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万見
- PDB-6dc3: RSV prefusion F bound to RSD5 Fab -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6dc3
タイトルRSV prefusion F bound to RSD5 Fab
要素
  • Fab RSD5-Germline Heavy Chain
  • Fab RSD5-Germline Light Chain
  • RSV fusion glycoprotein
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / Antibody (抗体) / Viral glycoprotein / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of syncytium formation by virus / Assembly and release of respiratory syncytial virus (RSV) virions / Translation of respiratory syncytial virus mRNAs / Respiratory syncytial virus (RSV) attachment and entry / RSV-host interactions / Maturation of hRSV A proteins / host cell Golgi membrane / immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / complement activation, classical pathway ...positive regulation of syncytium formation by virus / Assembly and release of respiratory syncytial virus (RSV) virions / Translation of respiratory syncytial virus mRNAs / Respiratory syncytial virus (RSV) attachment and entry / RSV-host interactions / Maturation of hRSV A proteins / host cell Golgi membrane / immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / complement activation, classical pathway / antigen binding / antibacterial humoral response / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / blood microparticle / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / エンベロープ (ウイルス) / host cell plasma membrane / virion membrane / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Precursor fusion glycoprotein F0, Paramyxoviridae / Fusion glycoprotein F0 / Fibritin C-terminal / Fibritin C-terminal region / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / 抗体 / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site ...Precursor fusion glycoprotein F0, Paramyxoviridae / Fusion glycoprotein F0 / Fibritin C-terminal / Fibritin C-terminal region / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / 抗体 / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / 抗体 / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein / Fusion glycoprotein F0 / Ig-like domain-containing protein / IGL@ protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Human respiratory syncytial virus A (RSウイルス)
Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
unidentified (未定義)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.501 Å
データ登録者Battles, M.B. / McLellan, J.S. / Jones, H.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P20GM113132 米国
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2019
タイトル: Alternative conformations of a major antigenic site on RSV F.
著者: Jones, H.G. / Battles, M.B. / Lin, C.C. / Bianchi, S. / Corti, D. / McLellan, J.S.
履歴
登録2018年5月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22020年1月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: Fab RSD5-Germline Heavy Chain
L: Fab RSD5-Germline Light Chain
F: RSV fusion glycoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,18318
ポリマ－110,4923
非ポリマー1,69115
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, surface plasmon resonance
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7600 Å2
ΔGint-155 kcal/mol
Surface area41520 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)270.320, 270.320, 270.320
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number197
Space group name H-MI23

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要素

#1: 抗体 Fab RSD5-Germline Heavy Chain


分子量: 24454.379 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6N089
#2: 抗体 Fab RSD5-Germline Light Chain


分子量: 22819.170 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8N355
#3: タンパク質 RSV fusion glycoprotein / Protein F


分子量: 63218.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human respiratory syncytial virus A (strain A2) (RSウイルス), (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス), (組換発現) unidentified (未定義)
株: A2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P03420, UniProt: M1E1E4
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 7.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 84.4 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 1.8 M Lithium sulfate, 0.1 M Tris pH 8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年3月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→38.23 Å / Num. obs: 41327 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 126.75 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.104 / Rpim(I) all: 0.053 / Rrim(I) all: 0.117 / Net I/σ(I): 9.7 / Num. measured all: 198500 / Scaling rejects: 205
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
3.5-3.644.60.846212662126646560.5280.4480.961.8100
12.62-38.234.30.03538919060.9970.0190.0423.595.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4MMU, 1DFB, 1MCO

4mmu

1dfb

1mco


解像度: 3.501→38.229 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.91 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.205 1966 4.76 %
Rwork0.1827 39339 -
obs0.1838 41305 99.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 315.77 Å2 / Biso mean: 132.1736 Å2 / Biso min: 59.2 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.501→38.229 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6797 0 93 0 6890
Biso mean--200.55 --
残基数----894
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.5009-3.58840.33011320.325627932925100
3.5884-3.68540.31581200.292828022922100
3.6854-3.79370.31611720.269927532925100
3.7937-3.9160.28071020.254328512953100
3.916-4.05590.24081220.212927842906100
4.0559-4.2180.19991350.182627892924100
4.218-4.40980.18021520.161528172969100
4.4098-4.64190.16391500.143827732923100
4.6419-4.93210.15331580.139727802938100
4.9321-5.3120.19261440.15328242968100
5.312-5.84490.18911700.171527702940100
5.8449-6.68680.2391140.188228572971100
6.6868-8.40980.21741390.179428613000100
8.4098-38.23130.18191560.16772885304199
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.5984-0.87842.83533.28583.66546.4482-0.3302-0.01140.2324-0.71020.0241-0.01610.90190.78840.27741.6452-0.09440.28681.11820.26230.972766.843834.1334-26.8525
26.4677-1.218-0.784.86072.71513.5855-0.1623-0.7141-1.06220.1431-0.382-0.18931.4431-0.36360.53081.8191-0.11990.24971.26580.29470.907955.320628.1223-17.7053
31.23070.45730.9561.13310.48762.44450.0254-0.1885-0.02330.13660.0324-0.4149-0.08640.1639-0.0710.7039-0.0539-0.07350.8447-0.0850.789676.722659.085265.7306
47.7402-3.7184-3.79215.86181.84189.17890.2985-0.0980.202-0.3005-0.3905-0.2363-0.34451.01040.05480.8706-0.1301-0.10871.15640.12070.626665.627752.06428.5955
55.4181.0190.02016.17480.96229.10040.10911.07890.0999-0.4982-0.10080.2391-0.0349-1.2965-0.10980.82970.0333-0.0311.2293-0.06390.598645.309550.74471.7403
65.28620.95145.23751.1420.61437.8392-0.76040.11580.7881-0.0710.0799-0.0493-0.7659-0.1570.7410.76710.08320.0530.469-0.13040.846564.512357.279849.1959
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'H' and resid 115 through 215)H115 - 215
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'L' and resid 108 through 210)L108 - 210
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'F' and resid 137 through 602)F137 - 602
4X-RAY DIFFRACTION4(chain 'H' and resid 1 through 114)H1 - 114
5X-RAY DIFFRACTION5(chain 'L' and resid 1 through 107)L1 - 107
6X-RAY DIFFRACTION6(chain 'F' and resid 27 through 101)F27 - 101

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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