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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ddc | |||||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of the single mutant (D52N) of NT5C2-537X in the basal state, Northeast Structural Genomics Consortium Target | |||||||||||||||
要素 | Cytosolic purine 5'-nucleotidase | |||||||||||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / PSI-Biology / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 nucleoside phosphotransferase / nucleoside phosphotransferase activity / dGMP metabolic process / GMP metabolic process / Abacavir metabolism / negative regulation of defense response to virus by host / GMP 5'-nucleotidase activity / adenosine metabolic process / IMP-specific 5'-nucleotidase / IMP 5'-nucleotidase activity ...nucleoside phosphotransferase / nucleoside phosphotransferase activity / dGMP metabolic process / GMP metabolic process / Abacavir metabolism / negative regulation of defense response to virus by host / GMP 5'-nucleotidase activity / adenosine metabolic process / IMP-specific 5'-nucleotidase / IMP 5'-nucleotidase activity / IMP metabolic process / Ribavirin ADME / IMP catabolic process / Purine catabolism / allantoin metabolic process / XMP 5'-nucleosidase activity / 5'-ヌクレオチダーゼ / 5'-nucleotidase activity / protein K48-linked ubiquitination / ubiquitin protein ligase activity / ATP binding / identical protein binding / metal ion binding / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.91 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Forouhar, F. / Dieck, C.L. / Tzoneva, G. / Carpenter, Z. / Ambesi-Impiombato, A. / Sanchez-Martin, M. / Kirschner-Schwabe, R. / Lew, S. / Seetharaman, J. / Ferrando, A.A. ...Forouhar, F. / Dieck, C.L. / Tzoneva, G. / Carpenter, Z. / Ambesi-Impiombato, A. / Sanchez-Martin, M. / Kirschner-Schwabe, R. / Lew, S. / Seetharaman, J. / Ferrando, A.A. / Tong, L. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) | |||||||||||||||
資金援助 | 米国, 4件
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引用 | ジャーナル: Cancer Cell / 年: 2018 タイトル: Structure and Mechanisms of NT5C2 Mutations Driving Thiopurine Resistance in Relapsed Lymphoblastic Leukemia. 著者: Dieck, C.L. / Tzoneva, G. / Forouhar, F. / Carpenter, Z. / Ambesi-Impiombato, A. / Sanchez-Martin, M. / Kirschner-Schwabe, R. / Lew, S. / Seetharaman, J. / Tong, L. / Ferrando, A.A. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6ddc.cif.gz | 398.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6ddc.ent.gz | 321.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6ddc.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dd/6ddc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dd/6ddc | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 6dd3C 6ddbSC 6ddhC 6ddkC 6ddlC 6ddoC 6ddqC 6ddxC 6ddyC 6ddzC 6de0C 6de1C 6de2C 6de3C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 63956.750 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 1-536 / 変異: D52N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NT5C2, NT5B, NT5CP, PNT5 / プラスミド: pLOC_NT5C2 / Cell (発現宿主): Rosetta 2(DE3) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P49902, 5'-ヌクレオチダーゼ #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-PO4 / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.5 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 4.6 詳細: 100 mM sodium acetate trihydrate (pH 4.6) and 2 M ammonium sulfate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4C / 波長: 0.979 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2014年8月30日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.91→39.424 Å / Num. obs: 30412 / % possible obs: 96.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 43.8 Å2 / CC1/2: 0.94 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Rpim(I) all: 0.07 / Rrim(I) all: 0.12 / Χ2: 0.87 / Net I/av σ(I): 8.9 / Net I/σ(I): 8.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.91→3.03 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.48 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 3328 / CC1/2: 0.8 / Rpim(I) all: 0.32 / Rrim(I) all: 0.58 / Χ2: 0.57 / % possible all: 96.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6DDB 解像度: 2.91→39.424 Å / SU ML: 0.48 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.43
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.91→39.424 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 34.6127 Å / Origin y: 19.5647 Å / Origin z: 24.5928 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |