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- PDB-6d7g: Structure of 5F3 TCR in complex with HLA-A2/MART-1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6d7g
タイトルStructure of 5F3 TCR in complex with HLA-A2/MART-1
要素
  • MART1 PEPTIDE-BETA-2-MICROGLOBULIN-HLA-A*02 CHIMERA
  • T-CELL RECEPTOR GAMMA VARIABLE 8,T-CELL RECEPTOR GAMMA-2 CHAIN C REGION
  • TRA@ proteinTRA (gene)
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / TCR / MHC / peptide recognition / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / positive regulation of memory T cell activation / TAP complex binding / Golgi medial cisterna / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / CD8-positive, alpha-beta T cell activation / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / CD8 receptor binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / endoplasmic reticulum exit site ...T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / positive regulation of memory T cell activation / TAP complex binding / Golgi medial cisterna / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / CD8-positive, alpha-beta T cell activation / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / CD8 receptor binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / endoplasmic reticulum exit site / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / TAP binding / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / beta-2-microglobulin binding / detection of bacterium / T cell receptor binding / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / negative regulation of receptor binding / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / regulation of erythrocyte differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / response to molecule of bacterial origin / regulation of iron ion transport / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / cellular response to iron ion / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / negative regulation of neurogenesis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / recycling endosome membrane / specific granule lumen / phagocytic vesicle membrane / peptide antigen binding / positive regulation of cellular senescence / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / negative regulation of epithelial cell proliferation / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / positive regulation of immune response / Modulation by Mtb of host immune system / positive regulation of type II interferon production / Interferon alpha/beta signaling / sensory perception of smell / positive regulation of T cell activation / positive regulation of protein binding / tertiary granule lumen / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / DAP12 signaling / negative regulation of neuron projection development / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / T cell differentiation in thymus / T cell receptor signaling pathway / ER-Phagosome pathway / iron ion transport / early endosome membrane / protein refolding / antibacterial humoral response / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / amyloid fibril formation / learning or memory / defense response to Gram-positive bacterium / 免疫応答 / Amyloid fiber formation / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / 小胞体 / ゴルジ体 / signaling receptor binding / focal adhesion / 自然免疫系 / Neutrophil degranulation / endoplasmic reticulum membrane / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / ゴルジ体 / 細胞膜 / 小胞体
類似検索 - 分子機能
MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Immunoglobulin V-Type / Β2-ミクログロブリン / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily ...MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Immunoglobulin V-Type / Β2-ミクログロブリン / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / Immunoglobulin V-set domain / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / 抗体 / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / 抗体 / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain / Β2-ミクログロブリン / TRA@ protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Roy, S. / Adams, E.J.
引用ジャーナル: Sci Immunol / 年: 2018
タイトル: Generation and molecular recognition of melanoma-associated antigen-specific human gamma delta T cells.
著者: Benveniste, P.M. / Roy, S. / Nakatsugawa, M. / Chen, E.L.Y. / Nguyen, L. / Millar, D.G. / Ohashi, P.S. / Hirano, N. / Adams, E.J. / Zuniga-Pflucker, J.C.
履歴
登録2018年4月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年1月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月26日Group: Data collection / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp / pdbx_struct_assembly ...chem_comp / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list
Item: _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _entity.pdbx_description ..._chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MART1 PEPTIDE-BETA-2-MICROGLOBULIN-HLA-A*02 CHIMERA
D: TRA@ protein
E: T-CELL RECEPTOR GAMMA VARIABLE 8,T-CELL RECEPTOR GAMMA-2 CHAIN C REGION
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,2294
ポリマ－103,0083
非ポリマー2211
水543
1
D: TRA@ protein
E: T-CELL RECEPTOR GAMMA VARIABLE 8,T-CELL RECEPTOR GAMMA-2 CHAIN C REGION
ヘテロ分子

A: MART1 PEPTIDE-BETA-2-MICROGLOBULIN-HLA-A*02 CHIMERA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,2294
ポリマ－103,0083
非ポリマー2211
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_564-y,x-y+1,z-1/31
単位格子
Length a, b, c (Å)123.953, 123.953, 154.156
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number171
Space group name H-MP62

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要素

#1: タンパク質 MART1 PEPTIDE-BETA-2-MICROGLOBULIN-HLA-A*02 CHIMERA / MHC CLASS I ANTIGEN A*2


分子量: 47863.598 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P, HLA-A, HLAA
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P61769, UniProt: P01892
#2: 抗体 TRA@ protein / TRA (gene)


分子量: 25730.254 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TRA@
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q6PJ56
#3: タンパク質 T-CELL RECEPTOR GAMMA VARIABLE 8,T-CELL RECEPTOR GAMMA-2 CHAIN C REGION


分子量: 29414.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TRGV8, TRGC2
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.94 %
結晶化温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: PEG 550 MME, TRIS, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9194 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9194 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→50 Å / Num. obs: 34834 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.097 / Rpim(I) all: 0.032 / Rrim(I) all: 0.102 / Net I/σ(I): 11.66
反射 シェル解像度: 2.75→2.849 Å / Rmerge(I) obs: 0.975 / Rpim(I) all: 0.315 / Rrim(I) all: 1.025

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.10.1_2155精密化
DENZOデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.75→48.3 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 24.49
Rfactor反射数%反射
Rfree0.237 1806 5.18 %
Rwork0.211 --
obs0.212 34834 100 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 66.48 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.75→48.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6005 0 14 3 6022
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0136180
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3138442
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.1173601
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.077941
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0091080
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7503-2.82470.33681470.27142495X-RAY DIFFRACTION100
2.8247-2.90780.30251480.25552527X-RAY DIFFRACTION100
2.9078-3.00160.30181590.25352510X-RAY DIFFRACTION100
3.0016-3.10890.28471230.25842552X-RAY DIFFRACTION100
3.1089-3.23340.29441270.23772538X-RAY DIFFRACTION100
3.2334-3.38050.25711530.22592517X-RAY DIFFRACTION100
3.3805-3.55860.25051370.22912541X-RAY DIFFRACTION100
3.5586-3.78150.27081240.21742563X-RAY DIFFRACTION100
3.7815-4.07340.20191120.19372566X-RAY DIFFRACTION100
4.0734-4.4830.21641310.17262553X-RAY DIFFRACTION100
4.483-5.13110.17961580.16782526X-RAY DIFFRACTION100
5.1311-6.46220.22151450.21462556X-RAY DIFFRACTION100
6.4622-48.30680.24631420.22342584X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1740.05910.65390.00020.63413.00970.17550.3619-0.0798-0.1069-0.12650.21370.1499-0.4493-0.00260.4915-0.0405-0.04420.6759-0.03210.5405-48.837836.2657-18.9598
21.2018-0.1290.11081.84770.5942.51290.20860.3971-0.4072-0.116-0.08640.1090.7758-0.061-0.09180.6496-0.0331-0.12190.6536-0.13710.5966-48.842624.8256-32.1633
32.8286-0.58030.15671.42540.16972.77790.18860.13950.11550.0858-0.04110.0730.0659-0.0315-0.11250.386-0.06540.0230.37310.00330.4231-42.704636.5131-9.838
41.18750.4188-0.17712.1891-0.47552.233-0.00340.6214-0.0039-0.14670.09920.11990.01120.4079-0.11520.46640.0931-0.03181.0039-0.03210.534-36.006940.9511-43.2964
51.59540.2151-0.14980.54370.58781.81330.0471-0.3968-0.18350.0615-0.0436-0.0427-0.06170.36440.0390.3137-0.0148-0.04020.84250.10060.5208-58.877356.9497-33.3118
62.39590.91270.67131.27180.69551.4320.4604-0.83690.22580.2408-0.4604-0.09780.1474-0.6936-0.04880.4976-0.1935-0.03641.2844-0.09770.5317-55.292466.43331.6614
71.92970.531-1.20710.48460.44323.03430.1551-0.43260.09420.0496-0.2740.0717-0.0625-0.20620.08530.32830.0007-0.01280.77030.07370.481-81.316154.733-28.636
81.42430.22860.16340.68990.81470.79760.0109-2.01061.2218-1.43910.19290.1370.4329-2.1822-0.03780.32580.2775-0.01092.1502-0.75941.2392-72.077671.1872-1.1458
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN 'A' AND (RESID 1 THROUGH 111 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN 'A' AND (RESID 112 THROUGH 1001 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN 'A' AND (RESID 1002 THROUGH 1185 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN 'A' AND (RESID 1186 THROUGH 1276 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN 'D' AND (RESID 1 THROUGH 108 )
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN 'D' AND (RESID 109 THROUGH 201 )
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN 'E' AND (RESID 6 THROUGH 128 )
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN 'E' AND (RESID 129 THROUGH 226 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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