Tzoneva, G. / Carpenter, Z. / Ambesi-Impiombato, A. / Sanchez-Martin, M. / Kirschner-Schwabe, R. / Lew, S. / Seetharaman, J. / Ferrando, A.A. / Tong, L. | |||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure and Mechanisms of NT5C2 Mutations Driving Thiopurine Resistance in Relapsed Lymphoblastic Leukemia. 著者: Dieck, C.L. / Tzoneva, G. / Forouhar, F. / Carpenter, Z. / Ambesi-Impiombato, A. / Sanchez-Martin, M. / Kirschner-Schwabe, R. / Lew, S. / Seetharaman, J. / Tong, L. / Ferrando, A.A. | |||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 444 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 361.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6dd3C ![]() 6ddbC ![]() 6ddcC ![]() 6ddhC ![]() 6ddkSC ![]() 6ddlC ![]() 6ddoC ![]() 6ddxC ![]() 6ddyC ![]() 6ddzC ![]() 6de0C ![]() 6de1C ![]() 6de2C ![]() 6de3C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 66926.672 Da / 分子数: 2 / 変異: R39Q, D52N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-PO4 / ![]() #3: 化合物 | ![]() #4: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 % |
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結晶化![]() | 温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 7.5 詳細: 100 mM HEPES (pH 7.5), 10% (w/v) PEG 3350, and 200 mM L-proline |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年3月22日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 2.31→42.764 Å / Num. obs: 55929 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 13.7 % / Biso Wilson estimate: 32.3 Å2 / CC1/2: 0.98 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Rpim(I) all: 0.04 / Rrim(I) all: 0.12 / Χ2: 0.73 / Net I/av σ(I): 16.2 / Net I/σ(I): 16.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.31→2.37 Å / 冗長度: 13.8 % / Rmerge(I) obs: 0.54 / Mean I/σ(I) obs: 4 / CC1/2: 0.93 / Rpim(I) all: 0.15 / Rrim(I) all: 0.56 / Χ2: 0.5 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: 6DDK 解像度: 2.31→42.764 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 21.39
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / Bsol: 44.434 Å2 / ksol: 0.328 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.31→42.764 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 15.4832 Å / Origin y: 56.2069 Å / Origin z: 27.8881 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |