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- PDB-6ddz: Crystal structure of the double mutant (D52N/R238W) of NT5C2-537X... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6ddz | |||||||||||||||
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Title | Crystal structure of the double mutant (D52N/R238W) of NT5C2-537X in the active state, Northeast Structural Genomics Target | |||||||||||||||
![]() | Cytosolic purine 5'-nucleotidase | |||||||||||||||
![]() | ![]() ![]() | |||||||||||||||
Function / homology | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() Similarity search - Function | |||||||||||||||
Biological species | ![]() ![]() | |||||||||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||
![]() | Forouhar, F. / Dieck, C.L. / Tzoneva, G. / Carpenter, Z. / Ambesi-Impiombato, A. / Sanchez-Martin, M. / Kirschner-Schwabe, R. / Lew, S. / Seetharaman, J. / Ferrando, A.A. ...Forouhar, F. / Dieck, C.L. / Tzoneva, G. / Carpenter, Z. / Ambesi-Impiombato, A. / Sanchez-Martin, M. / Kirschner-Schwabe, R. / Lew, S. / Seetharaman, J. / Ferrando, A.A. / Tong, L. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) | |||||||||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Structure and Mechanisms of NT5C2 Mutations Driving Thiopurine Resistance in Relapsed Lymphoblastic Leukemia. Authors: Dieck, C.L. / Tzoneva, G. / Forouhar, F. / Carpenter, Z. / Ambesi-Impiombato, A. / Sanchez-Martin, M. / Kirschner-Schwabe, R. / Lew, S. / Seetharaman, J. / Tong, L. / Ferrando, A.A. | |||||||||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 228.2 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 176.6 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 6dd3C ![]() 6ddbC ![]() 6ddcC ![]() 6ddhSC ![]() 6ddkC ![]() 6ddlC ![]() 6ddoC ![]() 6ddqC ![]() 6ddxC ![]() 6ddyC ![]() 6de0C ![]() 6de1C ![]() 6de2C ![]() 6de3C S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
-Protein , 1 types, 1 molecules A
#1: Protein | Mass: 63985.766 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: residues 1-536 / Mutation: D52N, R238W Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 5 types, 348 molecules ![](data/chem/img/ATP.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-ATP / ![]() | ||||||
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#3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-PO4 / | ![]() #5: Chemical | ![]() #6: Water | ChemComp-HOH / | ![]() |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3 Å3/Da / Density % sol: 57 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 293 K / Method: microbatch / pH: 7 / Details: 35% (w/v) tascimate (pH 7) |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: SBC-2 / Detector: CCD / Date: Apr 12, 2015 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength![]() |
Reflection | Resolution: 1.97→33.583 Å / Num. obs: 54413 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 10.1 % / Biso Wilson estimate: 28.5 Å2 / CC1/2: 0.98 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Rpim(I) all: 0.023 / Rrim(I) all: 0.08 / Χ2: 1.2 / Net I/av σ(I): 30.9 / Net I/σ(I): 30.9 |
Reflection shell | Resolution: 1.97→2.05 Å / Redundancy: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.588 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique obs: 6045 / CC1/2: 0.88 / Rpim(I) all: 0.244 / Rrim(I) all: 0.639 / Χ2: 0.79 / % possible all: 100 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Starting model: 6DDH Resolution: 1.97→33.583 Å / SU ML: 0.17 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 20.72 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.97→33.583 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: 0.1321 Å / Origin y: 38.9278 Å / Origin z: 19.3539 Å
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Refinement TLS group | Selection details: all |