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- PDB-6d8i: Mycobacterium tuberculosis polyketide synthase 13 N-terminal acyl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6d8i
タイトルMycobacterium tuberculosis polyketide synthase 13 N-terminal acyl carrier protein domain
要素Polyketide synthaseポリケチド合成酵素
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN (生合成) / PKS13 / N-terminal ACP
機能・相同性
機能・相同性情報


DIM/DIP cell wall layer assembly / fatty acid synthase activity / secondary metabolite biosynthetic process / phosphopantetheine binding / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / fatty acid biosynthetic process / 細胞膜 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
チオエステル加水分解酵素 / Thioesterase domain / Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding / Polyketide synthase, C-terminal extension / Ketoacyl-synthetase C-terminal extension / Acyl transferase domain superfamily / Acyl transferase / Acyl transferase domain / Acyl transferase domain in polyketide synthase (PKS) enzymes. / Acyl transferase/acyl hydrolase/lysophospholipase ...チオエステル加水分解酵素 / Thioesterase domain / Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding / Polyketide synthase, C-terminal extension / Ketoacyl-synthetase C-terminal extension / Acyl transferase domain superfamily / Acyl transferase / Acyl transferase domain / Acyl transferase domain in polyketide synthase (PKS) enzymes. / Acyl transferase/acyl hydrolase/lysophospholipase / Ketosynthase family 3 (KS3) domain profile. / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site / Beta-ketoacyl synthase / Beta-ketoacyl synthase, active site / Ketosynthase family 3 (KS3) active site signature. / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain / Thiolase-like / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / Alpha/Beta hydrolase fold
類似検索 - ドメイン・相同性
TRIETHYLENE GLYCOL / : / Polyketide synthase Pks13
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Tang, S. / Sacchettini, J.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Mycobacterium tuberculosis polyketide synthase 13 N-terminal acyl carrier protein domain
著者: Tang, S. / Sacchettini, J.
履歴
登録2018年4月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年6月6日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polyketide synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,9958
ポリマ－9,5381
非ポリマー4577
水1,63991
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1200 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area4890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.646, 51.646, 75.109
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Polyketide synthase / ポリケチド合成酵素


分子量: 9538.201 Da / 分子数: 1
断片: N-terminal acyl carrier protein domain (UNP residues 10-93)
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: LH57_20715 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A089QYU6, UniProt: I6X8D2*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 91 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.15 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2 M calcium acetate, 0.1 M sodium cacodylate, 18-24% PEG8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年3月23日
放射モノクロメーター: Double crystal cryo-cooled Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→50 Å / Num. obs: 12903 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14 % / Biso Wilson estimate: 15.68 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.133 / Rpim(I) all: 0.036 / Rrim(I) all: 0.138 / Χ2: 1.445 / Net I/σ(I): 5.4 / Num. measured all: 181018
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / % possible all: 100

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2
1.65-1.6814.10.7256260.8940.1980.7510.419
1.68-1.7114.30.576310.9440.1550.5910.427
1.71-1.7414.20.5316270.9410.1450.5510.432
1.74-1.7814.30.4936320.9540.1340.5120.465
1.78-1.8214.30.4476170.9640.1210.4630.472
1.82-1.8614.20.346330.9790.0920.3520.501
1.86-1.914.30.3096310.9780.0840.320.535
1.9-1.9614.30.2536220.9840.0690.2630.653
1.96-2.0114.30.236360.9890.0620.2380.762
2.01-2.0814.20.2126400.9920.0580.220.895
2.08-2.1514.20.1726530.9920.0470.1781.01
2.15-2.2414.30.1646240.9910.0440.171.126
2.24-2.3414.20.1446500.9950.0390.151.203
2.34-2.4614.10.1346470.9950.0360.1391.389
2.46-2.6214.10.136340.9950.0350.1341.75
2.62-2.8214.10.1376520.9950.0370.1422.36
2.82-3.1113.90.1156490.9950.0320.122.608
3.11-3.5513.80.0976630.9970.0270.1013.098
3.55-4.4813.40.0856790.9980.0240.0883.835
4.48-5012.20.0927570.9980.0260.0964.87

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.13rc1_2954精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.65→42.556 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.57 / 位相誤差: 15.39
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1797 1286 10 %
Rwork0.1641 --
obs0.1657 12855 100 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 59.68 Å2 / Biso mean: 20.2094 Å2 / Biso min: 8.43 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.65→42.556 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数596 0 57 91 744
Biso mean--41.94 29.65 -
残基数----79
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 9 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.648-1.7140.23891390.195612501389
1.714-1.7920.20891400.180912611401
1.792-1.88650.20051380.162812421380
1.8865-2.00470.16681410.150512671408
2.0047-2.15950.16811420.148612731415
2.1595-2.37680.18181410.142112761417
2.3768-2.72060.16471440.158512921436
2.7206-3.42750.17721450.159813051450
3.4275-42.57040.17771560.179214031559
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 29.1925 Å / Origin y: 8.5159 Å / Origin z: 25.3785 Å
111213212223313233
T0.1184 Å20.0007 Å20.0091 Å2-0.1212 Å2-0.0011 Å2--0.099 Å2
L1.8673 °20.2092 °20.4412 °2-1.4608 °2-0.4451 °2--1.5709 °2
S0.0434 Å °-0.1395 Å °0.0066 Å °0.1155 Å °-0.0184 Å °0.0748 Å °-0.0658 Å °-0.0801 Å °-0.0296 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA15 - 93
2X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 91
3X-RAY DIFFRACTION1allB1 - 3
4X-RAY DIFFRACTION1allC1
5X-RAY DIFFRACTION1allD1 - 3

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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